為幫忙大家更快了解最新科研進(jìn)展，掌握科研熱點(diǎn)，擴(kuò)展科研思路，伯豪生物特此推出最新高分文獻(xiàn)速遞系列推文。本期是2025年12月最新發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)高分文獻(xiàn)集萃！
01 高分文獻(xiàn)一
標(biāo)題：Nature biotechnology：基于成像的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)集評(píng)估與可重復(fù)性的標(biāo)準(zhǔn)化指標(biāo)
文章標(biāo)題：Standardized metrics for assessment and reproducibility of imaging-based spatial transcriptomics datasets
期刊： Nature biotechnology
影響因子：41.7
文章摘要：空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)缺乏標(biāo)準(zhǔn)化指標(biāo)來(lái)評(píng)估不同研究中心基于成像的原位雜交技術(shù)。本研究通過(guò)集中制片技術(shù)，從全球多個(gè)研究中心的六種組織類型中生成了空間基準(zhǔn)（ST）數(shù)據(jù)集，并在Xenium和CosMx平臺(tái)上進(jìn)行分析。選擇這兩個(gè)平臺(tái)是基于其廣泛應(yīng)用性和獨(dú)特的化學(xué)特性。我們?cè)u(píng)估了可重復(fù)性、靈敏度、動(dòng)態(tài)范圍、信噪比、假陽(yáng)性率、細(xì)胞類型注釋以及與單細(xì)胞分析的一致性。本研究提供了ST標(biāo)準(zhǔn)化操作流程（STSOPs）和開源軟件SpatialQM，可實(shí)現(xiàn)所有技術(shù)指標(biāo)的樣本評(píng)估及細(xì)胞注釋的直接填補(bǔ)。生成的基于成像的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)庫(kù)包含254個(gè)空間譜，通過(guò)基于網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用程序整合了公開和新生成的ST數(shù)據(jù)集，使用戶數(shù)據(jù)能夠與大量基于成像的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和比較。最后，建立了最佳實(shí)踐和評(píng)估指標(biāo)，用于評(píng)估和整合單細(xì)胞成像多組學(xué)數(shù)據(jù)至空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)和空間蛋白質(zhì)組學(xué)。
Xenium和CosMx平臺(tái)數(shù)據(jù)比較
02 高分文獻(xiàn)二
標(biāo)題：Molecular cancer-癌癥免疫調(diào)節(jié)中的腸道微生物代謝物
文章標(biāo)題：Gut microbial metabolites in cancer immunomodulation
期刊：Molecular cancer
影響因子：41.7
文章摘要：腸道微生物群產(chǎn)生的代謝物正逐漸成為系統(tǒng)性遠(yuǎn)程免疫調(diào)節(jié)因子，能夠調(diào)控組織間的腫瘤免疫反應(yīng)。通過(guò)整合短鏈脂肪酸、色氨酸衍生物、次級(jí)膽汁酸、多胺及其他代謝物的證據(jù)，我們提出了一種代謝物-免疫通路-癌癥框架，將受體介導(dǎo)的信號(hào)傳導(dǎo)、表觀遺傳重塑和代謝重編程與情境依賴的雙向免疫效應(yīng)聯(lián)系起來(lái)。值得注意的是，除G蛋白偶聯(lián)受體/芳烴受體通路外，所選微生物小分子代謝物還是非常規(guī)T細(xì)胞的真正T細(xì)胞受體配體，直接塑造組織駐留免疫微環(huán)境和腫瘤微環(huán)境，補(bǔ)充了我們框架中的受體信號(hào)傳導(dǎo)和表觀遺傳程序。我們闡明了這些代謝物如何重新校準(zhǔn)腫瘤免疫微環(huán)境——調(diào)節(jié)抗原呈遞、T細(xì)胞效應(yīng)功能與耗竭、調(diào)節(jié)性T細(xì)胞活性及髓系極化——并解釋了為何同一代謝物會(huì)根據(jù)配體-受體配對(duì)、劑量和組織微環(huán)境的不同，既可能增強(qiáng)免疫監(jiān)視也可能鞏固免疫抑制。通過(guò)比較腫瘤類型特異性模式（如結(jié)直腸癌、肝癌、肺癌、乳腺癌和前列腺癌），我們突出了共同的調(diào)控回路和器官特異性差異。