據(jù)統(tǒng)計，2014年開始，Hi-C相關(guān)的文章發(fā)表量呈指數(shù)級增長，其所發(fā)表的期刊，影響因子多集中于10-20分區(qū)域。歷年影響因子大于10的文章可占據(jù)總文章數(shù)量的35%以上。2019年1-8月，Hi-C相關(guān)文章發(fā)表數(shù)量已達(dá)186篇。可見，開展Hi-C研究的工作力度在逐漸加強(qiáng)，Hi-C技術(shù)，也成為了發(fā)表10分以上文章的開掛神器。
(圖片自作，文章數(shù)量來源于Pubmed)
目前，Hi-C主要應(yīng)用于揭示染色體區(qū)域（A/B compartments、TADs、Loops），協(xié)助理解基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控、疾病易感位點、基因組結(jié)構(gòu)變異和表觀遺傳等方面。那么，在生物科研領(lǐng)域中到底如何運用？今天，小編特整理了幾篇Hi-C的經(jīng)典高分文獻(xiàn)，帶您詳細(xì)了解一番。
LHX2- and LDB1-mediated trans interactions regulate olfactory receptor choice. Nature (IF=43.07). 2019 Jay.
研究人員借助Hi-C基因組測序技術(shù)，首次在哺乳動物的細(xì)胞核內(nèi)發(fā)現(xiàn)一種巧妙的三維重排機(jī)制。
The Energetics and Physiological Impact of Cohesin Extrusion. Cell (IF=36.216). 2018 Sep.
作者圍繞黏連蛋白擠壓的能量和生理學(xué)影響進(jìn)行了一系列研究，發(fā)現(xiàn)黏連蛋白擠壓需要其內(nèi)源性的ATP活性，大量的黏連蛋白結(jié)合在CTCF錨定位點附近產(chǎn)生了結(jié)構(gòu)性的條紋；條紋結(jié)構(gòu)可促進(jìn)啟動子-增強(qiáng)子的相互作用，而條紋錨定位點是腫瘤誘導(dǎo)TOP2β DNA斷裂的主要位點。
Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosomeconformation capture. Nat Genet（IF= 25.455）, 2018 May.
作者開發(fā)了一種Hi-C方法——DLO Hi-C，并利用這項技術(shù)成功的探索了基因組的三維結(jié)構(gòu)和染色體易位。DLO Hi-C具有簡單高效、高性價比、快速早期質(zhì)控等優(yōu)點。有助于探索全基因組的三維結(jié)構(gòu)以及相關(guān)的研究。
The methyltransferase SETDB1 regulates a large neuron-specific topological chromatin domain. Nat Genet (IF=25.455). 2017 Aug.
作者通過細(xì)胞類型特異性3D基因組圖譜，靶向表觀基因組編輯等技術(shù)手段，識別出了一種能幫助基因組免受CTCF過度結(jié)合的SETDB1依賴性“盾牌”，揭示表觀遺傳對染色體關(guān)鍵結(jié)構(gòu)域的影響。
3D Chromatin Structures of Mature Gametes and Structural Reprogramming during Mammalian Embryogenesis. Cell (IF=36.216). 2017 Jul.
該研究揭示了哺乳動物成熟精子和卵子的染色體3D結(jié)構(gòu)及在早期胚胎發(fā)育過程中染色體結(jié)構(gòu)的重編程變化，還首次發(fā)現(xiàn)染色體的高級結(jié)構(gòu)與DNA甲基化的關(guān)聯(lián)，并且發(fā)現(xiàn)早期發(fā)育的DNA去甲基化也與染色體的高級結(jié)構(gòu)相關(guān)。
Allelic reprogramming of 3D chromatin architecture during early mammalian development. Nature (IF=43.07). 2017 Jul.
研究者對哺乳動物染色體三維結(jié)構(gòu)在著床前胚胎發(fā)育過程中的動態(tài)重編程過程進(jìn)行探討，發(fā)現(xiàn)染色體的三維結(jié)構(gòu)在受精后首先呈現(xiàn)出一種極其松散的狀態(tài)，并在隨后的胚胎早期發(fā)育過程中逐步地以親本特異的方式建立和成熟。
3D structures of individual mammalian genomes studied by single-cell Hi-C. Nature (IF=43.07). 2017 Apr.
研究者運用單細(xì)胞Hi-C技術(shù)，研究了全基因組范圍內(nèi)整個染色質(zhì)DNA在空間位置上的關(guān)系，首次在單細(xì)胞水平上復(fù)原哺乳動物細(xì)胞完整基因組3D結(jié)構(gòu)圖。
上述文章中，于2018年5國月發(fā)表于Nature Genetic上的DLO Hi-C技術(shù)，由金開瑞技術(shù)顧問、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)教授，曹罡課題組與華中農(nóng)業(yè)大學(xué)李國亮教授課題組聯(lián)合開發(fā)，是國內(nèi)唯一且超越國外的三維基因組學(xué)自產(chǎn)技術(shù)。
作為一種全新的染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)，DLO Hi-C技術(shù)使全基因組染色體構(gòu)象捕獲實驗的成本大大的降低，同時簡化了實驗步驟，使得實驗成功率顯著提高，對輔助基因組組裝、解析基因組遠(yuǎn)程調(diào)控元件的功能、理解疾病易感位點以及檢測染色體結(jié)構(gòu)變異有著重要的意義。Nature Genetics同期發(fā)表專門評論性文章，對曹罡教授及其合作者的研究工作給予了較高評價。
目前，金開瑞聯(lián)合技術(shù)顧問曹罡教授，特推出DLO Hi-C技術(shù)服務(wù)，為您解析基因組三維結(jié)構(gòu)提供了一種新型、高效、經(jīng)濟(jì)的研究方案，讓您的文章開啟外掛。
DLO Hi-C服務(wù)流程:
(圖片來源:Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosomeconformation capture. Nat Genet, 2018 May.)
DLO Hi-C研究思路:
DLO Hi-C可以與RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq等數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析，從基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和表觀遺傳網(wǎng)絡(luò)來闡述生物體性狀形成的相關(guān)機(jī)制。
(圖片自作)
DLO Hi-C技術(shù)優(yōu)勢：
- 微量細(xì)胞建庫：正常建庫與生信分析的樣本量可低至10萬個核
- 高成功率：細(xì)胞樣本文庫構(gòu)建成功率幾乎為100%
- 建庫周期短：只需執(zhí)行兩輪簡單的消化和連接步驟即可獲得高質(zhì)量的文庫。
- 數(shù)據(jù)更準(zhǔn)確：測序前質(zhì)檢，確保數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性
- 分辨率更高：在測序數(shù)據(jù)量更少的情況下，互作矩陣分辨率更高，染色質(zhì)結(jié)構(gòu)分析得到的數(shù)據(jù)也更多
- 較高的信噪比：使用多種措施來減少噪音，保證高質(zhì)量的數(shù)據(jù)輸出，分析更準(zhǔn)確
- 量身定制個性化分析方案：提供DLO Hi-C的標(biāo)準(zhǔn)分析外，更注重與RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq和甲基化等多組學(xué)表觀遺傳分析，提供個性化的生信分析方案