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1.題目： 一種用于發(fā)現(xiàn)針對(duì)多重耐藥細(xì)菌抗菌肽的生成式人工智能方法
A generative artificial intelligence approach for the discovery of antimicrobial peptides against multidrug-resistant bacteria
DOI：10.1038/s41564-025-02114-4
發(fā)表時(shí)間：2025-10-3
發(fā)表期刊：Nature Microbiology
影響因子：19.4
作者單位: 山東大學(xué)
文章摘要：
針對(duì)臨床超級(jí)細(xì)菌的新型抗菌肽（AMPs）的發(fā)現(xiàn)迫切需要，以應(yīng)對(duì)持續(xù)的抗生素耐藥性危機(jī)。抗菌肽因其廣譜活性、快速殺菌機(jī)制以及相比傳統(tǒng)抗生素更低的耐藥誘導(dǎo)可能性，是有前景的候選藥物。這篇文章，建立了一個(gè)預(yù)訓(xùn)練的蛋白質(zhì)大型語(yǔ)言模型（LLM）ProteoGPT，并進(jìn)一步發(fā)展為多個(gè)專門的子大型語(yǔ)言模型，以構(gòu)建順序流水線。該管線實(shí)現(xiàn)了對(duì)數(shù)億肽序列的快速篩選，確保了強(qiáng)效的抗菌活性并最大限度地降低細(xì)胞毒性風(fēng)險(xiǎn)。通過(guò)遷移學(xué)習(xí)，我們賦予LLM不同的領(lǐng)域特定知識(shí)，實(shí)現(xiàn)在統(tǒng)一方法論框架內(nèi)高通量的AMP挖掘和生成。值得注意的是，開采和生成的抗菌肽在體外對(duì)ICU來(lái)源的耐碳青霉烯不動(dòng)桿菌（CRAB）和耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）的耐藥性降低。AMPs在體內(nèi)大腿感染小鼠模型中也顯示出與臨床抗生素相當(dāng)或更優(yōu)的治療效果，且未造成器官損傷或破壞腸道微生物群。這些抗菌素的作用機(jī)制涉及細(xì)胞質(zhì)膜的破壞和膜去極化。總體而言，本研究提出了一種生成式人工智能方法，用于發(fā)現(xiàn)針對(duì)多重耐藥細(xì)菌的新型抗菌藥物，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)抗菌空間的高效和廣泛探索。
部分結(jié)果展示：
 
圖4：體外抗菌肽抗菌療效及生物學(xué)特性評(píng)估。
a， 抑制區(qū)直徑中對(duì)大腸桿菌和金黃色葡萄球菌具有抑制作用的抗菌肽比例。
中喬新舟生物的產(chǎn)品DMEM高糖基礎(chǔ)培養(yǎng)基（貨號(hào)：ZQ-100 ）和青霉素- 鏈霉素混合溶液（雙抗）（貨號(hào)：CSP006）參與了該項(xiàng)研究。
 
