盡管乳腺癌的基因組分型取得了進(jìn)展，但目前的臨床試驗(yàn)和治療決定通常是基于蛋白質(zhì)水平的信息。臨床上常用的福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織標(biāo)本除用于基本的診斷檢測(cè)外，還能作為系統(tǒng)性檢測(cè)蛋白質(zhì)的標(biāo)本。
加拿大不列顛哥倫比亞大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)在Nature Communications（中科院JCR一區(qū)，IF:14.919）發(fā)表了題為“Proteomic analysis of archival breast cancer clinical specimens identifies biological subtypes with distinct survival outcomes”的論文。本研究中，作者對(duì)兩個(gè)不同隊(duì)列的共計(jì)300例FFPE乳腺癌標(biāo)本進(jìn)行了全面的蛋白質(zhì)組學(xué)分析，并比較和發(fā)現(xiàn)了基于該蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)果的疾病分型與基于RNA水平的PAM50分型之間的異同。作者的蛋白質(zhì)組學(xué)分析以臨床適用的方式描述了乳腺癌的異質(zhì)性，確定了潛在的生物標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)，并為臨床乳腺癌的分型提供了參考。
研究思路
1?FFPE樣本的蛋白質(zhì)組學(xué)的分組設(shè)置
乳腺癌組：每個(gè)PAM50亞型75個(gè)樣本，共計(jì)300個(gè)樣本。其中2008-2013隊(duì)列178個(gè)樣本，1986-1992隊(duì)列122個(gè)樣本。各隊(duì)列樣本的PAM50亞型分布見下圖。
正常組：來自乳腺縮小術(shù)的正常乳腺組織樣本38個(gè)。![]()
補(bǔ)充知識(shí)
PAM50分型是基于50個(gè)基因RNA表達(dá)水平的乳腺癌分型：
Luminal A（管腔A型）：激素受體陽性、HER2陰性、低表達(dá)Ki-67。腫瘤進(jìn)展慢，有相對(duì)更好的預(yù)后。
Luminal B（管腔B型）：激素受體陽性、HER2陽性或陰性、高表達(dá)Ki-67。腫瘤進(jìn)展比管腔A型快，預(yù)后稍差。
Basal-like（基底樣）:激素受體陰性、HER2陰性。在年輕和非裔美國(guó)女性患者中普遍存在BRCA1基因突變。
HER2-enriched（HER2富集型）: 激素受體陰性、HER2陽性。比管腔型進(jìn)展快，預(yù)后差。但通常使用靶向HER2蛋白的藥物后有良好的治療效果。
2??技術(shù)路線
作者建立了高深度的基于質(zhì)譜的FFPE蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)流程，并設(shè)置3次技術(shù)重復(fù)。
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研究結(jié)果
1??乳腺癌FFPE蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)果
蛋白質(zhì)組學(xué)分析共定量了9088個(gè)蛋白，其中4214個(gè)蛋白在所有樣本中均有檢出。作者對(duì)這超過4000個(gè)蛋白在08-13隊(duì)列進(jìn)行分析。08-13隊(duì)列的病例包含所有四種PAM50亞型的病例，包括所有75例基底樣和88例由IHC檢測(cè)確定為TNBC（三陰性乳腺癌）的病例，因此該隊(duì)列是作者研究的重點(diǎn)。
