蛋白質(zhì)組學(xué)可以分析、鑒定腫瘤細(xì)胞的蛋白質(zhì)分子變化，為腫瘤的診斷提供極有價(jià)值的信息。目前，許多學(xué)者應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)已經(jīng)在口腔鱗癌、前列腺癌、肝癌、乳腺癌、結(jié)直腸癌、卵巢癌、膀胱癌腎細(xì)胞癌、和肺癌等研究中取得了一定成果，部分腫瘤蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)已建立，許多新的腫瘤標(biāo)志物和一些腫瘤相關(guān)的蛋白質(zhì)已經(jīng)悄然問(wèn)世。
蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)?:發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)\比較蛋白質(zhì)組學(xué)\修飾蛋白質(zhì)組學(xué)\靶向蛋白質(zhì)組學(xué)\多肽組學(xué)
研究思路
案例分析
(1) 口腔鱗癌研究中的應(yīng)用
口腔鱗癌（Ral squamous cell carcinoma，OSCC）是頭頸部惡性腫瘤的最常見(jiàn)類型，表現(xiàn)出高患病率和發(fā)病率，OSCC不同組織區(qū)域具有特定的組織病理學(xué)和分子特征，限制了基于腫瘤-結(jié)節(jié)-轉(zhuǎn)移（Tumor?node –metastasis，TNM）標(biāo)準(zhǔn)的臨床分期，接受標(biāo)準(zhǔn)治療的患者OSCC復(fù)發(fā)率在18％至76％之間。因此，評(píng)估OSCC患者的預(yù)后結(jié)果的生物學(xué)標(biāo)志物具有重要的臨床意義。
(2) 前列腺癌研究上的應(yīng)用
前列腺癌是主要的新癌癥，是男性的第二大常見(jiàn)癌癥和全球第四大常見(jiàn)腫瘤類型。與正常前列腺細(xì)胞不同，前列腺癌細(xì)胞轉(zhuǎn)錄極大失調(diào)，細(xì)胞增殖不受控制。因此，新發(fā)現(xiàn)的控制前列腺癌轉(zhuǎn)錄組機(jī)制將為診斷和治療提供有價(jià)值的信息。人類基因組在細(xì)胞核的三維（3D）空間中分為活躍和不活躍的區(qū)室，高接觸頻率的區(qū)域稱為拓?fù)潢P(guān)聯(lián)域（TAD）。隨著細(xì)胞從一種類型變?yōu)榱硪环N類型，部分TAD會(huì)在活躍和不活躍染色質(zhì)狀態(tài)之間轉(zhuǎn)換，TAD的狀態(tài)改變會(huì)影響TAD內(nèi)基因的表達(dá)水平，而且基因通常是由位于同一TAD中的增強(qiáng)子調(diào)控的。在由CTCF結(jié)合的調(diào)控元件對(duì)之間的染色質(zhì)環(huán)改變，可能會(huì)使遠(yuǎn)距離調(diào)控元件的啟動(dòng)子聚集在一起（或分開(kāi)），從而引起基因表達(dá)的變化。因此，轉(zhuǎn)錄組可能會(huì)受到TAD邊界變化的影響。通過(guò)原位Hi-C技術(shù)，結(jié)合ATAC-seq或NOMe-seq（核小體占據(jù)和甲基化測(cè)序）等方法從中推斷出染色質(zhì)相互作用中涉及的TF，定義了與TF相對(duì)應(yīng)的核小體耗盡區(qū)（NDR）。本文研究了a.TAD的表觀遺傳狀態(tài)，b.識(shí)別并表征正常和癌癥特異性的增強(qiáng)子-啟動(dòng)子環(huán)。TAD和染色質(zhì)環(huán)的這種特征提供了更詳細(xì)的前列腺腫瘤發(fā)生的表觀遺傳機(jī)制。
(3) 肝細(xì)胞癌上的應(yīng)用
肝細(xì)胞癌（HCC）是最常見(jiàn)的惡性腫瘤之一，發(fā)病率位居全球第六，全球死亡率位居第三。高頻率的早期轉(zhuǎn)移意味著HCC在確診時(shí)通常處于晚期，降低了患者獲得及時(shí)治愈的可能。因此，通過(guò)諸如血清生物標(biāo)志物的檢測(cè)來(lái)診斷早期HCC是非常重要的。2017年，一篇報(bào)道在Oncotarget上的文章，利用iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)手段篩選出乙肝（HBV，n=10）組、肝硬化（LC，n=10）組、肝細(xì)胞癌（HCC，n=10）組和健康對(duì)照（HC，n=10）組之間的差異表達(dá)蛋白，并且對(duì)潛在的肝細(xì)胞癌標(biāo)志物進(jìn)行K均值聚類分析，GO和串聯(lián)網(wǎng)絡(luò)分析，最終選取3個(gè)肝癌標(biāo)志物（CD14、GELS和QSOX1）。進(jìn)行WB驗(yàn)證，綜合分析后鎖定CD14分子進(jìn)行ELISA實(shí)驗(yàn)確證，發(fā)現(xiàn)其具有作為早期肝癌診斷標(biāo)志物的潛能[1]。
