01--2020.9.27
1、Plant Physiology | 西北農(nóng)林科技大學(xué)單衛(wèi)星課題組揭示植物免疫調(diào)控新機(jī)制！
Plant Physiology在線發(fā)表了西北農(nóng)林科技大學(xué)農(nóng)學(xué)院?jiǎn)涡l(wèi)星課題組題為 “Cytidine-to-Uridine RNA editing factor NbMORF8 negatively regulates plant immunity to Phytophthora pathogens” 的研究論文。論文發(fā)現(xiàn)線粒體和葉綠體C到U的RNA編輯因子MORF (Multiple organellar RNAediting factor)家族的多個(gè)成員參與調(diào)控植物對(duì)疫霉菌的免疫反應(yīng)，并進(jìn)一步解析了其中一個(gè)線粒體和葉綠體雙重定位的MORF成員NbMORF8參與調(diào)控植物免疫的分子機(jī)制。
本文發(fā)現(xiàn)參與植物RNA編輯的本氏煙NbMORF家族具有調(diào)控植物免疫的功能，探索了RNA編輯現(xiàn)象在植物免疫功能方面發(fā)揮的作用，并進(jìn)一步解析了NbMORF8免疫負(fù)調(diào)控因子的作用機(jī)制。探索新的參與調(diào)控植物免疫的基因，對(duì)作物抗病育種具有著重要的意義。
資訊原文鏈接：https://sci-hub.se/10.1104/pp.20.00458
2、首次通過(guò)Meta分析闡述血液中細(xì)胞特異性的DNA甲基化改變
國(guó)際期刊Nature Communications在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所（中國(guó)科學(xué)院-馬普學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所）Andrew Teschendorff課題組與汪思佳課題組合作的題為“A cell-type deconvolution meta-analysis of whole blood EWAS reveals lineage-specific smoking-associated DNA methylation changes”的研究成果。
研究團(tuán)隊(duì)首次通過(guò)細(xì)胞特異性的方式對(duì)血液EWAS進(jìn)行Meta分析來(lái)解決這個(gè)問(wèn)題。該團(tuán)隊(duì)收集并分析了來(lái)自7個(gè)獨(dú)立EWAS隊(duì)列的DNA甲基化數(shù)據(jù)，其中包括首個(gè)對(duì)吸煙相關(guān)DNAm變化進(jìn)行全面分析的中國(guó)隊(duì)列。分析發(fā)現(xiàn)與吸煙有關(guān)的DNAm變化在很大程度上與種族無(wú)關(guān)，佐證了將多種族隊(duì)列合并進(jìn)行Meta分析的合理性。Meta分析進(jìn)一步揭示了血液中大多數(shù)吸煙相關(guān)的DNAm變化是如何在骨髓細(xì)胞系內(nèi)發(fā)生的，并主要出現(xiàn)在炎性單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞的DNase超敏位點(diǎn)。其中一個(gè)新發(fā)現(xiàn)的與吸煙相關(guān)的髓樣特異性DNAm信號(hào)也與急性髓系白血病相關(guān)，而吸煙也正是急性髓細(xì)胞白血病的中度危險(xiǎn)因素。與此同時(shí)，在淋巴細(xì)胞系內(nèi)則并未發(fā)現(xiàn)多少與吸煙相關(guān)的DNAm改變。
資訊原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-020-18618-y
02--2020.9.28
1、戰(zhàn)勝超級(jí)細(xì)菌的關(guān)鍵基因線索——質(zhì)粒測(cè)序
來(lái)自威爾康桑格研究所和牛津大學(xué)大數(shù)據(jù)研究所的基因組病原體監(jiān)測(cè)中心的研究人員，一起使用基因組測(cè)序技術(shù)分析質(zhì)粒和從歐洲醫(yī)院病人身上采集的肺炎克雷伯菌樣本中的細(xì)菌染色體。