從方法論層面，我們闡述了單細(xì)胞與空間多組學(xué)、成像質(zhì)譜技術(shù)及功能生物傳感器如何實(shí)現(xiàn)人類腫瘤中代謝物暴露與免疫細(xì)胞狀態(tài)的協(xié)同定位，為生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)提供可操作性基礎(chǔ)。針對(duì)低生物量腫瘤組織中瘤內(nèi)微生物群信號(hào)的持續(xù)爭(zhēng)議，我們重點(diǎn)研究可量化、可空間定位且具有藥理學(xué)可操作性的代謝物-受體通路，通過(guò)微生物相關(guān)分子模式/易位作為比較基準(zhǔn)，判斷何時(shí)應(yīng)優(yōu)先將化學(xué)信號(hào)作為干預(yù)靶點(diǎn)。最后，我們?cè)u(píng)估了精準(zhǔn)干預(yù)途徑——包括糞便微生物移植、理性細(xì)菌聯(lián)合體、工程微生物及納米顆粒介導(dǎo)的代謝物遞送——并提出將代謝物/受體特征與適配遞送方式相匹配的分層規(guī)則。通過(guò)繪制組織特異性代謝物-免疫回路并將其嵌入穩(wěn)健的生物標(biāo)志物框架，微生物代謝物可能從相關(guān)性標(biāo)志物轉(zhuǎn)變?yōu)橹委煱悬c(diǎn)和工具，從而提升癌癥免疫治療的療效與持久性。
腸道微生物代謝物通過(guò)多機(jī)制途徑影響腫瘤免疫
03 高分文獻(xiàn)三
標(biāo)題：Cancer cell：腫瘤起始干細(xì)胞通過(guò)精細(xì)調(diào)控中性粒細(xì)胞的可塑性來(lái)塑造保護(hù)性微環(huán)境
文章標(biāo)題：Tumor-Initiating Stem Cells Fine-tune the Plasticity of Neutrophils to Sculpt a Protective Niche
期刊：Cancer cell
影響因子：44.5
文章摘要：腫瘤相關(guān)中性粒細(xì)胞（TANs）的異質(zhì)性特征已被學(xué)界認(rèn)知，但其不同細(xì)胞狀態(tài)的形成機(jī)制、動(dòng)態(tài)演變、分布規(guī)律及對(duì)癌癥免疫治療效果的影響仍不明確。通過(guò)單細(xì)胞RNA測(cè)序、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析和基因操作技術(shù)，我們發(fā)現(xiàn)抗PD-L1+CD40激動(dòng)劑免疫治療可誘導(dǎo)TANs產(chǎn)生干擾素應(yīng)答，使其在鱗狀細(xì)胞癌（SCCs）中恢復(fù)抗腫瘤活性。與之相反，位于腫瘤-間質(zhì)界面的TANs則能維持其免疫抑制狀態(tài)。值得注意的是，我們?cè)谀[瘤-間質(zhì)界面發(fā)現(xiàn)了一組SOX2高表達(dá)的腫瘤起始干細(xì)胞（tSCs），這些細(xì)胞通過(guò)上調(diào)脂肪酸去飽和酶1（Fads1）生成花生四烯酸（AA）。這一tSCs特異性通路增強(qiáng)了TANs中前列腺素E2（PGE2）信號(hào)傳導(dǎo)，從而破壞干擾素應(yīng)答并阻礙其抗腫瘤功能。通過(guò)精細(xì)調(diào)控中性粒細(xì)胞的可塑性，tSCs塑造了中性粒細(xì)胞的異質(zhì)性特征，并構(gòu)建了保護(hù)性微環(huán)境以抵御免疫治療，進(jìn)而驅(qū)動(dòng)癌癥復(fù)發(fā)。
摘要圖
04 高分文獻(xiàn)四
標(biāo)題：Nature - 發(fā)育中人類生殖道的時(shí)空細(xì)胞圖譜
文章標(biāo)題：Spatiotemporal cellular map of the developing human reproductive tract
期刊：Nature
影響因子：48.5
文章摘要：人類生殖道對(duì)物種延續(xù)和整體健康至關(guān)重要。其發(fā)育過(guò)程涉及性別特化、組織模式形成和形態(tài)發(fā)生等復(fù)雜機(jī)制，這些機(jī)制的破壞可導(dǎo)致終身性問(wèn)題，包括不育癥1-5。本文通過(guò)構(gòu)建人類生殖道產(chǎn)前發(fā)育的單細(xì)胞及空間多組學(xué)圖譜，提供了超越小規(guī)模器官聚焦研究的深入見解。我們描述了生殖器官性別二態(tài)性的潛在調(diào)控因子，并鑒定出參與苗勒管出現(xiàn)與退化及陰莖尿道管化的未知基因。通過(guò)整合組織學(xué)特征與基因表達(dá)及染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)，我們明確了可能參與苗勒管與沃爾夫管區(qū)域化的轉(zhuǎn)錄因子及信號(hào)事件。