期刊：Journal of Neurology
影響因子：6
伯豪技術(shù)服務(wù)：甲基化捕獲測序MCseq
樣本設(shè)置：41個ALS患者和27個健康對照的外周血樣本
文章概要
肌萎縮側(cè)索硬化（amyotrophic lateral sclerosis, ALS）是一種累及上下運動神經(jīng)元系統(tǒng)的致殘性致死性神經(jīng)系統(tǒng)變性疾病。ALS發(fā)病機制與表觀遺傳學(xué)有關(guān)。本研究是由四川大學(xué)華西醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科/神經(jīng)退行性疾病研究室商慧芳教授團隊解析與患者疾病進展和生存的臨床異質(zhì)性相關(guān)的DNA甲基化譜。研究中納入了41例散發(fā)性ALS患者，中位隨訪時間為86.9個月，27例嚴(yán)格匹配的健康對照。進行基于血液的全基因組DNA甲基化分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)共有948個與進展率相關(guān)的差異甲基化位點，298個與進展率相關(guān)的差異甲基化位點。采用互補分組策略，共鑒定出948個與進展率相關(guān)的差異甲基化位點，298個與進展率相關(guān)的差異甲基化區(qū)域(R-DMRs)，590個與生存時間相關(guān)的DMP和197個與生存時間相關(guān)的DMRs (S-DMRs)。差異甲基化基因的富集分析強調(diào)突觸和軸突參與ALS的進展和生存。臨床分析顯示，PRDM8中R-DMR的平均甲基化水平與疾病進展率呈正相關(guān)(r = 0.479, p = 0.002)。DNA甲基化有望成為追蹤疾病進展和預(yù)測生存結(jié)果的潛在生物標(biāo)志物，也為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)提供了靶標(biāo)。
圖2 ALS患者的DNA甲基化、進展率和生存時間。A PRDM8 R-DMR平均甲基化水平與進展率之間的相關(guān)性。B ANKRD33 R-DMR平均甲基化水平與進展率的相關(guān)性。C ZNF696 S-DMR的Kaplan-Meier曲線。D RAI1 S-DMR的Kaplan-Meier曲線。
小編以為這篇文章采用的思路屬于經(jīng)典的G1 VS G2（患者VS 健康；亞組1 VS亞組2）的組間比較差異分析，在經(jīng)典思路基礎(chǔ)上又有亮點：1.完善的臨床生存信息，在樣本選取時就考慮收集全面的樣本信息，之后可用于進一步分析差異甲基化位點與生存的關(guān)聯(lián)。2. 嚴(yán)格匹配了健康個體，ALS患者存在DNA甲基化改變與代謝、炎癥和膽固醇途徑有關(guān)。在該項研究分析中，研究人員也考慮了環(huán)境因素對DNA甲基化的影響，因此嚴(yán)格匹配了HC個體，減少環(huán)境因素的影響為研究結(jié)果奠定了可靠基礎(chǔ)。
伯豪生物的甲基化捕獲測序服務(wù)可提供基于亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化原理的MC-seq和基于酶學(xué)轉(zhuǎn)化的EM-seq兩個檢測平臺。伯豪生物已累計為客戶完成千余例表觀科研服務(wù)項目，涉及組織、細胞、全血、FFPE、唾液、ctDNA等各種實驗樣本數(shù)萬例，涵蓋腫瘤、胚胎發(fā)育、復(fù)雜疾病等各個領(lǐng)域，伯豪客戶使用甲基化芯片、甲基化捕獲測序（MC-seq）、全基因組甲基化測序（WGBS）焦磷酸測序等甲基化研究技術(shù)分別在Theranostics、ACS Nano、Front Cell Dev Biol.、PNAS、Ann Rheum Di等期刊發(fā)表論文。伯豪生物科研服務(wù)合作客戶發(fā)文影響因子平均達到7分以上。歡迎各位老師咨詢駐地銷售。