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從福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織中分離基因組DNA是分子診斷分析的關(guān)鍵步驟。必須從FFPE組織中回收最大量的DNA，且其質(zhì)量足以進(jìn)行必要的分子診斷分析（如qPCR、sanger測(cè)序、NGS測(cè)序等）。

為了研究哪種DNA提取試劑盒能夠從較低細(xì)胞數(shù)量的樣本中回收較多的DNA產(chǎn)量和較高的濃度，研究者用同一個(gè)FFPE蠟塊上連續(xù)切片的蠟片為樣本，并使用五種不同試劑盒從FFPE蠟片中提取DNA：
Promega Maxwell? 16 FFPE Tissue LEV DNA Purification Kit
Promega MagneSil? Genomic, Fixed Tissue System Kit
Promega ReliaPrep? FFPE gDNA Miniprep System
Qiagen DNeasy Blood & Tissue Kit
Roche Cobas? Sample Preparation Kit

細(xì)胞系來(lái)源均一的FFPE樣本

培養(yǎng)的KRAS（G12D/+）SW48細(xì)胞，使用福爾馬林固定、進(jìn)行石蠟包埋并制成蠟塊。從FFPE蠟塊上切下10μm的切片，每個(gè)蠟片約含有100000個(gè)細(xì)胞。每種DNA提取試劑盒分別提取６個(gè)蠟片。關(guān)于蠟片均一度，詳見(jiàn)FFPE生產(chǎn)工藝質(zhì)檢標(biāo)準(zhǔn)及結(jié)果。

所有提取均按照試劑盒的說(shuō)明書(shū)進(jìn)行。根據(jù)試劑盒的說(shuō)明，使用Promega QuantiFloor?DS檢測(cè)DNA回收率。


不同提取試劑盒的DNA產(chǎn)量分析

圖1顯示了使用Maxwell?、Magnesil?、ReliaPrep?、DneEasy和Cobas?試劑盒各提取六個(gè)FFPE蠟片回收的DNA平均量。使用自動(dòng)化的Promega Maxwell?平臺(tái)回收的DNA質(zhì)量最多。


圖一.五種DNA提取方法各提?。镀?span lang="EN-US" style="margin:0px">FFPE蠟片，獲得的平均DNA產(chǎn)量（誤差線表示標(biāo)準(zhǔn)偏差）。

不同提取試劑盒的回收的DNA濃度比較

圖2顯示了分別使用Maxwell?、Magnesil?、ReliaPrep?、DneEasy或Cobas?試劑盒各提取六個(gè)FFPE蠟片回收的平均DNA濃度。手動(dòng)Promega Magnesil?平臺(tái)回收的DNA濃度最高。


圖2.使用五種不同的DNA提取方法，各提取六個(gè)FFPE蠟片，提取的平均DNA濃度。誤差線表示標(biāo)準(zhǔn)偏差。

不同提取試劑盒的工作時(shí)間比較

盡管這五種不同的試劑盒分別處理六個(gè)樣品的操作時(shí)間（2-3小時(shí)）非常相似（不包括DNeasy方法進(jìn)行蛋白酶k過(guò)夜的步驟），但自動(dòng)化的Maxwell?平臺(tái)進(jìn)行更大的樣品數(shù)量處理時(shí)明顯優(yōu)于手動(dòng)方法。圖3顯示了使用五種方法分別處理32個(gè)FFPE樣本所需的理論時(shí)間和實(shí)際操作時(shí)間。Maxwell?方法的理論時(shí)間和實(shí)際操作時(shí)間明顯短于手動(dòng)方法。



圖3.使用五種不同的DNA提取方法分別處理32份FFPE樣本的理論時(shí)間（左）和實(shí)際操作時(shí)間（右）。

結(jié)論
菁良的參考標(biāo)準(zhǔn)品為這些比較研究提供了理想材料。菁良的FFPE標(biāo)準(zhǔn)品在生產(chǎn)過(guò)程確保每個(gè)部分均包含相同的細(xì)胞數(shù)，因此可回收相似的DNA量（詳見(jiàn)FFPE生產(chǎn)工藝質(zhì)檢標(biāo)準(zhǔn)及結(jié)果）。

使用定制的低細(xì)胞數(shù)量的FFPE蠟塊進(jìn)行比較研究，我們發(fā)現(xiàn)Promega Maxwell? 16 FFPE Tissue LEV DNA Purification Kit，是從FFPE樣品中提取基因組DNA的首選方法。這種方法可以回收最高產(chǎn)量和最高純度的樣品DNA。額外節(jié)省的時(shí)間對(duì)于我們FFPE標(biāo)準(zhǔn)品目錄產(chǎn)品和本研究中使用的定制標(biāo)準(zhǔn)品的質(zhì)量控制至關(guān)重要。

Maxwell?平臺(tái)的另一個(gè)優(yōu)勢(shì)是降低了污染風(fēng)險(xiǎn)，這對(duì)于我們生產(chǎn)的質(zhì)量控制至關(guān)重要。作為FFPE標(biāo)準(zhǔn)品的補(bǔ)充，我們還提供提取好的基因組DNA參考標(biāo)準(zhǔn)。交叉污染的風(fēng)險(xiǎn)必須控制并降低到絕對(duì)最小，我們?cè)u(píng)估的最佳的提取方法是Promega Maxwell?平臺(tái)配套的Promega Maxwell? 16 FFPE Tissue LEV DNA Purification Kit進(jìn)行FFPE樣本提取。