胰腺癌，尤其是胰腺導管腺癌（PDAC），是全球癌癥相關死亡的第三大原因。由于其腫瘤微環境復雜，突變負荷較低，傳統的免疫療法（如免疫檢查點抑制劑等）收效甚微。因此需要對胰腺癌抗原譜進行更廣泛的研究和篩選。

近年來研究已經發現，腫瘤細胞可以通過翻譯部分非編碼基因元件（長鏈非編碼RNA、（lncRNA）、5′或3′非翻譯區（UTR）以及替代閱讀框（intORFs）等）產生“非典型”肽（cryptic peptides）。相對于腫瘤細胞，這些肽在健康組織中檢測頻率極低，且可被人白細胞抗原I類（HLA-I）分子呈遞，因此具有作為免疫治療靶點的巨大潛力。不過，在胰腺癌等大部分實體瘤中，非典型肽的研究仍舊不足。尤其非經典HLA-I結合肽（ncHLAp）的腫瘤限制性和免疫原性尚不完全清楚。

2025年5月8日，MIT及哈佛醫學院研究團隊在頂刊Science發表論文“Pancreatic cancer–restricted cryptic antigens are targets for T cell recognition”。研究團隊使用患者來源的類器官（PDO），在體外重現并捕捉了胰腺癌患者個性化的分子及細胞特征，從而鑒定并深入評估了胰腺癌中ncHLAp的免疫原性。此外，研究團隊還識別和分離了ncHLAp的T細胞受體（TCR），證明其具有腫瘤殺傷潛力。

由于惡性細胞在胰腺癌中占比較低（僅占胰腺原發性病變和轉移性 PDAC 病變中總細胞質量的20-30%），為了對其富集以便高分辨率蛋白質組學分析，研究團隊利用胰腺癌患者的腫瘤組織獲得了在體外自組織的3D類器官平臺（PDO）。

腫瘤微環境中的非腫瘤細胞（如基質細胞和免疫細胞等）可能也參與貢獻HLAp，因而影響免疫組學數據的解讀。在使用PDO富集腫瘤細胞并去除無關干擾后，研究人員發現，突變檢測的靈敏度及對腫瘤源肽的特異性均有顯著提升。

圖：PDO可對胰腺癌免疫肽組進行高分辨率表征

在11個經過確認具有完整HLA-I表面表達和干擾素-γ (IFN-γ) 反應性的PDOs中，研究者們共鑒定出超過91,000個不同的HLAp肽，每個患者樣本中檢測到的HLAp數量在8,000到18,500之間，所獲得的肽大多為8到11個氨基酸長度，符合HLA-I結合肽的典型特征。

以上結果證明，PDO是以高分辨率表征篩選胰腺癌HLA-I的良好體外平臺。

接下來，研究團隊使用患者特異性突變擴大了每個PDO樣本的蛋白質組學搜索空間，以探尋突變衍生的可能成為免疫治療靶點的新表位（mutHLAp）。結果表明，盡管mutHLAp存在于部分樣本中，但由于PDAC的突變負荷較低，其在大部分PDAC樣本中并不常見，臨床轉化潛能較低，需要轉而探索ncHLAp等其他抗原肽。

圖：胰腺癌免疫肽組中隱蔽表位的檢測

通過進一步擴大免疫肽組學搜索空間，研究人員接下來在11個PDO系中檢測到了1722個ncHLAp，其在每個PDO中占總免疫肽組的2.2%至 10.1%，比mutHLAp更為富集。從PDO中鑒定出的ncHLAp的肽長度和 nuORF 生物型分布與原代腫瘤高度相似，表明PDO忠實還原了胰腺癌的患者特異性免疫特征。

值得注意的是，30.2%的非典型肽在任何健康組織中都未被檢測到，這些只在腫瘤中表達的肽因此被稱為腫瘤限制性非典型肽（CR ncHLAp），需要進一步探索作為臨床靶點的價值。

研究團隊接下來使用高度敏感的體外T細胞激活和擴增平臺，共評估了1100余種細胞毒性T淋巴細胞（CTL）和肽的組合。最終發現36.3%（12/33）的CR ncHLAp具有顯著高于非CR ncHLAp的免疫原性（36.3%對8.7%）。

總而言之，CR ncHLAp免疫原性的比例和強度與更傳統的腫瘤新抗原（mutHLAp，38.5%表現出免疫原性）相當。這一發現表明，腫瘤限制性CR ncHLAp可能非常適用于免疫治療，例如TCR-T細胞療法、疫苗或T細胞接合劑等。

圖：PDAC 特異性CR ncHLAp 表現出免疫原性潛力

研究團隊將可特異性識別腫瘤限制性CR ncHLAp的T細胞受體(TCR)轉導進敲除了內源性TCR的T細胞中，以驗證其識別PDO中CR nUHLAp及發揮細胞毒性的能力。

實驗結果顯示，這些TCR-T細胞在體外和體內模型中都表現出了強大的抗腫瘤活性，能夠特異性地識別并殺死表達內源性非典型抗原的胰腺癌類器官。特別是針對NU11肽的TCR001和TCR012，在體外實驗中顯示出極高的結合親和力（EC 50分別為 3.7 和 4.3 pg/ml）。

皮下移植PDAC PDO至無胸腺小鼠體內，發現注射TCR 001-T可重定向T細胞，并顯著延遲腫瘤進展（P < 0.001）。

該結果表明，靶向胰腺癌中的隱蔽抗原具有開發為療法的價值。

圖：CR ncHLAp 特異性 T 細胞可以在體內和體外識別并殺死胰腺癌類器官