作者先檢查了08-13隊(duì)列中蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)和PAM50分型之間的重疊。觀察到基底樣亞型的良好分離，而管腔A、管腔B和HER2富集亞型聚集在一起。研究者對(duì)25%的最強(qiáng)變異蛋白質(zhì)(n=1054)進(jìn)行了無監(jiān)督聚類，共產(chǎn)生了4個(gè)穩(wěn)定分離的簇。這四個(gè)基于蛋白質(zhì)組的聚類部分概括了基于RNA的PAM50亞型。亞型1(n=34)主要由管腔B型(n=18)和HER2富集(n=13)PAM50病例組成。亞型2(n=50)顯著富集的基底樣病理(n=41)，包括少數(shù)HER2富集，但沒有管腔型病例。亞型3（n=47）主要是基底樣病例（n=31），但也包括HER2富集病例（n=14）。亞型4（n=43）主要是HER2富集（n=26），但包括管腔A（n=8）和管腔B（n=8）病例。值得注意的是，72/73基底樣PAM50腫瘤被細(xì)分為亞型2和亞型3，其中亞型3顯示了最佳的無復(fù)發(fā)生存(RFS)和總生存(OS)，而亞型2的臨床結(jié)局最差。
各亞型生物學(xué)特征為亞型3高表達(dá)的蛋白質(zhì)參與免疫應(yīng)答相關(guān)通路，具有免疫熱性。亞型1具有脂肪酸代謝、分解代謝和氧化還原相關(guān)過程的上調(diào)。有最差臨床結(jié)果的亞型2（主要是基底樣）顯示出基質(zhì)和細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)富集，包括膠原組織、凝血和血管生成過程。亞型2還具有較高的DNA復(fù)制和修復(fù)功能以及免疫反應(yīng)相關(guān)通路的低表達(dá)。亞型4(HER2富集和混合管腔型)富集于基質(zhì)和ECM成分、凝血、體液免疫反應(yīng)（補(bǔ)體和免疫球蛋白）和激素受體結(jié)合，還顯示出低豐度的DNA損傷修復(fù)蛋白。
2各亞型特異性表達(dá)的蛋白生物標(biāo)志物與亞型的生物學(xué)特征相一致
作者分析了乳腺癌蛋白生物標(biāo)志物的豐度包括49個(gè)PAM50蛋白，是否與每個(gè)蛋白質(zhì)組簇的生物學(xué)特征相一致。在亞型2中，基底細(xì)胞角蛋白(KRT5、KRT17、KRT14)高表達(dá)，增殖標(biāo)志物MKI67在亞型2中較高，而在亞型4中較低。管腔型生物標(biāo)志物包括ESR1、FOXA1和KRT18在亞型3中顯著降低，但在亞型1和亞型4中顯著升高。Her2生物標(biāo)志物(ERBB2，GRB7)在亞型1中顯著升高。PRKDC是CPTAC(臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟)報(bào)道的一個(gè)基底樣亞型特異性生物標(biāo)志物在亞型2中顯著升高。
3??不同蛋白質(zhì)組分型的乳腺癌亞型的臨床病理特征
IHC臨床試驗(yàn)表明大多數(shù)亞型2和亞型3患者為ER、PR和Her2陰性，具有高的增殖指數(shù)(Ki67)和核心基底樣表型(定義為ER?、PR?、HeR2?和[EGFR+或CK5+])。與亞型1和亞型4相比，亞型2和亞型3患者大多接受化療，且沒有激素治療。與其他亞型相比，亞型2有更高的復(fù)發(fā)率，并與腦和肺轉(zhuǎn)移相關(guān)，這是侵襲性基底樣亞群的臨床特征，而亞型4與骨轉(zhuǎn)移相關(guān)。在調(diào)整了臨床病理變量的多變量分析中，不同聚類與生存結(jié)果之間的相關(guān)性仍然顯著。
4??免疫熱型的免疫蛋白特征
免疫熱型3具有最佳的預(yù)后，作者檢測(cè)了它是否含有高水平的腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞(TILs)。研究者對(duì)基質(zhì)細(xì)胞的TILs按低（0-50%）和高（≥50%）類別進(jìn)行了評(píng)分。與其他亞型相比，免疫熱型3的TILs評(píng)分顯著更高且瘤內(nèi)腔室中的CD8+TILs也顯著升高。作者選擇了在免疫型與其他亞型之間表達(dá)差異最大的4個(gè)蛋白通過IHC（免疫組化）評(píng)估了免疫型的蛋白質(zhì)特征。這4個(gè)蛋白為TAP1(MHCI類)、HLA-DQA1(MHCII類)、IFIT2(I型干擾素信號(hào))和S100A8，他們?cè)谡５娜榉靠s小術(shù)樣本中沒有高表達(dá)。S100A8、TAP1和HLA-DQA1在免疫熱型3中的表達(dá)顯著高于其他亞型，亞型2的S100A8、IFIT2和HLA-DQA1的表達(dá)量最低。
