在分子生物學(xué)和醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域，福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）樣本作為寶貴的生物資源，存儲(chǔ)著大量的歷史樣本和臨床信息。然而，F(xiàn)FPE樣本因固定和存儲(chǔ)過程中DNA降解、交聯(lián)和片段化等問題，成為二代測(cè)序（NGS）分析的技術(shù)瓶頸。所以如何通過FFPE樣本中獲得的DNA建立合格的文庫已成為當(dāng)前測(cè)序研究領(lǐng)域亟待解決的問題。
什么是FFPE樣本
FFPE樣本是指通過福爾馬林固定石蠟包埋（Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded）技術(shù)處理和保存的生物組織樣本。這種方法能夠較長(zhǎng)時(shí)間地保存組織標(biāo)本，且便于運(yùn)輸，所以廣泛用于病理學(xué)、組織學(xué)和分子生物學(xué)研究，尤其是在癌癥和遺傳學(xué)研究中，是研究歷史樣本和臨床樣本的重要來源。
圖1. FFPE標(biāo)本
FFPE樣本應(yīng)用
FFPE樣本通過福爾馬林固定能夠有效地保存組織結(jié)構(gòu)和細(xì)胞形態(tài)，同時(shí)通過石蠟包埋將樣本穩(wěn)定化，為后續(xù)的長(zhǎng)期保存提供條件。這些樣本具有高度的可存檔性和臨床應(yīng)用價(jià)值，能夠跨越數(shù)年的保存時(shí)間，便于進(jìn)行回顧性研究。總的來說，F(xiàn)FPE樣本是連接臨床病理數(shù)據(jù)與分子水平研究的重要橋梁，特別適用于那些需要從大量歷史臨床樣本中提取基因組信息的研究項(xiàng)目。
圖2. FFPE樣本應(yīng)用
FFPE樣本特點(diǎn)
FFPE組織切片是寶貴的生物醫(yī)學(xué)研究材料，被譽(yù)為病理科的“瑰寶”。它們蘊(yùn)藏著豐富的疾病信息，為臨床診斷和科學(xué)研究提供了重要的支持。然而，F(xiàn)FPE標(biāo)本的制作過程卻如同一把雙刃劍，既賦予了它許多優(yōu)勢(shì)，也帶來了某些挑戰(zhàn)。
圖3. FFPE樣本特點(diǎn)
高質(zhì)量建庫，修復(fù)是關(guān)鍵
從福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）樣本中提取臨床材料是一種常見且有效的方法。然而，固定和保存過程可能會(huì)對(duì)樣本中的核酸質(zhì)量造成損傷，影響其完整性。因此，想要從樣本獲得更多有用信息，包括高質(zhì)量的序列數(shù)據(jù)就變得具有挑戰(zhàn)性，尤其是當(dāng)樣本總量有限時(shí)。翌圣推出的FFPE修復(fù)試劑（Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent，Cat#12606ES），由多種酶按特定配方優(yōu)化混合而成，經(jīng)過驗(yàn)證，能夠有效修復(fù)FFPE樣本中的DNA。該修復(fù)試劑不僅能提高文庫產(chǎn)量，還具有無偏嗜性的特點(diǎn)，整體提升了建庫的成功率。
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損傷類型 |
是否修復(fù) |
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胞嘧啶脫氨成尿嘧啶 |
√ |
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切刻與缺口 |
√ |
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堿基氧化 |
√ |
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3'端封閉 |
√ |
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DNA片段化 |
× |
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核酸蛋白交聯(lián) |
× |
表1. FFPE修復(fù)試劑修復(fù)能力匯總
在文庫構(gòu)建過程中，設(shè)置兩組實(shí)驗(yàn)，針對(duì)相同樣本進(jìn)行比較。一組在末端修復(fù)加A步驟中添加修復(fù)試劑，另一組不添加修復(fù)試劑，同時(shí)進(jìn)行文庫構(gòu)建。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示，F(xiàn)FPE修復(fù)試劑通過修復(fù)樣本顯著提高了低質(zhì)量FFPE樣本的文庫產(chǎn)出，而對(duì)高質(zhì)量FFPE樣本的文庫產(chǎn)量提升則不明顯。
圖4. FFPE修復(fù)試劑對(duì)建庫產(chǎn)量的影響
對(duì)修復(fù)試劑在4℃和25℃恒溫條件下進(jìn)行穩(wěn)定性測(cè)試。結(jié)果顯示，在4℃和25℃放置4周后，文庫產(chǎn)量與對(duì)照組相比基本無明顯下降趨勢(shì)。
圖5. FFPE修復(fù)試劑穩(wěn)定性測(cè)試文庫產(chǎn)量監(jiān)測(cè)圖
FFPE樣本承載著大量寶貴的臨床和科研數(shù)據(jù)。通過我們的FFPE樣本修復(fù)試劑，研究人員可以最大限度地挖掘這些樣本的潛能，將“沉睡”的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為推動(dòng)醫(yī)學(xué)進(jìn)步的重要資源。
無論您是從事腫瘤基因組研究、遺傳學(xué)分析，還是歷史樣本解讀，我們的FFPE修復(fù)試劑都能為您的研究提供無與倫比的支持。加入我們，讓每一份樣本都閃耀它的價(jià)值！
產(chǎn)品選擇指南
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產(chǎn)品名稱 |
產(chǎn)品編號(hào) |
產(chǎn)品應(yīng)用 |
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18375ES |
FFPE DNA提取 |
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12606ES |
FFPE DNA修復(fù)試劑 |
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12927ES |
機(jī)械法建庫 |
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12194ES |
酶切法建庫 |