基因檢測(cè)是目前癌癥精準(zhǔn)分型與精準(zhǔn)用藥的主要方法。但是，基因與生命活動(dòng)的最終執(zhí)行者——蛋白質(zhì)之間仍然存在較大差異，難以直接反映生命變化。由于生命活動(dòng)的實(shí)際承擔(dān)者、大部分的疾病標(biāo)志物、絕大多數(shù)的藥物治療靶標(biāo)都是蛋白質(zhì)，蛋白質(zhì)組相比基因組更能反映疾病的狀態(tài)，因此，蛋白質(zhì)組學(xué)在近年來(lái)受到了更廣泛的關(guān)注，成為生命科學(xué)新生長(zhǎng)點(diǎn)。近三年，Cell、Cancer Cell 等高水平期刊陸續(xù)發(fā)表了近20篇各類腫瘤的蛋白基因組研究成果，旨在將蛋白質(zhì)組學(xué)、修飾組學(xué)納入腫瘤研究中，從蛋白質(zhì)水平上發(fā)現(xiàn)與驗(yàn)證腫瘤相關(guān)基因突變、表達(dá)量變化、所調(diào)控的下游分子等，提供從DNA到RNA到蛋白質(zhì)的信息流的更綜合的全景視角，連接學(xué)科之間的孤島，使得科學(xué)家能更全面的認(rèn)識(shí)腫瘤，為腫瘤未來(lái)的精準(zhǔn)治療提供新的思路和方向。如何利用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)為臨床科研加分，讓人耳目一新？吉?jiǎng)P基因特邀復(fù)旦大學(xué)人類表型組研究院丁琛課題組、Nature Biotechnology 一作馮晉文博士做客吉?jiǎng)P直播間，您千萬(wàn)不要錯(cuò)過(guò)。
我國(guó)在2014年啟動(dòng)“中國(guó)人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃”，通過(guò)繪制人類十大惡性腫瘤的蛋白組“地形圖”，試圖在蛋白這個(gè)更高級(jí)的維度上理解腫瘤，揭示腫瘤的分子機(jī)制，尋找治療靶標(biāo)。自此，在眾多國(guó)內(nèi)高水平研究成果中，我們能夠經(jīng)常看到蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的使用。
- 蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在腎癌中的應(yīng)用
本期吉?jiǎng)P特邀講師馮晉文博士分享的“中國(guó)人群透明細(xì)胞腎癌的蛋白質(zhì)基因表達(dá)圖譜“為其4月19日在Nature Communications 發(fā)表的研究成果“A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinomain a Chinese population”。
馮晉文博士為此項(xiàng)研究中的共同第一作者。復(fù)旦大學(xué)人類表型組研究院丁琛教授、復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院葉定偉教授、張海梁教授和上海交通大學(xué)附屬新華醫(yī)院趙健元教授為本文共同通訊作者。此前，2019年美國(guó)臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟（CPTAC）公布了103例透明細(xì)胞腎癌患者的蛋白質(zhì)基因組學(xué)特征。然而，由于研究人群集中在西方腎癌患者上，在治療方式、藥物使用上同國(guó)內(nèi)的患者存在差距，該研究并不能滿足國(guó)內(nèi)腎癌臨床和基礎(chǔ)研究中的迫切需求。此項(xiàng)研究通過(guò)蛋白質(zhì)基因組學(xué)技術(shù)（蛋白質(zhì)組和全外顯子測(cè)序）對(duì)232例中國(guó)人群腎透明細(xì)胞癌進(jìn)行分析，首次通過(guò)大樣本隊(duì)列描繪了中國(guó)透明細(xì)胞腎癌的蛋白基因圖譜，并發(fā)現(xiàn)了中西方透明腎癌關(guān)鍵致病基因突變譜差異。根據(jù)中國(guó)人群的蛋白組表達(dá)譜，可將透明細(xì)胞腎癌患者分為三型。研究成果為透明細(xì)胞腎癌的精準(zhǔn)治療提供了新的干預(yù)靶點(diǎn)和分子分型理論依據(jù)。
- 蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在肝癌中的應(yīng)用
去年年底（2021年12月30日）, 復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所周虎研究員、中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心高大明研究員和復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院高強(qiáng)教授課題組，在Cancer Cell 上發(fā)表肝內(nèi)膽管癌的重磅級(jí)研究成就成果“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroupsof intrahepatic cholangiocarcinoma”。 基于蛋白基因組學(xué)技術(shù)（基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、磷酸化修飾組和微生物組技術(shù)）對(duì)262例肝內(nèi)膽管癌患者癌與癌旁組織進(jìn)行聯(lián)合分析，同樣揭示了具有不同特征和預(yù)后的疾病亞群，這描述了iCCA發(fā)病機(jī)制的復(fù)雜機(jī)制，為未來(lái)的精準(zhǔn)治療探索提供了前景。這項(xiàng)研究是樊嘉院士團(tuán)隊(duì)繼2019年肝細(xì)胞癌分子分型登頂國(guó)際頂刊Cell、以及2019與賀福初院士團(tuán)隊(duì)合作的早期肝細(xì)胞蛋白組登頂Nature之后的又一力作。