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5?抗原呈遞蛋白TAP1和HLA-DQA1的免疫組化結(jié)果與生存相關(guān)
作者評(píng)估了TAP1、HLA-DQA1、IFIT2和S100A8的預(yù)后價(jià)值。TAP1或HLA-DQA1作為單一生物標(biāo)志物的樣本表現(xiàn)出明顯更好的RFS(無復(fù)發(fā)生存)。IFIT2和S100A8與RFS無顯著相關(guān)性。由于TAP1和HLA-DQA1在抗原呈遞過程中發(fā)揮作用，使T細(xì)胞能夠識(shí)別和殺死腫瘤細(xì)胞，作者檢測(cè)了它們的聯(lián)合IHC值的預(yù)后價(jià)值。高表達(dá)TAP1和HLA-DQA1的腫瘤顯示出最有利的RFS，而兩者均低表達(dá)的亞組的RFS最差。只有其中一種生物標(biāo)志物高表達(dá)的亞組具有中間RFS特征。70%（21/30）分類為（TAP1高/HLA-DQA1高）的病例屬于亞型3，而90%（76/84）（TAP1低/HLA-DQA1低）的病例屬于其他亞型。
作者隨后在一個(gè)獨(dú)立的176例乳腺癌隊(duì)列中進(jìn)行了驗(yàn)證，結(jié)果顯示高表達(dá)HLA-DQA1作為單一生物標(biāo)志物有顯著更好的生存，而高TAP1的分析趨勢(shì)也表明其可作為單一生物標(biāo)志物。這些數(shù)據(jù)也證實(shí)了TAP1和HLA-DQA1IHC高表達(dá)的腫瘤的生存率良好，而兩者低表達(dá)的腫瘤的RFS最差。
6?三陰性乳腺癌由四個(gè)臨床上不同的蛋白質(zhì)亞型組成
PAM50基底樣亞型在臨床上近似于TNBC（三陰性乳腺癌）IHC狀態(tài)。作者想知道當(dāng)前的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)是否可以以一種更富含臨床信息的方式對(duì)TNBC病例進(jìn)行亞分類。作者分析了88例均在08-13個(gè)隊(duì)列中的，且由IHC定義的TNBC病例(通過基于RNA的PAM50分析為：61個(gè)基底樣病例，22個(gè)HER2富集病例，5個(gè)管腔B病例)。使用25%最易變異的蛋白(n=1055)進(jìn)行無監(jiān)督分類，確定了4個(gè)穩(wěn)健的聚類，其RFS和OS的預(yù)后有顯著差異。- TNBC亞型1主要由基底樣病例組成，與其他聚類相比，其生存率最高。該聚類的特征是免疫應(yīng)答、抗原加工和呈遞，以及I型和II型IFN信號(hào)傳導(dǎo)過程。TNBC-亞型1病例TIL含量高，TAP1和HLA-DQA1表達(dá)高，因此稱為基底-免疫型。
- TNBC亞型2多為基底樣病例，具有中等生存率，在ECM、凝血和體液免疫反應(yīng)過程中表達(dá)豐富，CLDN3和分化的管腔細(xì)胞表面標(biāo)志物MUC1和EPCAM32的顯著低表達(dá)，因此被稱為間充質(zhì)細(xì)胞。
- TNBC亞型3主要為PAM50富集HER2的病例，生存率中等，在脂質(zhì)代謝、分解代謝和氧化還原過程中富集，具有高表達(dá)的腔內(nèi)細(xì)胞角蛋白7、8、18、19和催乳素誘導(dǎo)蛋白(PIP)，因此命名為管腔型。
- TNBC亞型4均為基底樣病例，存活率最低，DNA復(fù)制和細(xì)胞周期蛋白富集，免疫相關(guān)肽很少以及最少的TILs，因此稱為基底免疫缺乏型。
當(dāng)將TNBC（三陰性乳腺癌）病理的蛋白質(zhì)組亞型與08-13隊(duì)列病理的蛋白質(zhì)亞型重疊時(shí)，所有的TNBC亞型1病例都是免疫熱型3的成員。相比之下，TNBC亞型2和TNBC亞型4的大多數(shù)病例屬于08-13亞型2，而大多數(shù)TNBC亞型3病例屬于08-13亞型4。
?7?鑒定三陰性乳腺癌TNBC中與臨床結(jié)果相關(guān)的蛋白生物標(biāo)志物
