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? ? ? ?上回說(shuō)到植物分子育種中，篩選百萬(wàn)級(jí)的基因標(biāo)記需要用到基因組測(cè)序和SNP定制芯片，這兩種方法適合于小樣本量，百萬(wàn)級(jí)標(biāo)記的篩選【分子育種專(zhuān)題年終盤(pán)點(diǎn)系列 | 基因標(biāo)記篩選解決方案】。而當(dāng)在利用高通量測(cè)序和SNP芯片的方式篩選出大量的性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)后，通常會(huì)針對(duì)特定區(qū)域SNP位點(diǎn)，進(jìn)行超大樣品量驗(yàn)證。那此時(shí)，哪種方法更加準(zhǔn)確、快速、性?xún)r(jià)比更高呢？
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? ? ? ?AgriSeqTM 靶向測(cè)序，基于Ion AmpliSeq技術(shù)，多重PCR的金標(biāo)準(zhǔn)，是市場(chǎng)上最靈活和可擴(kuò)展的GBS技術(shù)；配套高通量自動(dòng)化工作站，實(shí)現(xiàn)快速和有效的工作流程。相比于高通量SNP基因芯片，AgriSeq對(duì)于<5000個(gè)標(biāo)記的基因分型更為有效，單個(gè)樣本的成本更低，更高的樣本通量，獲得更多相關(guān)數(shù)據(jù)。
? ? ? ?AgriSeq靈活，準(zhǔn)確，通量高，周期短，性?xún)r(jià)比高；已證明廣泛適用于各種作物物種；當(dāng)然它不僅可以篩選驗(yàn)證已有位點(diǎn)，也可用作新標(biāo)記發(fā)現(xiàn)工具。
案例展示
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? ? ? ?江漢大學(xué)研究團(tuán)隊(duì)利用AgriSeqTM技術(shù)開(kāi)發(fā)水稻SSR基因分型應(yīng)用，在8個(gè)水稻品種中鑒定到3,105個(gè)SSR標(biāo)記，文章于2017年9月發(fā)表在Nucleic Acids Research上。
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? ? ? ?3,105個(gè)SSR應(yīng)用指紋圖譜構(gòu)建中，遠(yuǎn)超過(guò)當(dāng)前采用的48個(gè)SSR的國(guó)家農(nóng)業(yè)標(biāo)準(zhǔn)；每?jī)蓚€(gè)水稻品種間的SSR平均為449.71個(gè)；用該技術(shù)很容易將Xa21基因mapping在SSR21附近，然而PAGE電泳的方式卻未能檢測(cè)到。
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? ? ? ?而當(dāng)最終跟性狀緊密相關(guān)的位點(diǎn)已鎖定在1~300個(gè)核心標(biāo)記上，需要對(duì)超大樣本量進(jìn)行檢測(cè)或驗(yàn)證時(shí)，我們又有更優(yōu)質(zhì)的解決方案提供給各位老師。
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? ? ? ?博奧晶典根據(jù)國(guó)內(nèi)種業(yè)需求，開(kāi)發(fā)了國(guó)內(nèi)首個(gè)具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的IMAP系統(tǒng)（微流控SNP芯片檢測(cè)系統(tǒng)）。從芯片制備、擴(kuò)增反應(yīng)、芯片掃描到分型軟件，為基因分型提供一整套簡(jiǎn)便易行的解決方案，提取樣品基因組DNA后，可在2.5小時(shí)內(nèi)輕松完成樣品SNP分型的檢測(cè)，從而實(shí)現(xiàn)低成本、快速、靈活的SNP分型，尤其適用于應(yīng)用型芯片產(chǎn)品開(kāi)發(fā)生產(chǎn)。
? ? ? ?IMAP系統(tǒng)具有操作簡(jiǎn)單、快速、節(jié)約、持續(xù)更新的特點(diǎn)，目前已與多家單位合作開(kāi)發(fā)多款應(yīng)用型芯片，也成功完成了多種物種的分型檢測(cè)。
總結(jié)
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? ? ? ?目前可以說(shuō)是生物技術(shù)飛速發(fā)展的時(shí)代，單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)、基因編輯技術(shù)和人工智能技術(shù)等都推動(dòng)著分子育種向分子設(shè)計(jì)育種階段跨越。博奧晶典也會(huì)不斷地研發(fā)和引進(jìn)最新的科學(xué)技術(shù)，為分子育種事業(yè)助力。
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博奧晶典科研服務(wù)事業(yè)部 李超、李楠、李媛媛 | 文案
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