- 蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在肺癌中的應(yīng)用
2020年7月9日Cell 雜志同時(shí)在線發(fā)表了三篇國(guó)內(nèi)外研究者關(guān)于肺癌蛋白質(zhì)組學(xué)的研究成果，描繪了肺細(xì)胞癌的蛋白質(zhì)組表達(dá)譜圖，發(fā)現(xiàn)了肺癌精準(zhǔn)治療的新靶點(diǎn)，具有極為重要的臨床指導(dǎo)意義。來(lái)自中科院上海藥物所譚敏佳研究員、中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院肖汀教授、北京蛋白質(zhì)組研究中心賀福初院士、汪宜研究員、上海交通大學(xué)李婧教授等合作在Cell上發(fā)表題為“Integrative Proteomic Characterization of HumanLung Adenocarcinoma”的研究論文，對(duì)103例肺腺癌的樣品進(jìn)行了蛋白基因組學(xué)技術(shù)（蛋白質(zhì)組學(xué)，磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)，轉(zhuǎn)錄組和全外顯子組測(cè)序）。通過(guò)基于蛋白質(zhì)組層面的分子特征，可以將肺腺癌分為3個(gè)亞型（S-I, S-II, and S-III），并具有不同的臨床預(yù)后。除此之外，研究團(tuán)隊(duì)還發(fā)現(xiàn)了新的潛在藥物靶點(diǎn)，以及血液中的HSP 90β可以作為肺腺癌的潛在預(yù)后標(biāo)志物。該研究從機(jī)理、診斷和治療方面，都提供了新的重要的信息。通過(guò)以上幾篇國(guó)內(nèi)高水平研究成果的回顧，我們不難發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)對(duì)于疾病分型、藥靶篩選以及機(jī)制闡述具有重要的研究意義。在此次的蛋白質(zhì)組專題研討會(huì)上，除了我們特邀講師馮晉文博士為大家分享蛋白質(zhì)學(xué)的研究成果外，也涉及到對(duì)4D-DIA磷酸化和4D-PRM的技術(shù)測(cè)評(píng)和應(yīng)用案例介紹。歡迎參加6月1日的直播講座，掃碼即可免費(fèi)報(bào)名！
吉?jiǎng)P基因憑借多年在靶標(biāo)篩選及驗(yàn)證服務(wù)領(lǐng)域的技術(shù)積累，建立的標(biāo)準(zhǔn)化 、工程化 、系統(tǒng)化的GRP平臺(tái)，為中國(guó)研究型醫(yī)生提供科研服務(wù)，加快科研成果轉(zhuǎn)化。其中，多組學(xué)平臺(tái)包含蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái)和高通量測(cè)序平臺(tái)：
·蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái)擁有多臺(tái)timsTOF Pro、Exploris 480高精度質(zhì)譜儀，專業(yè)的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件，提供專業(yè)的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、Olink蛋白質(zhì)組等檢測(cè)服務(wù)，強(qiáng)大的機(jī)器學(xué)習(xí)算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務(wù)，系統(tǒng)的生物標(biāo)志物、分子分型、藥物靶點(diǎn)、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫(yī)生的科研工作更省心、更省力、更高效；
·高通量測(cè)序平臺(tái)分為常規(guī)測(cè)序服務(wù)和單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)：單細(xì)胞測(cè)序擁有10x和BD兩個(gè)平臺(tái)，提供單細(xì)胞RNA-seq、單細(xì)胞核測(cè)序、單細(xì)胞混樣RNA-seq、單細(xì)胞TCR/BCR、單細(xì)胞（RNA+ATAC）、空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等服務(wù)；常規(guī)測(cè)序服務(wù)提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修飾測(cè)序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙酰化修飾測(cè)序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻譯組測(cè)序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（兩文庫(kù)/三文庫(kù)）、外泌體miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服務(wù)。