9月24日發(fā)表在《PNAS》上“Integrated chromosomal and plasmid sequence analyses reveal diverse modes of carbapenemase gene spread among Klebsiella pneumoniae”這項(xiàng)發(fā)現(xiàn)揭示了抗生素耐藥基因通過(guò)質(zhì)粒在細(xì)菌群體中傳播的三種不同途徑。研究人員說(shuō)，在追蹤抗生素耐藥性時(shí)，將質(zhì)粒包括在內(nèi)是至關(guān)重要的，這樣才能最大限度地阻止超級(jí)細(xì)菌。
資訊原文鏈接：https://sci-hub.se/10.1073/pnas.2003407117
2、上海交大最新論文發(fā)表新冠肺炎最新研究成果
自2020年2月底，上海交通大學(xué)電院李金金團(tuán)隊(duì)開(kāi)始針對(duì)新型冠狀病毒抑制劑進(jìn)行深入的理論研究，近日最新研究成果（Potential Inhibitors for the Novel Coronavirus (SARS-CoV-2)）于2020年9月18日發(fā)表在計(jì)算機(jī)與生物信息學(xué)交叉領(lǐng)域權(quán)威期刊《Briefings in Bioinformatics》（IF=8.99, JCR 1區(qū)top期刊）上。
該文章還詳細(xì)研究了藥物分子和新型冠狀病毒蛋白的結(jié)合作用機(jī)制，通過(guò)分子對(duì)接手段確定了不同藥物分子與病毒蛋白結(jié)合的位點(diǎn)信息，以及蛋白質(zhì)殘基對(duì)結(jié)合能力的貢獻(xiàn)程度。研究的8種抑制劑分子都會(huì)傾向于與病毒蛋白結(jié)合在相近的位點(diǎn)。對(duì)于結(jié)合能力最強(qiáng)的13b分子，病毒蛋白殘基MET165和HIE163對(duì)于藥物與病毒結(jié)合的貢獻(xiàn)最大，其中殘基MET165貢獻(xiàn)主要是范德華相互作用，HIE163主要貢獻(xiàn)是靜電能。
文章所研究的藥物分子和3CL水解酶的結(jié)合機(jī)制以及殘基對(duì)結(jié)合能的貢獻(xiàn)分析可以為后續(xù)藥物研究提供理論基礎(chǔ)，并指導(dǎo)新冠病毒抑制劑的設(shè)計(jì)，研制出針對(duì)新冠肺炎治療效果更好的藥物。
資訊原文鏈接：https://sci-hub.se/10.1093/bib/bbaa209
03--2020.9.29
1、Nature | 光驅(qū)動(dòng)的蛋白側(cè)鏈引入反應(yīng)
分享一篇在Nature上的文章“Light-driven post-translational installation of reactive protein side chains”，文章的通訊作者是來(lái)自牛津大學(xué)化學(xué)系的Gouverneur教授和Davis教授。Gouverneur教授課題組的研究方向?yàn)橛梅锖铣商烊划a(chǎn)物類(lèi)似物和化學(xué)探針，Davis教授課題組致力于合成生物學(xué)和化學(xué)生物學(xué)方面的研究。
作者開(kāi)發(fā)了一種利用自由基反應(yīng)將指定側(cè)鏈引入蛋白的方法，該方法在可見(jiàn)光照射下、在水中即可發(fā)生，并且經(jīng)實(shí)驗(yàn)證明對(duì)于多種側(cè)鏈都有較好的反應(yīng)性和位點(diǎn)選擇性，該方法可能有助于揭示翻譯后修飾酶的功能或者創(chuàng)造有其他功能的蛋白質(zhì)。
資訊原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2733-7
2、諾獎(jiǎng)得主手中的那株青霉菌被首次測(cè)序
1928年，亞歷山大?弗萊明（Alexander Fleming）在倫敦圣瑪麗醫(yī)院的醫(yī)學(xué)院工作時(shí)發(fā)現(xiàn)了第一種抗生素——青霉素（penicillin）。這種抗生素是由青霉屬中的霉菌產(chǎn)生的，能夠抑制葡萄球菌的生長(zhǎng)。憑借此項(xiàng)發(fā)現(xiàn)，弗萊明在1945年被授予諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)。
