■ 植物代謝組學(xué)是以植物為研究對象，是代謝組學(xué)的重要分支。植物代謝組既包括對植物生長發(fā)育以及生命活動不可或缺的初級代謝物，如有機酸、氨基酸、核苷酸酸、碳水化合物、脂質(zhì)分子等，還包括與植物抗脅迫等密切關(guān)系的次生代謝產(chǎn)物，如黃酮類、生物堿、酚類、醌類、萜類等。
■ 植物初級和次級代謝可以通過幾個主要的分支點相聯(lián)系，一些初生代謝的產(chǎn)物是次生代謝的關(guān)鍵起始物。比如乙酰輔酶A (Acetyl coenzyme A，Acetyl-CoA) 是一個重要“代謝樞紐”，它在三羧酸循環(huán) (Tricarboxylic acid cycle，TCA)、脂肪代謝和能量代謝等初級代謝通路上占有重要地位，同時它又是次級代謝產(chǎn)物黃酮類化合物、萜類化合物和生物堿等的起始物（如下圖）。
植物非靶代謝組分析是最經(jīng)典、應(yīng)用最廣泛的植物代謝組學(xué)方法。通過對樣本中盡可能多的小分子化合物進行綜合、全面、無偏向性的高覆蓋檢測，可實現(xiàn)不同樣品間代謝特征的比較。
質(zhì)譜的分辨率對于植物非靶代謝組分析至關(guān)重要，整合高掃描速度和高質(zhì)量精確度的要求，高分辨質(zhì)譜Q-Orbitrap（如QE系列質(zhì)譜）或Q-TOF是滿足這些性能的最佳選擇，獲得的高分辨質(zhì)譜譜圖信息有助于對代謝物進行精確鑒定。
APT植物代謝組技術(shù)優(yōu)勢
1) APT植物專屬高質(zhì)海量數(shù)據(jù)庫
· ＞2萬植物代謝物數(shù)據(jù)庫（＞1500 標準品自建數(shù)據(jù)庫 & 高質(zhì)植物公共數(shù)據(jù)庫）
· 每個代謝物都包含MS1、MS2和RT（自建庫為標準品實驗RT，公共庫為基于機器學(xué)習(xí)算法的預(yù)測RT）信息
2) 定性更可靠 —— 最高可到 Level 1
一般認為的定性等級，請看下表：
· APT植物代謝組3重標準輔助定性
（備注：自建庫部分通過和標準品實驗RT比對可以達到Level 1的鑒定等級）
· 增加保留時間（Retention time, RT）維度可以降低假陽性，提高復(fù)雜生物樣本中代謝物定性準確度
保留時間算法輔助鑒定示意圖
3) 高分辨質(zhì)譜平臺 ——定性和定量能力的完美結(jié)合
· QE高分辨質(zhì)譜采集，超高質(zhì)量精度（3 ppm以內(nèi)）輔助定性
· 同時高分辨更好降低復(fù)雜基質(zhì)中質(zhì)量數(shù)接近的物質(zhì)的干擾，使得定量更準確
APT植物代謝組技術(shù)路線
APT植物代謝組實測結(jié)果
常規(guī)樣本（擬南芥、水稻等）可以定性到800-900代謝物
以擬南芥樣本為例：
APT植物代謝組擬南芥實測代謝物分類信息
APT植物代謝組擬南芥實測代謝物分類示例
應(yīng)用方向
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