2. 題目： 中風(fēng)后神經(jīng)前體細(xì)胞移植和血管形成的注射式微孔形成微凝膠支架
Injectable micropore-forming microgel scaffold for neural progenitor cells transplantation and vascularization after stroke
DOI：DOI: 10.1038/s41467-025-64240-1
發(fā)表時(shí)間：2025-10-23
發(fā)表期刊：Nature Communications
影響因子：15.7
作者單位: 上海交通大學(xué)
文章摘要：
中風(fēng)干細(xì)胞治療受限于細(xì)胞存活率差和在缺血微環(huán)境中的整合性。注射微膠因其促進(jìn)細(xì)胞浸潤(rùn)的能力被廣泛應(yīng)用于細(xì)胞遞送，但密集的水凝膠網(wǎng)絡(luò)常常限制細(xì)胞存活。這篇介紹一種可注射的微凝膠-基質(zhì)復(fù)合支架，結(jié)合了用于神經(jīng)前驅(qū)細(xì)胞（NPCs）遞送的微孔微凝膠與間質(zhì)空間以支持血管生長(zhǎng)。采用氣體剪切制備方法，初級(jí)大鼠NPC被高效包裹在相分離微孔微凝膠（PSMM）中，展現(xiàn)出優(yōu)越的生存率和增殖率。體外研究表明，PSMM支架支持內(nèi)皮細(xì)胞（EC）的萌發(fā)和血管形成，在缺血性卒中大鼠中，這種支架顯著提升了NPC負(fù)荷能力、存活率和分化率，同時(shí)增加了EC的增殖和浸潤(rùn)。最終，微凝膠基質(zhì)支架增強(qiáng)了中風(fēng)模型中的神經(jīng)長(zhǎng)期恢復(fù)，提供了一種高效策略，將高細(xì)胞負(fù)荷與血管形成相結(jié)合，推動(dòng)再生醫(yī)學(xué)的發(fā)展。
部分結(jié)果展示：
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圖3：微凝膠支架的間隙空間和注射性，促進(jìn)體外胚胎血管形成。
I 嵌入微膠中的ECS/MSC三維發(fā)芽測(cè)定。代表性熒光顯微照片顯示第3天嵌入細(xì)胞的CD31（綠色）和F-肌動(dòng)蛋白（紅色）。以及相應(yīng)的血管化面積和血管長(zhǎng)度定量結(jié)果。J 微凝膠中培養(yǎng)的ECS和HEF血管生成實(shí)驗(yàn)。代表性熒光顯微照片顯示第7天的ECSCD31（綠色）和F-肌動(dòng)蛋白（紅色），并有血管化面積和血管長(zhǎng)度的定量結(jié)果。
中喬新舟生物的細(xì)胞產(chǎn)品原代人骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞HMSC-bm（貨號(hào)：PRI-H-00137）和原代人臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞-huvec（貨號(hào)：DFSC-EC-01/PRI-H-00023）參與了該項(xiàng)研究。
 
 
3. 題目：內(nèi)皮BMP6驅(qū)動(dòng)頸動(dòng)脈粥樣硬化中血流動(dòng)動(dòng)力學(xué)依賴的VSMC鈣化
Endothelial BMP6 Drives Hemodynamic-Dependent VSMCs Calcification in Carotid Atherosclerosis
DOI：10.1002/advs.202502801
發(fā)表時(shí)間：2025-10-13
發(fā)表期刊：Advanced Science
影響因子： 14.1
作者單位: 鄭州大學(xué)
文章摘要：
頸動(dòng)脈粥樣硬化（CAS）是缺血性卒中的主要原因，血管鈣化推動(dòng)疾病進(jìn)展。然而，驅(qū)動(dòng)CAS血管鈣化的分子機(jī)制尚未明朗。先前的研究證實(shí)，骨形態(tài)發(fā)生蛋白（BMPs）在鈣化中起著關(guān)鍵作用;然而，BMP6信號(hào)在血管鈣化中的調(diào)控機(jī)制尚不明確。本研究旨在探討B(tài)MP6在CAS血管鈣化中的作用及其潛在機(jī)制。通過(guò)對(duì)人類CAS斑塊進(jìn)行單細(xì)胞RNA測(cè)序，發(fā)現(xiàn)了一組BMP6表達(dá)較高、通過(guò)BMP信號(hào)通路與特定血管平滑肌細(xì)胞（VSMC）相互作用的內(nèi)皮細(xì)胞（ECS）。體外實(shí)驗(yàn)證明了BMP6誘導(dǎo)的VSMCs骨發(fā)生性分化。此外，BMP6通過(guò)結(jié)合BMP6受體復(fù)合體，激活SMAD信號(hào)通路。內(nèi)皮特異性BMP6敲除（BMP6^埃科ApoE^−/−）和過(guò)度表達(dá)小鼠證實(shí)BMP6加重血管鈣化，而其敲低作用減少鈣化病變。此外，流動(dòng)受擾通過(guò)抑制Krüppel樣因子4，并將血流動(dòng)動(dòng)力學(xué)力量與BMP6介導(dǎo)的鈣化聯(lián)系起來(lái)，上調(diào)BMP6表達(dá)。這些發(fā)現(xiàn)表明，BMP6是CAS血管鈣化的關(guān)鍵調(diào)控因子，由EC–VSMC相互作用和血流動(dòng)動(dòng)力學(xué)應(yīng)激驅(qū)動(dòng)。
部分結(jié)果展示：
 
