宏病毒組學(xué)(Viral Metagenomics)是宏基因組學(xué)的一個(gè)分支,是在宏基因組學(xué)概念的基礎(chǔ)上,結(jié)合病毒自身的特點(diǎn),如應(yīng)用特殊方法把特定環(huán)境中所有病毒與其他微生物分開,然后提取的病毒核酸,用高通量技術(shù)進(jìn)行病毒核酸測(cè)序(VLPmetagenomes),也可以不進(jìn)行病毒與微生物分離并提取核酸進(jìn)行測(cè)序(Bulk metagenomes),最后將測(cè)序結(jié)果與現(xiàn)有的核酸文庫(kù)進(jìn)行比對(duì),并運(yùn)用軟件分析處理后，最終得到研究樣品中病毒群落的組成信息。
技術(shù)路線
技術(shù)參數(shù)
樣本要求
糞便：3-5g/sample
DNA：總量≥1μg、濃度≥100ng/μL
檢測(cè)平臺(tái)
測(cè)序平臺(tái)：Illumina Nova Seq6000
測(cè)序策略：PE150
測(cè)序深度：10g/20G
常規(guī)項(xiàng)目周期
實(shí)驗(yàn)檢測(cè)：20個(gè)自然日
數(shù)據(jù)分析：50個(gè)自然日
應(yīng)用方向
1、噬菌體治療
2、敏化抗生素抗性細(xì)菌
3、促發(fā)機(jī)體免疫從而保護(hù)宿主免受病毒感染等
案例分析
Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders
重度抑郁癥（MDD）是一種常見的使人衰弱的精神障礙，與腸道微生物組密切相關(guān)，但人們對(duì)于其潛在機(jī)制，腸道病毒、腸道菌群和代謝組的變化以及它們之間是如何作用從而影響MDD知之甚少。本文使用全基因組鳥槍法的宏基因組學(xué)技術(shù)和基于GC-MS的非靶向代謝組學(xué)方法，對(duì)來自MDD和健康對(duì)照（HCs）患者的311分糞便樣本進(jìn)行檢測(cè)，通過分析確定了有明顯差異的 3 個(gè)噬菌體、47 個(gè)菌和 50 個(gè)代謝物，通過Random Forest建模，選出了對(duì)MDD和HCs有一定區(qū)分能力的潛在標(biāo)志物組合，為深入了解腸道生態(tài)系統(tǒng)在MDD的作用及潛在機(jī)制研究提供了有力的依據(jù)。
圖1 差異病毒、細(xì)菌和代謝物共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)
圖2 隨機(jī)森林模型