之后，弗萊明所發(fā)現(xiàn)的青霉菌菌種被交給牛津大學(xué)的研究小組保存。如今，來(lái)自倫敦帝國(guó)理工學(xué)院、牛津大學(xué)和國(guó)際應(yīng)用生物科學(xué)中心（CABI）的研究人員利用五十多年前冷凍保存的樣本，對(duì)這個(gè)原始青霉菌菌株開(kāi)展了基因組測(cè)序。這項(xiàng)成果于9月24日發(fā)表在《Scientific Reports》雜志上。
研究小組還將弗萊明的青霉菌菌株和美國(guó)現(xiàn)在大規(guī)模生產(chǎn)抗生素所用的菌株進(jìn)行比較。他們發(fā)現(xiàn)，英國(guó)菌株和美國(guó)菌株生產(chǎn)青霉素的方式略有不同，這可能對(duì)抗生素的工業(yè)生產(chǎn)有意義。
資訊原文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41598-020-72584-5
04--2020.9.30
1、J. Am. Chem. Soc. | 雙功能CAR-T 細(xì)胞助力固態(tài)瘤的治療
推薦一篇來(lái)自JACS的文章“Enhanced safety and anti-tumor efficacy of switchable dual chimeric antigen receptor-engineered T cell against solid tumor through a synthetic bifunctional PD-L1-blocking peptide”，文章的通訊作者是來(lái)自中國(guó)藥科大學(xué)的薛建鵬老師和徐寒梅老師，兩者主要研究的方向都是多肽藥物和腫瘤治療。
本文將PD-1/PD-L1的抑制療法和CAR-T細(xì)胞免疫療法相互結(jié)合，構(gòu)建了雙嵌合體受體的sdCAR-T細(xì)胞與FRBM組合的體系。這一雙重的體系可以很好的在抑制PD-L1活性的同時(shí)啟動(dòng)靶向癌癥細(xì)胞的T細(xì)胞免疫，實(shí)現(xiàn)特異性高，清除力強(qiáng)的癌細(xì)胞清除，是一種非常有前景的治療方式。
原文連接：https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.0c08538
2、JEB | 浙江大學(xué)殷學(xué)仁教授課題組取得柿基因組及柿果實(shí)脫澀保脆研究新進(jìn)展
近年來(lái)，殷學(xué)仁教授團(tuán)隊(duì)在柿果實(shí)脫澀保脆機(jī)制方面開(kāi)展了持續(xù)研究工作，陸續(xù)明確了乙烯響應(yīng)因子是影響脫澀的主要調(diào)控因子，并解析了其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。近期，JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY發(fā)表了題為 “High CO2/hypoxia-induced softening of persimmon fruit is modulated by DkERF8/16 and DkNAC9 complexes ”的研究論文，該研究進(jìn)一步解析了ERF-NAC轉(zhuǎn)錄因子復(fù)合體對(duì)柿果實(shí)采后脫澀軟化的調(diào)控作用。本研究中，課題組通過(guò)多處理間的轉(zhuǎn)錄組比較分析，獲得了227個(gè)可能參與柿果實(shí)采后軟化的差異表達(dá)基因，其中包括17個(gè)轉(zhuǎn)錄因子。通過(guò)煙草雙熒光素酶、EMSA等，發(fā)現(xiàn)DkNAC9能夠轉(zhuǎn)錄激活DkEGase1啟動(dòng)子活性。進(jìn)一步分析表明，DkNAC9和前面報(bào)道過(guò)的DkERF8/16對(duì)DkEGase1啟動(dòng)子存在一個(gè)協(xié)同增效現(xiàn)象，且DkNAC9與DkERF8/16之間存在蛋白互作。結(jié)合前期研究（Wang等，2017，PBJ），認(rèn)為ERF和NAC轉(zhuǎn)錄因子協(xié)同參與了柿果實(shí)脫澀后軟化過(guò)程的纖維素和半纖維素降解，后期有望通過(guò)這些關(guān)鍵基因?qū)崿F(xiàn)對(duì)柿果實(shí)脫澀保脆性狀的控制。
原文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41438-019-0227-2