圖4 EC來(lái)源的BMP6促進(jìn)VSMCs的骨質(zhì)分化。
A）HAoSMCs和HUVEC共培養(yǎng)系統(tǒng)的示意圖。下腔室的HUVECs在24小時(shí)前用BMP6過(guò)表達(dá)質(zhì)粒或空載體對(duì)照（OE-NC）質(zhì)粒轉(zhuǎn)染，并與上腔的HAoSMCs共培養(yǎng)48小時(shí)，使用六孔跨孔單元。
 
圖9.流動(dòng)受阻通過(guò)上調(diào)的KL4轉(zhuǎn)錄因子啟動(dòng)BMP6表達(dá)。
D）對(duì)與含si-NC（負(fù)對(duì)照小干擾RNA[siRNA]）和si-KLF4轉(zhuǎn)染的HUVEC共培養(yǎng)的HAoSMCs中KLF4、BMP6、MSX2、RUNX2、Osterix、p-SMAD1/5/8和SMAD1的蛋白質(zhì)表達(dá)水平進(jìn)行了Western blot分析。GAPDH被用作裝載控制（虛線框）。蛋白質(zhì)表達(dá)水平的定量數(shù)據(jù)見右側(cè)（n = 6）。E）在與用si-KLF4轉(zhuǎn)染的HUVECs共培養(yǎng)并可與LDN-214117處理的HAoSMCs中，進(jìn)行MSX2、RUNX2、p-SMAD1/5/8和SMAD1的Western blot.
中喬新舟生物的細(xì)胞產(chǎn)品原代人臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞-huvec（貨號(hào)：DFSC-EC-01/PRI-H-00023）參與了該項(xiàng)研究。
 
4. 題目：去甲腎上腺素通過(guò)受體脫敏誘導(dǎo)Sertoli細(xì)胞鐵剝落，導(dǎo)致壓力相關(guān)的男性生殖功能障礙
Norepinephrine Induces Sertoli Cell Ferroptosis via Receptors Desensitization Causing Stress-Related Male Reproductive Dysfunction
DOI：10.1002/advs.202504817
發(fā)表時(shí)間： 2025-10-06 
發(fā)表期刊：Advanced Science
影響因子：14.1
作者單位: 西安交通大學(xué)
文章摘要：
心理壓力對(duì)男性生殖構(gòu)成重大威脅；然而，其底層的分子機(jī)制仍然了解不清楚。應(yīng)激誘導(dǎo)的交感神經(jīng)系統(tǒng)過(guò)度激活會(huì)觸發(fā)去甲腎上腺素（NE）的分泌，這是一種參與多種病理生理過(guò)程的關(guān)鍵介質(zhì)。盡管NE與男性生殖功能障礙有關(guān)，但具體機(jī)制尚不清楚。本研究證明，心理壓力可通過(guò)NE誘發(fā)Sertoli細(xì)胞鐵剝亡，其特征包括鐵過(guò)載、脂質(zhì)過(guò)氧化以及鐵相關(guān)蛋白表達(dá)改變。普萘洛爾阻斷β腎上腺素能受體（β-ARs）緩解了壓力引起的損傷，抑制鐵凋亡并促進(jìn)精子生成。體外選擇性β₁- 還有β₂-AR拮抗劑逆轉(zhuǎn)了NE誘導(dǎo)的Sertoli細(xì)胞鐵剝蝕。機(jī)制上，NE激活β-抑制素1，驅(qū)動(dòng)β-AR的脫敏和內(nèi)化，進(jìn)而刺激抑制性G蛋白（Gi），抑制CREB1依賴的GPX4轉(zhuǎn)錄，并促進(jìn)鐵剝落。研究結(jié)果表明，NE誘導(dǎo)的β-ARs脫敏是Sertoli細(xì)胞鐵剝壞的機(jī)制驅(qū)動(dòng)因素。β-ARs信號(hào)調(diào)制被提出作為緩解壓力相關(guān)男性生殖障礙的潛在治療方法。
部分結(jié)果展示：
 
