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一、標記基因和報告基因的概念
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標記基因(marker gene)，是一種已知功能或已知序列的基因，能夠起著特異性標記的作用。標記基因是選擇標記基因的簡稱，是指其編碼產物能夠使轉化的細胞、組織具有對抗生素等的抗性，或者使轉化細胞、組織具有代謝的優越性。在培養基中加入抗生素等選擇試劑的條件下，非轉化的細胞死亡或生長受到抑制，而轉化的細胞能夠繼續存活，從而將轉化的細胞、組織從大量的細胞或組織中篩選出來的一類基因。在基因工程意義上來說，它是重組DNA載體的重要標記，通常用來檢驗轉化成功與否；在基因定位意義上來說，它是對目的基因進行標志的工具，通常用來檢測目的基因在細胞中的定位。
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報告基因(reporter gene)，是指其編碼產物能夠被快速地測定，常用來判斷外源基因是否已經成功地導入受體細胞、組織或器官，并檢測其表達活性的一類特殊用途的基因，主要用于判斷目的基因是否成功導入到受體細胞，并在其中表達。故當報告基因被用來區分轉化和非轉化細胞、組織、器官時，也可將其稱為標記基因。報告基因不僅能作為標記基因，此外，報告基因還能用于研究基因的表達調控，檢測啟動子的活性，發現新的啟動子，觀察報告基因和目的基因的融合蛋白在細胞內的位置等。
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二、標記基因和報告基因的區別與聯系
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二者的聯系在于：報告基因都可以看做是標記基因。報告基因也有標記的作用，標記目的基因是否成功
轉化的作用，但是它們又有著各自的特點。
標記基因通常用來檢驗重組DNA載體轉化成功與否，或者檢測目的基因在植物細胞或組織中的定位。常用的標記基因是一些抗生素抗性基因，如卡那霉素抗性基因、潮霉素標記基因等。
而作為報告基因，在遺傳選擇和篩選檢測方面必須具有以下幾個條件：1）已被克隆和全序列已測定；2）表達產物在受體細胞中不存在，即無背景，在被轉染的細胞中無相似的內源性表達產物；3）表達產物唯一，對受體細胞無毒，并且能進行定量測定。目前常用的報告基因有氯霉素乙酰轉移酶基因(cat)、熒光素酶基因(luc)、β-葡萄糖苷酸酶基因(gus)、分泌型堿性磷酸酶基因(seap)、綠色熒光蛋白基因(gfp)等。
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