實(shí)驗(yàn)流程圖
(4) 膽管癌研究上的應(yīng)用
膽管癌（CCA）包括一組異質(zhì)性膽管癌，預(yù)后較差。某些情況（例如原發(fā)性 硬化性 膽管炎（PSC））是危險(xiǎn)因素。肝內(nèi)CCA和肝細(xì)胞癌（HCC）之間的非侵入性鑒別診斷有時(shí)很困難。Ander Arbelaiz[2]等人選擇43例膽管癌，30例膽管炎，29例肝癌患者與32例正常人的血清樣本，通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)分析鑒定樣本外泌體中的差異表達(dá)蛋白，研究者發(fā)現(xiàn)膽管癌中FIBG, IGHA1, VNN1, CRP, GGT1andA1AG1 的表達(dá)量顯著高于其他的三個(gè)樣本，其中CRP蛋白顯示出較高的診斷價(jià)值。
之后，異種移植CCA后，作者通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)分析小鼠血液外泌體，從中鑒定到23個(gè)人類蛋白，證明腫瘤的外泌體可以分泌到血液中。說(shuō)明血清EV中發(fā)現(xiàn)的CRP蛋白等新型標(biāo)志物蛋白質(zhì)作為診斷工具具有潛在的應(yīng)用價(jià)值。
(5) 肺癌研究上的應(yīng)用
肺癌是死亡率極高的一種癌癥，其生存率為15%，是所有癌癥中最低的。Grasso CS[3]運(yùn)用iTRAQ和質(zhì)譜技術(shù)共鑒定出51種差異表達(dá)的蛋白質(zhì)，29種蛋白被上調(diào)，22種蛋白被下調(diào)。下調(diào)的蛋白質(zhì)主要是參與調(diào)節(jié)營(yíng)養(yǎng)或藥物代謝的酶。而TGF-β 誘導(dǎo)的大部分蛋白（如原肌球蛋白、熱休克蛋白27、谷氨酰胺轉(zhuǎn)胺酶等）參與細(xì)胞遷移、粘附和侵襲的調(diào)節(jié)，在癌癥的發(fā)生發(fā)展過(guò)程中起到了一定的作用。
金開(kāi)瑞蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái)
金開(kāi)瑞蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái)自成立至今，已服務(wù)客戶300+家，分析物種150+，完成生物樣本4000+。物種類型囊括細(xì)菌、真菌、病毒、各種模式生物及高等動(dòng)植物；樣本類型涉及微生物菌體、病毒、植物組織、動(dòng)物組織器官、體液（血液、尿液、腦脊液、唾液、毒液等）、細(xì)胞系等。
服務(wù)優(yōu)勢(shì)
1、先進(jìn)的Q Exactive?、Q Exactive? HF-X、AB SCIEX TripleTOF 5600 +質(zhì)譜儀系統(tǒng)。
2、ISO9001體系管理，嚴(yán)格質(zhì)量控制，每個(gè)環(huán)節(jié)均有嚴(yán)格監(jiān)控指標(biāo)及詳盡的實(shí)驗(yàn)記錄。
3、獨(dú)立的博士研發(fā)團(tuán)隊(duì)，專業(yè)從事技術(shù)流程及新技術(shù)開(kāi)發(fā)，目前已擁有多項(xiàng)自主研發(fā)**、軟件著作權(quán)。
4、所出具的數(shù)據(jù)結(jié)果可達(dá)到任何雜志的要求，提供終身免費(fèi)售后服務(wù)，含數(shù)據(jù)解讀、文章內(nèi)容修改、審稿人意見(jiàn)答復(fù)等。
參考文獻(xiàn)
[1] J Guo, R Jing, et al. Identification of CD14 as a potential biomarker of hepatocellular carcinoma using iTRAQ quantitative proteomics[J]. Oncotarget.
[2] Ander Arbelaiz, et al. Serum extracellular vesicles contain protein biomarkers for primary sclerosing cholangitis and cholangiocarcinoma[J]. Hepatology.
[3] Grasso C S . Differential protein expression profiling by iTRAQ-2DLC-MS/MS of lung cancer cells undergoing epithelial-mesenchymal transition reveals a migratory/invasive phenotype[J]. Journal of Proteome Research.