圖3.NE會(huì)誘導(dǎo)TM4細(xì)胞中的鐵剝細(xì)胞。
A） 對(duì)用NE或DMSO處理的TM4細(xì)胞進(jìn)行實(shí)驗(yàn)性分組。
 
圖4. Fer-1能拯救TM4細(xì)胞中NE誘導(dǎo)的鐵凋亡。
A） TM4細(xì)胞對(duì)NE處理，無(wú)論是否使用Fer-1（0.5微米）。
 
圖5. 抑制β-ARs可挽救NE誘導(dǎo)的鐵剝亡。
A） TM4細(xì)胞用NE、阿替洛爾（ATN，β處理1-AR特異性，1微米），或ICI118551（ICI，β2-AR特異性，1微米）。K） 對(duì)每個(gè)處理組TM4細(xì)胞裂解液中的ACSL4、SLC7A11和GPX4表達(dá)進(jìn)行Wb 分析（n = 3–4）。數(shù)據(jù)以SEM均值±呈現(xiàn)。
中喬新舟生物的細(xì)胞產(chǎn)品TM4小鼠睪丸支持細(xì)胞（貨號(hào)：ZQ0091）參與了該項(xiàng)研究。
 
5. 題目：NIR-II響應(yīng)性多功能支架，實(shí)現(xiàn)“殺傷-調(diào)制-構(gòu)建”協(xié)同治療感染性骨缺損
NIR-II Responsive Multifunctional Scaffold Enabling “Kill-Modulation-Build” Synergistic Therapy for Infectious Bone Defects
DOI：10.1002/advs.202508948 
發(fā)表時(shí)間：2025-10-07 
發(fā)表期刊：Advanced Science
影響因子： 14.1
作者單位: 南京醫(yī)科大學(xué)
文章摘要：
感染性骨缺損面臨雙重挑戰(zhàn)：消滅細(xì)菌和組織再生，而這些問(wèn)題還因生物膜形成、抗生素耐藥性和慢性炎癥而更加復(fù)雜。這里開發(fā)了近紅外II（NIR-II）響應(yīng)型纖維支架，采用順序“殺傷-調(diào)節(jié)-構(gòu)建”治療策略，涵蓋感染清除、免疫調(diào)節(jié)和骨骼修復(fù)。在NIR-II照射下，聚集誘導(dǎo)的發(fā)射納米顆粒（AIE NPs）產(chǎn)生局部高熱反應(yīng)，消除細(xì)菌和生物膜，提供一種非抗生素解決方案，降低耐藥性發(fā)展風(fēng)險(xiǎn)。此外，黑磷納米片（BP NSs）會(huì)清除活性氧（ROS），并將巨噬細(xì)胞重新編程為促進(jìn)再生的M2表型。這種免疫調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)變促進(jìn)骨髓干細(xì)胞的內(nèi)皮遷移、新生血管形成和骨生成分化。憑借優(yōu)異的生物相容性和仿生結(jié)構(gòu)，支架支持協(xié)調(diào)的抗菌、免疫調(diào)節(jié)和骨誘導(dǎo)反應(yīng)。這項(xiàng)工作為結(jié)合光熱療法與免疫和再生調(diào)節(jié)，為復(fù)雜感染性骨缺陷的治療提供了有前景的平臺(tái)。
部分結(jié)果展示：
 
圖4. AIE NPs@BP NSs@FSs的生物相容性和抗菌特性。
中喬新舟生物的細(xì)胞產(chǎn)品原代人口腔角質(zhì)形成細(xì)胞（貨號(hào)：PRI-H-00140）參與了該項(xiàng)研究。