多組學數據標準的驗證利器分享——TissueFAXS Cytometry技術-技術前沿-資訊-生物在線

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多組學數據標準的驗證利器分享——TissueFAXS Cytometry技術

作者:TG亞太公司 2022-10-28T15:15 (訪問量:11832)

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多組學研究是一種新興的生物學領域研究手段,其中作為研究對象的數據集,來源則為多個“組”,例如基因組、蛋白質組、轉錄組、表觀基因組、代謝組和微生物組等。通過結合這些“組”,使用多個組學研究的數據,以協調一致的方式進行研究的技術。
因研究對象的組學數據量增加,相對應的技術手段也更加的多樣化、精確化;否則不同研究水平的數據不但無法實現相互印證,反而可能出現偏差,甚至相互矛盾的數據結果。
幸運的是,在當前多組學研究的領域中,已經存在一種研究技術,不但其可以作為橋梁,把從分子水平、蛋白水平、細胞組織水平乃至器官水平的不同組學層面的數據進行了鏈接打通。而且因為其獨特的運算方法,提供了精準可靠的數據校驗。

這就是我們今天提到的TissueFAXS Cytometry技術。

Cytometry,即細胞特征的測量,我們大家熟知的Flow Cytometry流式細胞技術基于檢測懸液中的細胞而得名,已經成為了當前研究單細胞水平定量的金標準之一。

Tissue Cytometry技術中的TissueFAXS Cytometry技術,針對這種定量分析的標準實現了進一步的拓展,不但支持最大20cm以上的樣本尺寸(相對標準的組織切片尺寸為2.5cm*7.5cm),在定量分析對象中還可以支持跨尺度的數據關系分析,例如通過RNA和蛋白標記共同定義某個細胞亞群;分析腫瘤微環境中,腫瘤的三級淋巴結構和腫瘤微環境中某類多標記亞型細胞的相互作用關系等。
TissueFAXS Cytometry技術不但可以實現以核酸分子為對象的精準定量分析需求,也可以滿足在一張組織切片上同時分析核酸、蛋白、單細胞水平的形態與關系、組織器官結構的相互作用與數據驗證。

正反向回溯校驗數據驗證

其獨有的散點圖正反向回溯功能,還支持針對每個分子/細胞/組織的追蹤校驗,使數據結果的可信度上升了一個層級。這種多模態多組學研究技術,根植于經典的可視化數據,提高了數據的可靠性,拓展了數據的精準程度,還可以通過真實空間距離研究相互作用關系,正在當前最前沿的科研領域大放異彩。

  • 核酸分子研究水平

免疫熒光核酸探針識別

比較常用的例如FISH、RNAScope等熒光分子探針標記技術,需要通過熒光分子探針的數量,實現核酸表達情況的量化分析;使用空間轉錄組技術,不但可以在原位檢測更多的基因水平表達,也可以在組學水平獲得更多的細胞表型數據。TissueFAXS Cytometry技術在這些前置技術的結果基礎上,進一步擴大了可量化分析的組織細胞面積,更可以獲得表達不同基因型細胞的真實空間作用關系,豐富了空間轉錄組學的”空間”概念。

  • 蛋白和細胞水平

常規WB、蛋白芯片技術可以通過印記的顏色深淺來評估蛋白表達量的關系,但是無法獲得組織原位信息,其蛋白表達水平也無法定位到單細胞級別。使用TissueFAXS Cytometry技術不但可以通過IHC/IF染色獲得完整細胞數量關系,更可以通過獨有的細胞質形態學識別算法,獲取到真實組織原位細胞質的完整輪廓數據,并且在像素級別對蛋白表達量進行精準分析,實現了真正的組織原位單細胞水平蛋白表達定量。


細胞核識別


細胞表型原位共表達分析

  • 組織學水平

通過AI人工智能訓練,TissueFAXS Cytometry技術可以對樣本中各種獨特的組織器官結構進行自動識別統計,不限于傳統病理染色如HEMASSONPAS等等標記的組織結構特征,更可以通過識別細胞、細胞核形態,對細胞進行分類后,進一步獲取細胞-組織結構形態標記的精準量化分析數據。

  • 空間水平


組織多色空間表型分析腫瘤微環境

mIHC/IF 能夠研究腫瘤微環境內細胞分布模式、腫瘤免疫抗原呈遞過程中不同表型的免疫細胞互相作用模式、腫瘤細胞間位置關系、細胞骨架在細胞內外的分布情況等等,為腫瘤的早期診斷及治療提供更具價值新思路。

關于TissueFAXS Cytometry技術

TissueFAXS Cytometry技術將Flow Cytometry流式細胞術中準確的數據呈現方法應用到組織圖像定量分析中。通過散點圖直方圖等呈現形式,在組織圖像中實現了類流式的單細胞級別的蛋白質、核酸等分子表達量化、細胞分類統計等大數據的處理及分析。解決了傳統技術單視野分析的局限性,以及細胞識別的準確性問題,依托于圖像數據的位置,形態信息可視化的優點進而實現了細胞形態、空間位置信息量化。

官網:www.tissuegnostics.com/cn

電話:400-898-1980

郵箱:office@tissuegnostics.cn

【1】Sun, Yan V. and Yijuan Hu. “Integrative Analysis of Multi-omics Data for Discovery and Functional Studies of Complex Human Diseases.” Advances in genetics 93 (2016): 147-90 .


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