寒沙門桿菌是引發人類食源性疾病的主要病因，大多數情況下，這些細菌感染只會引發暫時性的腸道不適和功能障礙。當第四次感染發生時（與第一次相隔數月），炎癥會逐漸加重，且所有小鼠模型都會患上腸炎。令人驚訝的是，盡管反復的感染已經結束，但是腸炎并沒有得到改善。這表明，損傷已經造成，且不可逆轉。
研究團隊發現，炎癥性疾病的發生與腸道堿性磷酸酶（IAP，由十二指腸分泌）缺乏有關。IAP負責去除由腸道細菌分泌的分子中的磷酸鹽，從而確保這些物質由有毒轉化為無毒狀態。但是，沙門氏菌感染會上調小腸內神經氨酸酶的活性，進而導致IAP酶缺乏。在研究中同樣發現，可以通過提高IAP水平、抑制神經氨酸酶活性的方法（例如服用神經氨酸酶抑制劑，一種用于預防流感病毒的藥物），預防炎癥性疾病的發生。
實驗結果顯示，雖然宿主會清除掉病原體，但是這些感染會慢慢累積，最終誘導不可逆轉的炎癥性疾病，揭示了細菌性感染會隨著年齡的增長而累積，易導致嚴重的炎癥性疾病。實驗部分全部HE染色成像與免疫熒光成像數據，均來自于奧地利TG公司TissueFAXS Cytometry定量分析技術, 組織水平單細胞定量分析數據使用了TissueQuest和HistoQuest軟件。
Fig 1 HE樣本成像 - 48周齡的腸組織。
L：腸腔，E：上皮層， C：腺窩; G：杯狀細胞， S：粘膜下層，I：白細胞浸潤
Fig 2 IAP在腸組織中的原位信息和細胞內共定位
HE染色或IAP熒光抗體染色（綠色）和細胞內區室蛋白（紅色）。
在HE染色的樣本中由于只存在蘇木素與伊紅兩種顏色，無法通過特殊顏色對目標蛋白分子進行標記定量。但是，TissueFAXS Cytometry技術的優勢在于，可以通過精準識別蘇木素標記的細胞核，對其形態/分布/密度等數據進行定量分析，輔以通過算法識別不同組織結構與伊紅結合力不同造成的顏色差異，可以對HE染色樣本中的組織形態進行定量識別與分析。
利用這種方法，使病理中最常用、操作最簡單的HE染色與精準的計算機組織原位定量分析相結合，提供了精準化高通量分析組織形態學的一種新方法。