酵母雙雜交由Fields和Song在1989年提出. 他的產(chǎn)生是基于對(duì)真核細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子特別是酵母轉(zhuǎn)錄因子GAL4性質(zhì)的研究。酵母雙雜交就是基因轉(zhuǎn)錄所需的轉(zhuǎn)錄因子的兩個(gè)結(jié)構(gòu)域在兩個(gè)互作蛋白的吸引下位置靠近，誘導(dǎo)了基因的表達(dá)。
酵母雙雜交系統(tǒng)的最主要的應(yīng)用是快速、直接分析已知蛋白之間的相互作用，及分離新的與已知蛋白作用的配體及其編碼基因。酵母雙雜交系統(tǒng)檢測(cè)蛋白之間的相互作用具有以下優(yōu)點(diǎn)： ⑴ 作用信號(hào)是在融合基因表達(dá)后， 在細(xì)胞內(nèi)重建轉(zhuǎn)錄因子的作用而給出的， 省去了純化蛋白質(zhì)的繁瑣步驟。⑵ 檢測(cè)在活細(xì)胞內(nèi)進(jìn)行， 可以在一定程度上代表細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)情況。⑶ 檢測(cè)的結(jié)果可以是基因表達(dá)產(chǎn)物的積累效應(yīng)， 因而可檢測(cè)存在于蛋白質(zhì)之間的微弱的或暫時(shí)的相互作用。⑷酵母雙雜交系統(tǒng)可采用不同組織、器官、細(xì)胞類型和分化時(shí)期材料構(gòu)建cDNA文庫， 能分析細(xì)胞漿、細(xì)胞核及膜結(jié)合蛋白等多種不同亞細(xì)胞部位及功能的蛋白。
酵母雙雜交系統(tǒng)是分析蛋白-蛋白間相互作用的有效和快速的方法，但仍存在一些問題有待解決。
酵母雙雜交系統(tǒng)應(yīng)用中常遇到的問題之一是假陽性較多。所謂假陽性就是：在待研究的兩個(gè)蛋白間沒有發(fā)生相互作用的情況下，報(bào)告基因被激活。主要原因是由于BD融合誘餌蛋白有單獨(dú)激活作用，或者這種融合蛋白的激活作用被外來蛋白激活。另外AD融合靶蛋白如果有DNA的特異性結(jié)合，則也可單獨(dú)激活報(bào)告基因的表達(dá)。因此，為排除假陽性就需要作嚴(yán)格的對(duì)照試驗(yàn)。應(yīng)對(duì)誘餌和靶蛋白分別作單獨(dú)激活報(bào)告基因的鑒定。目前酵母雙雜系統(tǒng)都采用了多個(gè)報(bào)告基因，且每個(gè)報(bào)告基因的上游調(diào)控區(qū)各不相同，這可減少大量的假陽性。另外，報(bào)告基因通常整合到染色體上，可以使基因表達(dá)水平穩(wěn)定，消除了由于質(zhì)粒拷貝數(shù)變化引起基因表達(dá)水平波動(dòng)而造成的假陽性。
在酵母雙雜交的應(yīng)用中有時(shí)也會(huì)遇到假陰性現(xiàn)象。所謂假陰性，即兩個(gè)蛋白本應(yīng)發(fā)生相互作用，但報(bào)告基因不表達(dá)或表達(dá)程度甚低以至于檢測(cè)不出來。造成假陰性的原因主要有兩方面：一是融合蛋白的表達(dá)對(duì)細(xì)胞有毒性。這時(shí)應(yīng)該選擇敏感性低的菌株或拷貝數(shù)低的載體。二是蛋白間的相互作用較弱，應(yīng)選擇高敏感的菌株及多拷貝載體。目前假陰性現(xiàn)象雖不是實(shí)驗(yàn)中的主要問題，但也應(yīng)予以重視。
轉(zhuǎn)化效率是酵母雙雜交文庫篩選時(shí)成敗的關(guān)鍵之一，特別是對(duì)低豐度cDNA庫進(jìn)行篩選時(shí)，必須提高轉(zhuǎn)化效率。轉(zhuǎn)化時(shí)可采用共轉(zhuǎn)化或依次轉(zhuǎn)化，相比之下共轉(zhuǎn)化省時(shí)省力。更重要的是如果單獨(dú)轉(zhuǎn)化會(huì)發(fā)生融合表達(dá)蛋白對(duì)酵母細(xì)胞的毒性時(shí)，共轉(zhuǎn)化則可以減弱或消除這種毒性。一種更有效的方法是將誘餌蛋白載體與靶蛋白載體分別轉(zhuǎn)入不同接合型的單倍體酵母中，通過兩種接合型單倍體細(xì)胞的雜交將誘餌蛋白與靶蛋白帶入同一個(gè)二倍體細(xì)胞。
近年來，還有許多研究者對(duì)雙雜交系統(tǒng)進(jìn)行了改進(jìn)和發(fā)展。例如采用假陽性顯示分析法和雙篩選系統(tǒng)以減少"假陽性"的發(fā)生；發(fā)展哺乳動(dòng)物雙雜交系統(tǒng)更好地研究蛋白間的相互作用。其中雙篩選系統(tǒng)用二種不同的報(bào)告基因（常用lacZ和HIS3）有以下優(yōu)勢(shì)：用不同的啟動(dòng)子表達(dá)位于酵母二個(gè)染色體上的報(bào)告基因，可明顯減少假陽性。通過營養(yǎng)型篩選增強(qiáng)了篩選能力，尤其適用于對(duì)較大的庫容量而被選蛋白較少情況下的篩選。
酵母雙雜交系統(tǒng)是在真核模式生物酵母中進(jìn)行的，研究活細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)相互作用，對(duì)蛋白質(zhì)之間微弱的、瞬間作用也能夠通過報(bào)告基因的表達(dá)產(chǎn)物敏感地檢測(cè)得到。大量的研究文獻(xiàn)表明，酵母雙雜交技術(shù)在發(fā)現(xiàn)新的蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)的新功能、研究抗原和抗體相互作用、篩選藥物作用位點(diǎn)及藥物對(duì)蛋白互作影響、建立基因組蛋白連鎖圖等方面應(yīng)用廣泛。隨著對(duì)酵母雙雜交技術(shù)的研究深入和不斷優(yōu)化，酵母雙雜交技術(shù)與其它技術(shù)結(jié)合，將更有利于對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果作出更為完整和準(zhǔn)確的判斷。