疾病相關(guān)標(biāo)志物研究 (系列第一篇)
如何發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的 lncRNA biomarker?
?
該研究策略適用于疾病 lncRNA biomarker 的篩選
?
? ? ? ?lncRNA 作為表現(xiàn)調(diào)控的新參與者,在人體內(nèi)發(fā)揮著重要的作用。已有研究表明,LncRNA 可作為食管癌、胃癌、腎 細(xì)胞癌等多種癌癥的 biomarker,且與多種疾病相關(guān)。大量的 lncRNA 及其功能需要我們?nèi)ヌ剿鳌?
? ? ? 下面我們通過兩篇冠心病的文章,分析一下如何發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的 lncRNAbiomarker。這兩篇文章是第三軍醫(yī) 大學(xué)大坪醫(yī)院曾春雨教授和周林教授共同于 2015 年 5 月在 ClinicalScience(影響因子:5.59)、2016 年 2 月在 CardiovascularResearch(影響因子:5.94)雜志上發(fā)表的兩篇典型的 biomarker 研究文章。
研究策略與方案?
?
方法與結(jié)果
● 篩選差異表達(dá)基因
選取 15 例冠心病及 15 例健康人的 PBMC 細(xì)胞及血漿樣本,通過 lncRNA 芯片篩選出差 異表達(dá)的 lncRNA,因篩選出的差異基因太多, 通過提高篩選標(biāo)準(zhǔn),來減少差異基因的數(shù)量, 篩選出 5 個(gè)候選 lncRNA biomarker。?
?
● 候選差異基因驗(yàn)證
●采用與芯片篩選實(shí)驗(yàn)相同的樣本,對(duì) 5 個(gè)候選 lncRNA 進(jìn)行 Q-PCR 驗(yàn)證,其 中 4 個(gè) lncRNA 芯片結(jié)果與 Q-PCR 結(jié)果一致。
●采用 Q-PCR 的方法,對(duì) 4 個(gè)候選 lncRNA 在 20 對(duì)獨(dú)立血漿樣本中進(jìn)行驗(yàn)證, 實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明:疾病組與正常組都存在著顯著差異。
●通 過 與 臨 床 數(shù) 據(jù) 的 關(guān) 聯(lián) 分 析 表 明:lncRNAAC100865.1( 命 名 為: CoroMarker)可以更好的預(yù)測(cè) CAD 風(fēng)險(xiǎn)。
?
?
● Biomarker 敏感性驗(yàn)證
●合并其他 4 種 CAD 發(fā)病相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)因素與 CoroBarker 在血漿樣本中的表達(dá)水平,可以增加預(yù)測(cè)的敏感性。
●運(yùn)用 Q-PCR 檢測(cè) CoroMarker 的表達(dá)水平與其他 9 種心腦血管疾病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)分析,結(jié)果表明 CoroMarker 能從10 種心腦血管疾病中單獨(dú)區(qū)分 CAD 的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。?
?
結(jié)論
? ? ? ?這是兩篇典型的 biomarker 研究文章,這兩篇文章的亮點(diǎn)在于將近年來研究的熱點(diǎn) lncRNA 作為候選 biomarker, 并在同一個(gè)人的兩種類型的樣本(血漿和 PBMC 細(xì)胞)進(jìn)行了研究,分別發(fā)表了兩篇高檔次文章。該兩篇文章從樣本數(shù)量(近 400 份),研究思路(篩選,驗(yàn)證,模型建立,測(cè)試,特異性分析,細(xì)胞系基因敲除等)都是非常經(jīng)典的套路。值得注意 的是,該研究從血漿樣本和 PBMC 樣本中找到了共同的 biomarker(CoroMarker),豐富了 lncRNA 作為冠心病診斷的biomarker,為冠心病的預(yù)防及診斷奠定了基礎(chǔ)。同時(shí)這種研究思路也可用于其他疾病 lncRNA Biomarker 的篩選。
?
參考文獻(xiàn)
[1] Cai Y, Yang Y, et al . Circulating "lncRNA OTTHUMT00000387022" from Monocytes as a Novel Biomarker for Coronary Artery Disease. Cardiovasc Res . 2016. Feb 7.
[2] Yang Y, Cai Y, et al . Plasma long non-coding RNA, CoroMarker, a novel biomarker for diagnosis of coronary artery disease. ClinSci (Lond). 2015. Oct 1;129(8):675-85?
定制講座
? ? ? ?喜歡我們的內(nèi)容嗎？那就快快參加我們的定制講座吧！講座主題您來定，biomarker相關(guān)主題即可。講座地點(diǎn)您來定，不用您出門，我們提供周到的上門免費(fèi)服務(wù)。講座時(shí)間商定，為保證服務(wù)質(zhì)量，我們需要進(jìn)行充分的準(zhǔn)備工作，保質(zhì)保量，讓您滿意。
講座要求：最好以課題組、科室為單位，人數(shù)要求15人以上。
講座申請(qǐng)：請(qǐng)發(fā)送“申請(qǐng)人+手機(jī)號(hào)+郵箱+所在城市+單位名稱+期望時(shí)間+講座主題+內(nèi)容要求”到bioservice@capitalbiotech.com，郵件主題：定制講座
我們會(huì)盡快與你聯(lián)系，安排講座。
?
?