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經(jīng)典蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)與常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)生物信息分析的完美碰撞
——比較分析苜蓿銀紋夜蛾核型多角體病毒（AcMNPV）感染不同時期草地夜蛾細胞（Sf9）的蛋白質(zhì)組
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文獻：Comparative proteomics analysis of Spodoptera frugiperda cells during Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus infection. Virol J. 2015; 12: 115.
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文章摘要
桿狀病毒（Baculovirus）是一類節(jié)肢動物特異的病毒，在農(nóng)林領(lǐng)域常被用作微生物殺蟲劑，其中研究最多且應(yīng)用最廣泛的是苜蓿銀紋夜蛾核型多角病毒（AcMNPV）。AcMNPV能夠感染一小部分鱗翅目昆蟲，并且易于在草地夜蛾細胞系（Sf9）中繁殖。目前，AcMNPV基因組測序已經(jīng)完成，但對于病毒感染過程中的宿主應(yīng)答研究較少。
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本研究利用蛋白質(zhì)組學(xué)iTRAQ技術(shù)，比較AcMNPV感染不同時期（mock，6hpi和12hpi）Sf9細胞的蛋白質(zhì)表達差異。研究一共鑒定到4009個蛋白質(zhì)，其中413個是差異表達的蛋白質(zhì)；利用生物信息學(xué)分析，對差異蛋白質(zhì)進行了GO功能注釋、KEGG信號通路注釋以及蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析。該研究揭示了Sf9細胞在病毒感染不同時期的蛋白質(zhì)表達變化，有助于病毒感染后宿主細胞應(yīng)答以及病毒-宿主相互作用的機理研究，為優(yōu)化桿狀病毒的應(yīng)用奠定了基礎(chǔ)。
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結(jié)果展示
1) GO功能注釋
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Fig. 1 GO terms distribution. GO terms distribution in the molecular functions (a), cellular component (b), and biological process (c). In (a), binding and catalytic activity were the most represented biological processes. In (b), the most represented categories were cell, followed by organelle. In (c), the most represented categories were metabolic process and cellular process.
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2) KEGG信號通路注釋
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3) PPI蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析
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Fig.6 Protein-protein interaction networks. Network illustration of interactions among proteins from three groups of SF9 cells. Yellow spots: significantly differentially expressed proteins. Green spots: proteins that did not expressed differentially.
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