還在等三生三世？現在就來繪制驚艷單細胞圖譜吧！
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10X Genomics單細胞測序
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10x Genomics 公司ChromiumTM Single Cell 3'單細胞測序介紹
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博奧晶典單細胞測序解決方案，采用10x Genomics公司最新的ChromiumTMSingle Cell3'系統，通過快速高效的單細胞標記、測序和分析，獲得單細胞水平的數字化基因表達譜，可對復雜細胞群體進行深入細致分析，繪制單細胞圖譜。這一技術可廣泛應用于癌癥，免疫，干細胞，胚胎分化發育，神經分化發育等研究，為疾病或遺傳發育等研究等提供了前所未有的良好機遇。
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? 在許多關鍵生命過程中，如疾病發生發展或胚胎發育，單個細胞的特定行為和異質性，可能導致重要甚至是決定性的后果。
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? 由于生物樣本中細胞異質性(Cellular Heterogeneity)的存在，重要的單細胞變化往往被細胞群體的平均化檢測結果所掩蓋。
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? 單細胞測序，分析每個細胞的基因表達譜，實現群體中各細胞類型的轉錄特征譜辨別，并能深入揭示各細胞類型的基因表達差異。
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? 高分辨率研究免疫系統細胞的動態變化，或者細分癌癥患者的腫瘤細胞，包括惡性腫瘤細胞、免疫細胞和正常細胞等。
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10x Genomics 公司ChromiumTM Single Cell 3'單細胞測序原理
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通過ChromiumTMSingle Cell3'微滴生成系統，使每個微滴中分配到唯一的細胞，細胞裂解和反轉錄均在微滴內進行。由于每個微滴具有唯一的barcode序列，則源于同一微滴（即同一細胞）的反轉錄產物均帶有相同的barcode，從而實現單細胞分辨率。
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圖：10x Genomics平臺微滴生成和barcode標記原理
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案例介紹
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10xGenomics 公司最新的ChromiumTMSingle Cell3'單細胞測序 已在頂級雜志發表多篇重量級文章，應用于超級研究熱點CRISPR等。
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Fred Hutchinson癌癥研究中心的研究人員與10x Genomics公司合作，應用ChromiumTMSingle Cell 3'單細胞測序檢測來源于29個樣本的約25萬個單個細胞，驗證了10x Genomics系統單細胞RNA測序的靈敏度和可靠性。并分析了來自急性髓性白血病患者的珍貴臨床樣品，研究造血干細胞移植前后，患者體內的免疫細胞亞群變化，在單細胞分辨率下確定受體和供體嵌合現象。研究結果發表于2017年1月16日的Nature Communication上。這項研究顯示了10x Genomics 單細胞測序潛在的臨床應用前景，并為未來的大樣本研究奠定了基礎 [1]。
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10x Genomics 單細胞測序與CRISPR結合，以在單細胞水平上實現高度多重CRISPR篩選。加州大學舊金山分校（UCSF）和Broad研究所的研究人員合作，通過在大量細胞中引入CRISPR基因編輯系統，并應用單細胞測序分析這些基因編輯的影響，高效分析復雜的基因調控網絡，探索基因修飾如何影響細胞狀態，并深入研究這些基因如何相互作用等。多篇研究結果連續發表于2016年的Cell上[2-3]。
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Reference
[1] Zheng G X Y, Terry J M, BelgraderP, et al. Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells [J].Nature Communications , doi: 10.1038/ncomms14049
[2] Adamson B, Norman T M, Jost M, et al. A multiplexedsingle-cell CRISPR screening platform enables systematic dissection of theunfolded protein response[J]. Cell , 2016, 167(7): 1867-1882. e21.
[3] DixitA, Parnas O, Li B, et al. Perturb-seq: dissecting molecular circuits withscalable single-cell RNA profiling of pooled genetic screens[J]. Cell ,2016, 167(7): 1853-1866. e17.
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10x Genomics 公司ChromiumTM Single Cell 3'單細胞測序優勢
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1. 通過液滴-barcode-細胞的一一對應關系，實現單細胞分辨率
2. 無需單細胞分離等復雜操作過程
3. 一次建庫測序可以獲得1000到6000個細胞的轉錄組數據
4. 實現基于基因表達特征的細胞亞群體分析
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10x Genomics公司ChromiumTM Single Cell 3'單細胞測序數據分析
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博奧晶典數據分析采用10x Genomics公司配套開發的專用分析軟件，主要分析內容包括：
? 單細胞基因表達譜
? 細胞群體PCA分析
? 細胞群體k-means聚類分析及可視化
? 細胞亞群相關性分析
? GO注釋和顯著性富集分析
? Pathway注釋和顯著性富集分析、
? 細胞群體間差異表達分析
? 群體間差異表達基因注釋和顯著性富集分析
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產品咨詢聯系方式
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郵箱：bioservice@capitalbiotech.com
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博奧晶典科研服務事業部 李瑩、吳潔、張西軒 | 文案
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