緊接著，作者尋找作為TNBC的候選預(yù)后生物標(biāo)志物。Cox分析確定85個(gè)蛋白質(zhì)與長(zhǎng)RFS(無復(fù)發(fā)生存)顯著相關(guān)，包括一些免疫相關(guān)蛋白，另外18個(gè)蛋白質(zhì)顯著與不良RFS(無復(fù)發(fā)生存)顯著相關(guān)。作者將這些預(yù)后候選蛋白映射到TNBC亞型中。在與良好RFS相關(guān)的85個(gè)蛋白中，有44個(gè)在TNBC亞型1中也顯著高表達(dá)，只有一個(gè)屬于TNBC亞型3的特征，沒有蛋白與TNBC亞型2或4有顯著關(guān)聯(lián)。在與RFS較差相關(guān)的18個(gè)蛋白中，有4個(gè)在TNBC亞型4表現(xiàn)出最差的生存率，而其他均與TNBC亞型相關(guān)。
8蛋白質(zhì)組學(xué)顯示了管腔型乳腺癌的生物學(xué)異質(zhì)性
86-92個(gè)隊(duì)列中的病例包括使用葡聚糖被覆活性炭測(cè)定分類為ER陽性的患者。這110個(gè)樣本共分析得到三個(gè)主要的亞型。亞型1主要是管腔A型，亞型3主要是管腔B型。亞型1高表達(dá)RNA處理和剪切過程的蛋白，但是缺乏參與抗原處理和提呈以及I型和II型IFN信號(hào)的免疫相關(guān)蛋白。亞型2富集基質(zhì)蛋白和ECM成分，包括一些膠原蛋白成員（稱為管腔A基質(zhì)富集）。與亞型1和2相比，亞型3高表達(dá)和DNA復(fù)制、細(xì)胞周期、DNA損傷反應(yīng)和免疫反應(yīng)相關(guān)蛋白，包括MHCI類抗原加工和呈遞，以及T細(xì)胞信號(hào)，同時(shí)缺乏ECM、凝血、上皮細(xì)胞分化和對(duì)雌激素和類固醇激素反應(yīng)的相關(guān)蛋白。
9鑒定管腔型患者中與生存結(jié)局相關(guān)的蛋白生物標(biāo)志物
作者通過分析確定脂肪酸結(jié)合蛋白-7(FABP7)是他莫昔芬治療后與>10年RFS相關(guān)的單一候選生物標(biāo)志物，與既往文獻(xiàn)一致。在公開的數(shù)據(jù)集中，高FABP7 mRNA的表達(dá)與良好的RFS顯著相關(guān)。86-92隊(duì)列的臨床病理特征顯示，86-92亞型3中Ki67增殖標(biāo)志物的表達(dá)顯著高于86-92亞型1和2。然而，Ki67與RFS和OS（總生存）無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的相關(guān)性。?
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研究總結(jié)
作者對(duì)來自于兩個(gè)隊(duì)列的共計(jì)300例FFPE乳腺癌手術(shù)標(biāo)本進(jìn)行了全面的蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)，共定量了4214個(gè)蛋白質(zhì)。基于蛋白質(zhì)組學(xué)的結(jié)果共將乳腺癌病理分為4個(gè)亞型，其中一組具有免疫表達(dá)特征和良好的生存率。HER2富集的病例根據(jù)細(xì)胞外基質(zhì)、脂質(zhì)代謝和免疫反應(yīng)特征不同而分為異質(zhì)性組。蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)果將88例IHC定義的三陰性乳腺癌區(qū)分為基底免疫型、基底免疫缺乏型、間充質(zhì)和管腔型，生存結(jié)果各不相同。總體，作者的蛋白質(zhì)組學(xué)分描述了乳腺癌的異質(zhì)性，確定了潛在的生物標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)，并為臨床乳腺癌分類提供了參考。
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研究思路
1?FFPE樣本的蛋白質(zhì)組學(xué)的分組設(shè)置
乳腺癌組：每個(gè)PAM50亞型75個(gè)樣本，共計(jì)300個(gè)樣本。其中2008-2013隊(duì)列178個(gè)樣本，1986-1992隊(duì)列122個(gè)樣本。各隊(duì)列樣本的PAM50亞型分布見下圖。
正常組：來自乳腺縮小術(shù)的正常乳腺組織樣本38個(gè)。
PAM50分型是基于50個(gè)基因RNA表達(dá)水平的乳腺癌分型：
