?全基因組重測序是對已有參考序列（Reference Sequence）的物種的不同個(gè)體進(jìn)行基因組測序，并以此為基礎(chǔ)進(jìn)行個(gè)體或.群體水平的差異性分析。通過全基因組重測序，研究者可以找到大量的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（SNP）、拷貝數(shù)變異（Copy Number Variation, CNV）、插入缺失（Insertion/Deletion,）、結(jié)構(gòu)變異（Structure Variation, SV）等變異位點(diǎn)。這在人類疾病及動植物育種研究等方面具有重大的指導(dǎo)意義。
????? 上海伯豪可以幫助您利用有Illumina HISeq2500等平臺進(jìn)行全基因組重測序，并通過生物信息學(xué)的手段，分析不同個(gè)體基因組間的差異， 同時(shí)完成注釋，從而幫助您在全基因組水平上掃描并檢測特定人群的重要遺傳性狀相關(guān)位點(diǎn)。
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技術(shù)路線
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?服務(wù)相關(guān)
1.????? 樣品純度：OD 260/280值應(yīng)在1.7～2.0 之間；RNA 應(yīng)該去除干凈。
2.????? 樣品濃度：最低濃度不低于50ng/μl。
3.????? 樣品總量：每個(gè)樣品總量不少于4μg。
4.????? 樣品溶劑：要溶解在H20或Low TE (pH 8.0)中。
5.????? 樣品運(yùn)輸：DNA低溫運(yùn)輸（-20℃）；且在運(yùn)輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染；收到樣品后，甲方需要對樣品進(jìn)行檢測，最終樣品的量和純度，以甲方的檢測結(jié)果為準(zhǔn)。
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數(shù)據(jù)分析流程和內(nèi)容
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數(shù)據(jù)基礎(chǔ)分析內(nèi)容：
1. 序列質(zhì)量評估：應(yīng)用測序質(zhì)量Q值進(jìn)行評估。
2. 數(shù)據(jù)預(yù)處理：去除總體質(zhì)量低于標(biāo)準(zhǔn)的reads、接頭序列去除reads中由于測序產(chǎn)生的含糊的N堿基。
3. 基因組mapping統(tǒng)計(jì)，包括mapped reads ratio, genome coverage, genome depth等信息的統(tǒng)計(jì)。
4. 基因組SNV檢測結(jié)果：堿基突變情況；對應(yīng)的氨基酸的改變，是否同義突變；對應(yīng)染色體的物理位置定位信息；關(guān)聯(lián)的dbSNP庫信息（若是新發(fā)現(xiàn)SNV則無此信息）；該SNV位點(diǎn)相關(guān)基因信息（若是新發(fā)現(xiàn)SNV則無此信息）。
5. 基因組SV檢測結(jié)果：基因組發(fā)生SV的類型，SV區(qū)段的起始/終止位置，SV對氨基酸，蛋白質(zhì)功能的影響。
6. 基因組Small InDel檢測結(jié)果：基因組發(fā)生Small InDel區(qū)段的大小，位置，(僅限于有參考序列，reference sequence，的區(qū)域)；關(guān)聯(lián)的基因信息。
數(shù)據(jù)高級分析總覽
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復(fù)雜疾病/性狀關(guān)聯(lián)研究 |
腫瘤基因組學(xué)研究 |
群體進(jìn)化研究 |
遺傳圖譜構(gòu)建 |
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群體SNP檢測、分型 |
成對樣本的somatic? SNV/InDel/CNV檢測，注釋、統(tǒng)計(jì) |
群體SNP檢測、分型 |
群體SNP檢測、分型 |
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群體SNP位點(diǎn)質(zhì)控 |
SNP/InDel數(shù)據(jù)庫分析（dbSNP/1000G/UCSC) |
基于參考單體型集合的缺失基因型推斷、填充 |
群體SNP位點(diǎn)質(zhì)控 |
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SNP注釋與統(tǒng)計(jì)（OMIM, ENCODE) |
SNV/InDel COSMIC數(shù)據(jù)庫注釋、篩選 |
樣本質(zhì)控（親緣關(guān)系檢測、基于IBD的樣本污染檢測、PCA群體分層檢測） |
樣本質(zhì)控（系譜矯正，樣品混雜檢測） |
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樣本質(zhì)控（親緣關(guān)系檢測、基于IBD的樣本污染檢測、PCA群體分層檢測） |
SNV保守性預(yù)測(SIFT、Polyphen-2) |
連鎖不平衡分析 |
遺傳圖譜構(gòu)建 |
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基于單個(gè)位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析 |
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系統(tǒng)進(jìn)化樹分析 |
QTL定位 |
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候選區(qū)域LD分析 |
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群體多態(tài)性分析 |
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GO、PATHWAY富集分析 |
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選擇分析、馴化基因分析 |
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應(yīng)用案例
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全基因組重測序揭示小細(xì)胞肺癌基因組的變化
吸煙會引發(fā)癌癥，但是人們對這一過程的分子機(jī)制并不清楚，一般認(rèn)為吸煙過程中釋放的大于60種致癌物質(zhì)可與DNA鏈上的鳥嘌呤和腺嘌呤進(jìn)行化學(xué)修飾從而產(chǎn)生大的復(fù)合物，該復(fù)合物改變了DNA雙螺旋的結(jié)構(gòu)，如果這些復(fù)合物沒有被及時(shí)糾正，那么在DNA復(fù)制的過程中就會產(chǎn)生突變，從而引發(fā)癌癥，Erin D.Pleasance 等利用第二代測序技術(shù)（ABI SOLID）對一個(gè)小細(xì)胞肺癌（Smal-cell lung cancer,SCLC）細(xì)胞系NCI-H209進(jìn)行全基因組重測序，探討了煙氣中的致癌物質(zhì)引發(fā)該細(xì)胞系基因組中哪些堿基及其周圍序列產(chǎn)生突變及細(xì)胞損傷修復(fù)路徑。
原文出處：A mall-cell lung cancer genome with complex signatures of tobacco exposure.
?Nature,2010,463:184-190.