? ?臨床醫(yī)生朋友們是否還苦于寫課題文章沒有好的思路？Dr.S教你一招吃遍天，在上一期中，我們的Dr.S已經給大家介紹了肝癌經典有效的研究方法，今天咱們介紹一下白血病，分析一篇2017年發(fā)表在Cancer Cell（IF=23.214分）上的文章，還是用我們經典的ABCD四要素模式來分析。這次的側重點依然是研究課題基因的尋找也就是后面我要講的四要素中A基因的來源。
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如何找到一個合適的基因進行臨床和基礎研究，這其實是阻擾不少臨床醫(yī)生科研開展的一道門檻；不過，Dr.S會在系列講座中教給醫(yī)生朋友們如何跨過這道門檻。
老生常談，我們先解讀一下題目：TRIB3 Promotes APL Progression through Stabilization of the Oncoprotein PML-RARα and Inhibition of p53-Mediated Senescence.
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發(fā)現(xiàn)了沒有，還是A基因通過B信號通路在C疾病中發(fā)揮D功能的經典思路，今天就是要教您如何用好這4要素。
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A基因、C疾病的由來：
C疾病：本文章的研究疾病為急性早幼粒細胞白血病（APL），課題研究選題方向取決于醫(yī)生所在的領域。
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A基因的由來：
作者分選收集了3例正常人及3例急性髓細胞白血病（AML）患者的CD34+細胞，以此為基礎使用芯片進行差異編碼基因的篩選。通過對芯片結果的注釋分析，作者最終決定聚焦在表達上調幅度排名前20的基因TRIB3進行后續(xù)研究。回到臨床樣本上，作者發(fā)現(xiàn)TRIB3在AML的一種亞型APL患者中表達水平相較其他亞型要高很多，并且與PML-RARα（APL的分子標志物）的表達正相關（Fig 1）。
Fig 1
Dr.S小貼士：
這篇文章給我們最大的提示是，如果醫(yī)生朋友所研究的疾病或腫瘤有很多亞型，可以先選取具有主流臨床特征的樣本通過基因芯片篩選有意義的基因，而后返回到臨床樣本中進行驗證以確定與該基因相關性最高的一個亞型進行后續(xù)研究。
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D功能：
作者分別構建了針對基因TRIB3的條件敲除和敲入鼠，檢測了APL分子標記物PML-RARα在不同鼠中的表達情況，并取出其原發(fā)性造血祖細胞進行克隆形成實驗佐證結論（即基因TRIB3的表達促進了APL的發(fā)生）（Fig2）；與此同時，對來自病人的APL細胞進行了TRIB3干擾實驗，并監(jiān)測其表型，進一步對結論進行驗證。
Fig2
B分子機制：
機制研究方面，如文章標題所示，分為兩個部分（Stabilization of the Oncoprotein PML-RARa 和 Inhibition of p53-Mediated Senescence），按照文章闡述順序，咱先看后面一個部分，作者干擾基因TRIB3之后，檢查P53信號通路中各因子的表達情況，發(fā)現(xiàn)P53被激活了（Fig3）， 進而實施TRIB3和P53雙干擾聯(lián)合實驗，證明了TRIB3促進APL的過程確實與P53有關。
對于另一部分，在文章前期結果中作者已經證明了TRIB3是通過抑制PML-RARα/PML的泛素化水平來調節(jié)其表達的，而后通過Co-IP驗證了TRIB3與PML-RARa/PML有直接相互作用（Fig4），并尋找到TRIB3在PML上的作用位點，進而深入研究此位點與兩者相互作用之間的關系。
Fig 3
Fig 4
好了，一篇漂亮又嚴謹?shù)墓适戮瓦@么產生了，TRIB3通過提高PML-RARα的穩(wěn)定性（抑制泛素化）促進急性早幼粒細胞白血病的進展。
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文章解讀小結：
1. 要發(fā)表高分的SCI文章，ABCD模式一招鮮吃遍天，發(fā)現(xiàn)A基因（轉錄組測序，表達譜芯片或者蛋白質組學篩選），闡述其在C疾病中的D功能：細胞學功能和動物模型；以及B信號通路：分子機制(上游+下游)、功能回復實驗。
2. 對于待研基因，闡述其在某種疾病中的功能：臨床相關性、細胞學功能、分子機制(上游+下游)、信號通路、功能恢復實驗、動物模型、實驗結論的臨床回顧，關鍵在于“新基因”—新疾病—新機制。
根據(jù)吉凱基因的經驗，從樣本出發(fā)芯片，測序，質譜方法高通量篩選新功能基因的概率大約在10%左右，想要篩選驗證得到一個新功能基因的難度非常大。吉凱基因歷經3年，斥資上億，已完成近6000個腫瘤相關基因的功能學篩選，從中找到明確的腫瘤功能標志基因若干，等待您來尋寶～～～
老師您如果做過腫瘤研究相關的表達譜芯片/測序/質譜篩選獲得了很多有意義的數(shù)據(jù)，可以聯(lián)系我們，我們也可以幫助您分析篩選具有創(chuàng)新性的新關鍵功能基因。
文末福利
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