Luminal A（管腔A型）：激素受體陽性、HER2陰性、低表達(dá)Ki-67。腫瘤進(jìn)展慢，有相對(duì)更好的預(yù)后。
Luminal B（管腔B型）：激素受體陽性、HER2陽性或陰性、高表達(dá)Ki-67。腫瘤進(jìn)展比管腔A型快，預(yù)后稍差。
Basal-like（基底樣）:激素受體陰性、HER2陰性。在年輕和非裔美國(guó)女性患者中普遍存在BRCA1基因突變。
HER2-enriched（HER2富集型）: 激素受體陰性、HER2陽性。比管腔型進(jìn)展快，預(yù)后差。但通常使用靶向HER2蛋白的藥物后有良好的治療效果。
2??技術(shù)路線
作者建立了高深度的基于質(zhì)譜的FFPE蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)流程，并設(shè)置3次技術(shù)重復(fù)。
研究結(jié)果
1??乳腺癌FFPE蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)果
蛋白質(zhì)組學(xué)分析共定量了9088個(gè)蛋白，其中4214個(gè)蛋白在所有樣本中均有檢出。作者對(duì)這超過4000個(gè)蛋白在08-13隊(duì)列進(jìn)行分析。08-13隊(duì)列的病例包含所有四種PAM50亞型的病例，包括所有75例基底樣和88例由IHC檢測(cè)確定為TNBC（三陰性乳腺癌）的病例，因此該隊(duì)列是作者研究的重點(diǎn)。
作者先檢查了08-13隊(duì)列中蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)和PAM50分型之間的重疊。觀察到基底樣亞型的良好分離，而管腔A、管腔B和HER2富集亞型聚集在一起。研究者對(duì)25%的最強(qiáng)變異蛋白質(zhì)(n=1054)進(jìn)行了無監(jiān)督聚類，共產(chǎn)生了4個(gè)穩(wěn)定分離的簇。這四個(gè)基于蛋白質(zhì)組的聚類部分概括了基于RNA的PAM50亞型。亞型1(n=34)主要由管腔B型(n=18)和HER2富集(n=13)PAM50病例組成。亞型2(n=50)顯著富集的基底樣病理(n=41)，包括少數(shù)HER2富集，但沒有管腔型病例。亞型3（n=47）主要是基底樣病例（n=31），但也包括HER2富集病例（n=14）。亞型4（n=43）主要是HER2富集（n=26），但包括管腔A（n=8）和管腔B（n=8）病例。值得注意的是，72/73基底樣PAM50腫瘤被細(xì)分為亞型2和亞型3，其中亞型3顯示了最佳的無復(fù)發(fā)生存(RFS)和總生存(OS)，而亞型2的臨床結(jié)局最差。
各亞型生物學(xué)特征為亞型3高表達(dá)的蛋白質(zhì)參與免疫應(yīng)答相關(guān)通路，具有免疫熱性。亞型1具有脂肪酸代謝、分解代謝和氧化還原相關(guān)過程的上調(diào)。有最差臨床結(jié)果的亞型2（主要是基底樣）顯示出基質(zhì)和細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)富集，包括膠原組織、凝血和血管生成過程。亞型2還具有較高的DNA復(fù)制和修復(fù)功能以及免疫反應(yīng)相關(guān)通路的低表達(dá)。亞型4(HER2富集和混合管腔型)富集于基質(zhì)和ECM成分、凝血、體液免疫反應(yīng)（補(bǔ)體和免疫球蛋白）和激素受體結(jié)合，還顯示出低豐度的DNA損傷修復(fù)蛋白。
2各亞型特異性表達(dá)的蛋白生物標(biāo)志物與亞型的生物學(xué)特征相一致
作者分析了乳腺癌蛋白生物標(biāo)志物的豐度包括49個(gè)PAM50蛋白，是否與每個(gè)蛋白質(zhì)組簇的生物學(xué)特征相一致。在亞型2中，基底細(xì)胞角蛋白(KRT5、KRT17、KRT14)高表達(dá)，增殖標(biāo)志物MKI67在亞型2中較高，而在亞型4中較低。管腔型生物標(biāo)志物包括ESR1、FOXA1和KRT18在亞型3中顯著降低，但在亞型1和亞型4中顯著升高。Her2生物標(biāo)志物(ERBB2，GRB7)在亞型1中顯著升高。PRKDC是CPTAC(臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟)報(bào)道的一個(gè)基底樣亞型特異性生物標(biāo)志物在亞型2中顯著升高。