我國(guó)在2014年啟動(dòng)“中國(guó)人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃”，通過(guò)繪制人類十大惡性腫瘤的蛋白組“地形圖”，試圖在蛋白這個(gè)更高級(jí)的維度上理解腫瘤，揭示腫瘤的分子機(jī)制，尋找治療靶標(biāo)。自此，在眾多國(guó)內(nèi)高水平研究成果中，我們能夠經(jīng)常看到蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的使用。
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馮晉文博士為此項(xiàng)研究中的共同第一作者。復(fù)旦大學(xué)人類表型組研究院丁琛教授、復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院葉定偉教授、張海梁教授和上海交通大學(xué)附屬新華醫(yī)院趙健元教授為本文共同通訊作者。此前，2019年美國(guó)臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟（CPTAC）公布了103例透明細(xì)胞腎癌患者的蛋白質(zhì)基因組學(xué)特征。然而，由于研究人群集中在西方腎癌患者上，在治療方式、藥物使用上同國(guó)內(nèi)的患者存在差距，該研究并不能滿足國(guó)內(nèi)腎癌臨床和基礎(chǔ)研究中的迫切需求。此項(xiàng)研究通過(guò)蛋白質(zhì)基因組學(xué)技術(shù)（蛋白質(zhì)組和全外顯子測(cè)序）對(duì)232例中國(guó)人群腎透明細(xì)胞癌進(jìn)行分析，首次通過(guò)大樣本隊(duì)列描繪了中國(guó)透明細(xì)胞腎癌的蛋白基因圖譜，并發(fā)現(xiàn)了中西方透明腎癌關(guān)鍵致病基因突變譜差異。根據(jù)中國(guó)人群的蛋白組表達(dá)譜，可將透明細(xì)胞腎癌患者分為三型。研究成果為透明細(xì)胞腎癌的精準(zhǔn)治療提供了新的干預(yù)靶點(diǎn)和分子分型理論依據(jù)。
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去年年底（2021年12月30日）, 復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所周虎研究員、中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心高大明研究員和復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院高強(qiáng)教授課題組，在Cancer Cell 上發(fā)表肝內(nèi)膽管癌的重磅級(jí)研究成就成果“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroupsof intrahepatic cholangiocarcinoma”。 基于蛋白基因組學(xué)技術(shù)（基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、磷酸化修飾組和微生物組技術(shù)）對(duì)262例肝內(nèi)膽管癌患者癌與癌旁組織進(jìn)行聯(lián)合分析，同樣揭示了具有不同特征和預(yù)后的疾病亞群，這描述了iCCA發(fā)病機(jī)制的復(fù)雜機(jī)制，為未來(lái)的精準(zhǔn)治療探索提供了前景。這項(xiàng)研究是樊嘉院士團(tuán)隊(duì)繼2019年肝細(xì)胞癌分子分型登頂國(guó)際頂刊Cell、以及2019與賀福初院士團(tuán)隊(duì)合作的早期肝細(xì)胞蛋白組登頂Nature之后的又一力作。
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·蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái)擁有多臺(tái)timsTOF Pro、Exploris 480高精度質(zhì)譜儀，專業(yè)的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件，提供專業(yè)的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、Olink蛋白質(zhì)組等檢測(cè)服務(wù)，強(qiáng)大的機(jī)器學(xué)習(xí)算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務(wù)，系統(tǒng)的生物標(biāo)志物、分子分型、藥物靶點(diǎn)、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫(yī)生的科研工作更省心、更省力、更高效；
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