我們還闡明了HOX基因組在不同生殖器官中的建立機(jī)制，并發(fā)現(xiàn)輸卵管與附睪的吻側(cè)間充質(zhì)中胸段HOX基因表達(dá)增加。研究進(jìn)一步表明，輸卵管與附睪的上皮區(qū)域化（可能參與精子成熟與獲能）是在發(fā)育過(guò)程中建立的。相比之下，子宮頸管上皮區(qū)域化則需要后續(xù)事件的參與。最后，基于單細(xì)胞數(shù)據(jù)和胎兒來(lái)源的類器官，我們發(fā)現(xiàn)胎兒子宮上皮對(duì)雌激素模擬內(nèi)分泌干擾物具有易感性。通過(guò)在細(xì)胞水平上繪制性別特異性生殖道區(qū)域化與分化的圖譜，本研究為發(fā)育性生殖障礙的病因及潛在治療提供了重要見解。
摘要圖
05 高分文獻(xiàn)五
標(biāo)題：Cell -共價(jià)抗癌藥物在哺乳動(dòng)物全身的細(xì)胞靶點(diǎn)定位
文章標(biāo)題：Mapping cellular targets of covalent cancer drugs in the entire mammalian body
期刊：Cell
影響因子：42.5
文章摘要：隨著我們對(duì)生物系統(tǒng)的理解達(dá)到單細(xì)胞和高空間分辨率，藥理學(xué)方法必須匹配這種精確度以理解藥物作用。這一需求對(duì)于目前重新進(jìn)入癌癥治療階段的靶向共價(jià)抑制劑尤為重要。通過(guò)利用點(diǎn)擊反應(yīng)的獨(dú)特動(dòng)力學(xué)特性，我們開發(fā)了體積清除輔助組織點(diǎn)擊化學(xué)（vCATCH），實(shí)現(xiàn)了在三維（3D）哺乳動(dòng)物體內(nèi)進(jìn)行深度且均勻的點(diǎn)擊標(biāo)記。通過(guò)簡(jiǎn)單的被動(dòng)孵育步驟，vCATCH可在整個(gè)成年小鼠體內(nèi)提供細(xì)胞分辨率的藥物成像。我們將vCATCH與基于水凝膠的三維成像溶劑清除器官?gòu)?qiáng)化（HYBRiD）成像技術(shù)及虛擬現(xiàn)實(shí)相結(jié)合，可視化并量化了兩種臨床抗癌藥物阿法替尼和伊布替尼的體內(nèi)靶點(diǎn)，這些靶點(diǎn)重現(xiàn)了其已知的藥理學(xué)分布，并揭示了可能與脫靶效應(yīng)相關(guān)的、此前未報(bào)道的組織和細(xì)胞類型參與。vCATCH為全身體系提供了無(wú)偏倚的平臺(tái)，可在前所未有的規(guī)模和精度下繪制共價(jià)藥物結(jié)合圖譜。
摘要圖
06 高分文獻(xiàn)六
標(biāo)題：Cell -肝臟對(duì)慢性代謝應(yīng)激的適應(yīng)性改變促進(jìn)腫瘤發(fā)生
文章標(biāo)題：Hepatic adaptation to chronic metabolic stress primes tumorigenesis
期刊：Cell
影響因子：42.5
文章摘要：在慢性應(yīng)激狀態(tài)下，細(xì)胞必須同時(shí)維持組織功能與自身存活。肝細(xì)胞承擔(dān)著代謝、合成及解毒功能，但長(zhǎng)期營(yíng)養(yǎng)失衡可誘導(dǎo)肝細(xì)胞死亡并誘發(fā)代謝功能障礙相關(guān)脂肪性肝炎（MASH，原稱NASH）。盡管既往研究已明確應(yīng)激誘導(dǎo)肝細(xì)胞死亡的驅(qū)動(dòng)因素，但慢性應(yīng)激對(duì)存活細(xì)胞的功能影響仍不明確。通過(guò)跨物種縱向單細(xì)胞多組學(xué)分析，我們發(fā)現(xiàn)持續(xù)應(yīng)激會(huì)驅(qū)動(dòng)非轉(zhuǎn)化肝細(xì)胞中預(yù)后性發(fā)育及癌癥相關(guān)程序，同時(shí)降低其成熟功能特性。通過(guò)構(gòu)建整合性計(jì)算方法，我們鑒定并實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了干擾肝細(xì)胞功能平衡、應(yīng)激下增殖增強(qiáng)及直接啟動(dòng)未來(lái)腫瘤發(fā)生的主調(diào)控因子。通過(guò)對(duì)人類組織微陣列空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)進(jìn)行地理回歸分析，我們揭示了空間結(jié)構(gòu)化的多細(xì)胞群落及調(diào)控應(yīng)激反應(yīng)的信號(hào)互作網(wǎng)絡(luò)。本研究闡明了細(xì)胞早期應(yīng)對(duì)慢性應(yīng)激的機(jī)制如何為未來(lái)腫瘤發(fā)生及結(jié)局奠定基礎(chǔ)，將多種細(xì)胞功能障礙模式統(tǒng)一于核心可干預(yù)機(jī)制之下。
摘要圖