IHC臨床試驗(yàn)表明大多數(shù)亞型2和亞型3患者為ER、PR和Her2陰性，具有高的增殖指數(shù)(Ki67)和核心基底樣表型(定義為ER?、PR?、HeR2?和[EGFR+或CK5+])。與亞型1和亞型4相比，亞型2和亞型3患者大多接受化療，且沒有激素治療。與其他亞型相比，亞型2有更高的復(fù)發(fā)率，并與腦和肺轉(zhuǎn)移相關(guān)，這是侵襲性基底樣亞群的臨床特征，而亞型4與骨轉(zhuǎn)移相關(guān)。在調(diào)整了臨床病理變量的多變量分析中，不同聚類與生存結(jié)果之間的相關(guān)性仍然顯著。
4??免疫熱型的免疫蛋白特征
免疫熱型3具有最佳的預(yù)后，作者檢測(cè)了它是否含有高水平的腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞(TILs)。研究者對(duì)基質(zhì)細(xì)胞的TILs按低（0-50%）和高（≥50%）類別進(jìn)行了評(píng)分。與其他亞型相比，免疫熱型3的TILs評(píng)分顯著更高且瘤內(nèi)腔室中的CD8+TILs也顯著升高。作者選擇了在免疫型與其他亞型之間表達(dá)差異最大的4個(gè)蛋白通過IHC（免疫組化）評(píng)估了免疫型的蛋白質(zhì)特征。這4個(gè)蛋白為TAP1(MHCI類)、HLA-DQA1(MHCII類)、IFIT2(I型干擾素信號(hào))和S100A8，他們?cè)谡５娜榉靠s小術(shù)樣本中沒有高表達(dá)。S100A8、TAP1和HLA-DQA1在免疫熱型3中的表達(dá)顯著高于其他亞型，亞型2的S100A8、IFIT2和HLA-DQA1的表達(dá)量最低。
5?抗原呈遞蛋白TAP1和HLA-DQA1的免疫組化結(jié)果與生存相關(guān)
作者評(píng)估了TAP1、HLA-DQA1、IFIT2和S100A8的預(yù)后價(jià)值。TAP1或HLA-DQA1作為單一生物標(biāo)志物的樣本表現(xiàn)出明顯更好的RFS(無復(fù)發(fā)生存)。IFIT2和S100A8與RFS無顯著相關(guān)性。由于TAP1和HLA-DQA1在抗原呈遞過程中發(fā)揮作用，使T細(xì)胞能夠識(shí)別和殺死腫瘤細(xì)胞，作者檢測(cè)了它們的聯(lián)合IHC值的預(yù)后價(jià)值。高表達(dá)TAP1和HLA-DQA1的腫瘤顯示出最有利的RFS，而兩者均低表達(dá)的亞組的RFS最差。只有其中一種生物標(biāo)志物高表達(dá)的亞組具有中間RFS特征。70%（21/30）分類為（TAP1高/HLA-DQA1高）的病例屬于亞型3，而90%（76/84）（TAP1低/HLA-DQA1低）的病例屬于其他亞型。
作者隨后在一個(gè)獨(dú)立的176例乳腺癌隊(duì)列中進(jìn)行了驗(yàn)證，結(jié)果顯示高表達(dá)HLA-DQA1作為單一生物標(biāo)志物有顯著更好的生存，而高TAP1的分析趨勢(shì)也表明其可作為單一生物標(biāo)志物。這些數(shù)據(jù)也證實(shí)了TAP1和HLA-DQA1IHC高表達(dá)的腫瘤的生存率良好，而兩者低表達(dá)的腫瘤的RFS最差。
6?三陰性乳腺癌由四個(gè)臨床上不同的蛋白質(zhì)亞型組成
PAM50基底樣亞型在臨床上近似于TNBC（三陰性乳腺癌）IHC狀態(tài)。作者想知道當(dāng)前的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)是否可以以一種更富含臨床信息的方式對(duì)TNBC病例進(jìn)行亞分類。作者分析了88例均在08-13個(gè)隊(duì)列中的，且由IHC定義的TNBC病例(通過基于RNA的PAM50分析為：61個(gè)基底樣病例，22個(gè)HER2富集病例，5個(gè)管腔B病例)。使用25%最易變異的蛋白(n=1055)進(jìn)行無監(jiān)督分類，確定了4個(gè)穩(wěn)健的聚類，其RFS和OS的預(yù)后有顯著差異。
?
