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一步實(shí)驗(yàn)就能發(fā)5分文章,你一定是在逗我!

作者:上海吉凱基因醫(yī)學(xué)科技股份有限公司 2017-07-26T14:43 (訪問量:10209)

話說吉凱最近活動搞得畫風(fēng)清奇,別具一格(丑),美工都不請,所有budget都拿來做活動(搞事情)!

錢要花在刀刃上。

--------------·產(chǎn)品經(jīng)理·迅。


今天我們要給大家講的就是如何把每一分科研經(jīng)費(fèi)用在刀刃上,讓每一分錢都物超所值!

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要解決這個(gè)問題,我們要先想想,科研為啥投入高呢?

A. 人力成本高

B. 耗材很貴的啊

C. 儀器更貴!

D. 以上都是,/(o)/~~

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? ? 那我們怎么樣才能既省錢又能發(fā)高分文章呢?

A. 思路創(chuàng)新

B. 實(shí)驗(yàn)工程化

C. 交給吉凱好好干活

D. 以上全部 ?(^?^*)


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言歸正傳,今天我們就來介紹一篇只做了一步實(shí)驗(yàn)就發(fā)了5.9分的MCP (Molecular Cell Proteomics)的神作。

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朊病毒是是一類能引起哺乳動物和人的中樞神經(jīng)系統(tǒng)病變的傳染性的蛋白質(zhì)因子,如果感染小腦,則會引起運(yùn)動機(jī)能的損害,導(dǎo)致共濟(jì)失調(diào);如果感染大腦皮層,則會引起記憶下降。這篇文章就是通過蛋白質(zhì)組學(xué)分析了朊病毒感染人體后,使人腦產(chǎn)生的蛋白層面的變化。

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作者選取5例朊病毒腦病患者1例患庫賈氏癥(sCJD)、3例致死性家族失眠癥(FFI)1 G114V遺傳庫賈氏癥(G114V)三種傳染性海綿狀腦病人)以及3例正常人的腦皮質(zhì)組織和小腦組織進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)檢測。

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樣本經(jīng)過酶解、SCX強(qiáng)陽離子交換色譜分級、標(biāo)記等一系列前處理之后,通過8標(biāo)(3V5iTRAQ相對定量質(zhì)譜技術(shù),對各個(gè)分組中的蛋白進(jìn)行定性和相對的定量。

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(圖片來自網(wǎng)絡(luò))

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結(jié)果顯示,質(zhì)譜共鑒定到2287種蛋白。在皮質(zhì)樣本中,正常人與三種病人之間表達(dá)有差異(1.2倍以上)的蛋白基本都有1000多個(gè),其中三種病人共有的差異表達(dá)蛋白有312個(gè),約占總鑒定蛋白數(shù)的14%。而在小腦樣本中,朊病毒腦病中差異蛋白有729個(gè),所占總蛋白比例大約為32%。

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這就是本文唯一的實(shí)驗(yàn)。一個(gè)簡單的、樸素的蛋白質(zhì)質(zhì)譜探索。

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而下面的分析,更加簡單直接。只有一個(gè)基本的GO分析和KEGG分析。。。意外不意外?驚喜不驚喜?

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GO都分析了什么呢?大家都知道,GO是從生物過程、分子功能、細(xì)胞組分三個(gè)層面對蛋白質(zhì)進(jìn)行初步的注釋和分析。而KEGG能告訴我們,差異蛋白與哪些通路有關(guān)。

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這篇文章也并沒有用GOKEGG分析出什么新大陸,只是老老實(shí)實(shí)地做了一系列數(shù)據(jù)挖掘并繪制蛋白表達(dá)圖譜。通過GO分析發(fā)現(xiàn)在三種疾病中,被顯著影響的物種生物學(xué)功能是完全一致的。而KEGG的分析則發(fā)現(xiàn),無論是小腦還是皮質(zhì),都有一些通路是在三種疾病中均有顯著改變的。比如一些關(guān)聯(lián)帕金森癥、阿爾茲海默癥的通路,以及跟氧化磷酸化、蛋白運(yùn)輸密切相關(guān)的信號通路。

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在蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的幫助下,作者成功的探索了整腦蛋白質(zhì)表達(dá)的情況,對于之后確定朊病毒相關(guān)疾病的biomarker和治療靶標(biāo)都有非常重大的意義。

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總結(jié)一下,整片文章就是iTRAQ + GO/KEGG分析!這這這,不就是我們最最最常規(guī)的蛋白質(zhì)組學(xué)研究?居然能發(fā)5+?

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原因不外乎兩點(diǎn):1. 用了罕見的樣本(樣本用量其實(shí)大,就5例病人,亞型每種僅1例);2. 解決了一個(gè)有意義的臨床問題。所以對于一些少見的病或者一些不太容易取到的組織樣本,運(yùn)用蛋白質(zhì)組學(xué)就能做出好的科研。臨床醫(yī)生做什么科研難嗎?這些臨床問題這些病人臨床醫(yī)生(特別是中國的臨床醫(yī)生)在日常工作并不少碰到,只要留心,就能做好科研,而且是有意義的科研。

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至于經(jīng)費(fèi),小算盤一劃拉:八個(gè)樣本的定量蛋白質(zhì)組學(xué)iTraq加生信分析也就五六萬能搞定,如果遇到促銷,比如….

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吉凱基因15周年慶,iTRAQ每標(biāo)低至4600元!更有磷酸化、糖基化iTRAQ等修飾組學(xué)等你翻牌子!

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最高性價(jià)比的實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目就在這里等你,省錢省時(shí)又省心!

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一個(gè)AI:只會花錢的產(chǎn)品經(jīng)理蔡胖已經(jīng)被炒掉,現(xiàn)在的產(chǎn)品經(jīng)理是AI吉小凱,恭候大駕~

一個(gè)認(rèn)真發(fā)文的公眾號

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