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生物通報道 在過去的7年里一直在忙于編寫患者腫瘤突變目錄的癌癥研究人員們，現正在談論他們下一步該做什么。本周，美國國家癌癥研究所(NCI)的研究人員將他們愿望清單上的一項計劃公諸于世：對每種癌癥類型10000個腫瘤開展更廣泛的調查，目的旨在發現非常罕見的癌癥基因。生物通 明年，NCI將會結束“癌癥基因組圖集”（The Cancer Genome Atlas，TCGA）計劃。這一大型計劃于2006年啟動，旨在全面尋找腫瘤中與癌癥相關的遺傳改變。超過150名癌癥研究人員投入這項工作，對約20種癌癥類型，每個類型500個腫瘤樣本（總共1萬個樣本）進行了測序。TCGA已經對已知癌癥基因進行了檢驗，發現了驅動某些癌癥的一些新遺傳改變；盡管該項目一直被批評成本過高，許多的研究人員仍認為這是值得的。
那下一步該做什么？在星期一召開的NCI科學顧問委員會(BSA)會議上，NCI癌癥遺傳學家Louis Staudt和Stephen Chanock概述了近期TCGA研討會提出的一個想法。Staudt解釋說，因為腫瘤常常有許多與癌癥無關的突變，辨別它們非常的困難。甚至對于最深入展開研究的癌癥，例如肺腺癌，一些已知的癌癥基因也沒有在癌癥基因組調查中突顯出來。要發現稀有癌癥基因，研究人員還需要對更多的樣本進行測序。生物通 Illumina近日推出人類外顯子組研究的Human Exome BeadChip芯片，技術資料咨詢> >>
Staudt隨后對他所謂的“10K概念”進行了描述?！斑@一想法是對乳腺癌和前列腺癌等幾種常見癌癥，每種類型進行10,000個腫瘤樣本測序。這應該足以發現只發生在1%樣本中的突變?！痹撚媱澾€試圖將個別患者的遺傳結果與臨床預后及如吸煙等生活方式因素聯系起來，這是TCGA沒有做到的。生物通 Staudt說，為每種癌癥尋找10,000腫瘤有可能比聽起來更容易。原因之一在于，近期研究人員發現石蠟保存腫瘤切片可以用于測序和基因表達研究?！斑@改變了游戲的規則，”Staudt說。直到現在，TCGA研究人員都認為他們必須利用冰凍樣本，而這稀缺的多。
通過從已完成的臨床試驗及觀察性研究中收集腫瘤樣本，依靠計劃性研究，該項目將節約不少的錢。例如一項名為ALChEMIST的NCI肺癌試驗將對7000名患者腫瘤進行測序，尋找16%攜帶兩種特異突變基因的患者；只有這些患者才會繼續進入到研究的治療部分。來自所有7000名患者的活檢有可能會成為10,000肺癌基因組計劃的組成部分。生物通
Staudt承認NCI面臨著5%的預算削減，這不是開展一個新的大型研究項目的好時機。幾個BSA成員對來自更多癌癥基因組“遞減性報酬”抱懷疑的態度。冷泉港實驗室主任Bruce Stillman說，盡管他是TCGA的強力支持者，按比例放大每種癌癥至10,000個腫瘤“在此刻并不是很明智”。 Stillman指出，發現乳腺癌風險基因BRCA1推動了尋找更多的家族性乳腺癌基因，但卻沒有獲得太多的發現。相反，NCI應該專注于更多地了解TCGA收集的數據，例如探索生物信號通路。
Staudt告訴ScienceInsider，NCI還沒有對10,000癌癥基因組計劃進行標價。這只是被認為應該跟隨在TCGA之后的幾個項目之一；它的命運還取決于NCI其他的優先事項。他警告說，目前還只是在討論階段?！斑@還不是一個‘項目’，它只是一個概念，有可能會或是不會成為一個項目?！眮碓矗荷锿?/p>