緊接著，作者尋找作為TNBC的候選預(yù)后生物標(biāo)志物。Cox分析確定85個(gè)蛋白質(zhì)與長(zhǎng)RFS(無復(fù)發(fā)生存)顯著相關(guān)，包括一些免疫相關(guān)蛋白，另外18個(gè)蛋白質(zhì)顯著與不良RFS(無復(fù)發(fā)生存)顯著相關(guān)。作者將這些預(yù)后候選蛋白映射到TNBC亞型中。在與良好RFS相關(guān)的85個(gè)蛋白中，有44個(gè)在TNBC亞型1中也顯著高表達(dá)，只有一個(gè)屬于TNBC亞型3的特征，沒有蛋白與TNBC亞型2或4有顯著關(guān)聯(lián)。在與RFS較差相關(guān)的18個(gè)蛋白中，有4個(gè)在TNBC亞型4表現(xiàn)出最差的生存率，而其他均與TNBC亞型相關(guān)。
8蛋白質(zhì)組學(xué)顯示了管腔型乳腺癌的生物學(xué)異質(zhì)性
86-92個(gè)隊(duì)列中的病例包括使用葡聚糖被覆活性炭測(cè)定分類為ER陽性的患者。這110個(gè)樣本共分析得到三個(gè)主要的亞型。亞型1主要是管腔A型，亞型3主要是管腔B型。亞型1高表達(dá)RNA處理和剪切過程的蛋白，但是缺乏參與抗原處理和提呈以及I型和II型IFN信號(hào)的免疫相關(guān)蛋白。亞型2富集基質(zhì)蛋白和ECM成分，包括一些膠原蛋白成員（稱為管腔A基質(zhì)富集）。與亞型1和2相比，亞型3高表達(dá)和DNA復(fù)制、細(xì)胞周期、DNA損傷反應(yīng)和免疫反應(yīng)相關(guān)蛋白，包括MHCI類抗原加工和呈遞，以及T細(xì)胞信號(hào)，同時(shí)缺乏ECM、凝血、上皮細(xì)胞分化和對(duì)雌激素和類固醇激素反應(yīng)的相關(guān)蛋白。
9鑒定管腔型患者中與生存結(jié)局相關(guān)的蛋白生物標(biāo)志物
作者通過分析確定脂肪酸結(jié)合蛋白-7(FABP7)是他莫昔芬治療后與>10年RFS相關(guān)的單一候選生物標(biāo)志物，與既往文獻(xiàn)一致。在公開的數(shù)據(jù)集中，高FABP7 mRNA的表達(dá)與良好的RFS顯著相關(guān)。86-92隊(duì)列的臨床病理特征顯示，86-92亞型3中Ki67增殖標(biāo)志物的表達(dá)顯著高于86-92亞型1和2。然而，Ki67與RFS和OS（總生存）無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的相關(guān)性。?
研究總結(jié)
作者對(duì)來自于兩個(gè)隊(duì)列的共計(jì)300例FFPE乳腺癌手術(shù)標(biāo)本進(jìn)行了全面的蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)，共定量了4214個(gè)蛋白質(zhì)。基于蛋白質(zhì)組學(xué)的結(jié)果共將乳腺癌病理分為4個(gè)亞型，其中一組具有免疫表達(dá)特征和良好的生存率。HER2富集的病例根據(jù)細(xì)胞外基質(zhì)、脂質(zhì)代謝和免疫反應(yīng)特征不同而分為異質(zhì)性組。蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)果將88例IHC定義的三陰性乳腺癌區(qū)分為基底免疫型、基底免疫缺乏型、間充質(zhì)和管腔型，生存結(jié)果各不相同。總體，作者的蛋白質(zhì)組學(xué)分描述了乳腺癌的異質(zhì)性，確定了潛在的生物標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)，并為臨床乳腺癌分類提供了參考。
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