Xenium亞細(xì)胞空間原位分析技術(shù)-樣本制備及應(yīng)用方向-技術(shù)前沿-資訊-生物在線

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Xenium亞細(xì)胞空間原位分析技術(shù)-樣本制備及應(yīng)用方向

作者:上海伯豪生物技術(shù)有限公司 2023-09-26T00:00 (訪問(wèn)量:19231)

Xenium原位技術(shù)平臺(tái)可以提供的端對(duì)端完整解決方案,幫助用戶實(shí)現(xiàn)亞細(xì)胞分辨率的靶向基因和蛋白表達(dá)原位分析。該平臺(tái)可以將單分子RNA和蛋白檢測(cè)的功能與強(qiáng)大的光學(xué)元件、數(shù)據(jù)采集和精確解碼技術(shù)相結(jié)合,能夠以亞細(xì)胞分辨率在整張切片上快速檢測(cè)大量靶點(diǎn)的組織原位表達(dá)水平??梢约嫒荻喾N樣品類型,包括新鮮冷凍(FF)組織和福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織。

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樣本準(zhǔn)備

1. 新鮮樣本:需要OCT包埋,干冰法或者異戊烷法皆可。

2. 石蠟樣本:需要送石蠟塊。(與空轉(zhuǎn)V2版本不同,Xenium樣本只能貼在正式芯片上實(shí)驗(yàn),而非貼在白片上進(jìn)行轉(zhuǎn)片,所以不能直送切片。)

3. 可貼片區(qū)域:10mm*22mm(大框區(qū)域12*24mm,邊上“+”定位點(diǎn)不能被切片覆蓋)。

4.?可多樣本拼片(但同一芯片選擇的panel必須相同)。

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Xenium原位技術(shù)?Panel列表

1. 人乳腺癌panel:280 genes,可再定制100 genes;

2. 小鼠腦panel:248 genes,可再定制100 genes;

3. 目前人和小鼠都有泛組織的panel;

4. 后續(xù)我司也會(huì)預(yù)定制panel:腫瘤、免疫、神經(jīng)方向等。

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Xenium原位技術(shù)實(shí)驗(yàn)流程

1. Xenium的實(shí)驗(yàn)流程主要分四部分:組織切片、探針雜交與擴(kuò)增、上機(jī)測(cè)試、數(shù)據(jù)分析;

2. 從組織切片到數(shù)據(jù)下機(jī)所需時(shí)間為:6-8天(依樣本貼片大小而增減上機(jī)時(shí)間,樣本覆蓋面越大,上機(jī)時(shí)間越長(zhǎng))。

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Xenium原位技術(shù)-下機(jī)數(shù)據(jù)

1. 網(wǎng)頁(yè)質(zhì)控:基礎(chǔ)信息、提示警告或者錯(cuò)誤信息;

2. 擬合的DAPI圖像:OME-TIFF(格式);

3. 細(xì)胞切割和邊界信息:細(xì)胞核和細(xì)胞邊界坐標(biāo);

4. 亞細(xì)胞分辨率轉(zhuǎn)錄本定位(基因表達(dá))信息:轉(zhuǎn)錄本定位和細(xì)胞分配信息;

5. 細(xì)胞-分析物表達(dá)矩陣:HDF5 和 MTX(后續(xù)可以直接進(jìn)行分析);

6. 后續(xù)分析:包含表達(dá)水平,細(xì)胞定位、分型,聚類,降維分析和差異表達(dá)。

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Xenium原位技術(shù)應(yīng)用技術(shù)場(chǎng)景

1. 疾病組織異質(zhì)性的量化評(píng)價(jià);

2. 組織微環(huán)境免疫細(xì)胞組學(xué)深度分析;

3. 伴隨診斷組織空間標(biāo)志物的篩選;

4. 藥物創(chuàng)新靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)和藥物輔助開發(fā)。

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Xenium原位技術(shù)多組學(xué)聯(lián)合

1. Xenium獨(dú)立分析:探究關(guān)注基因集(panel)的空間表達(dá)特征,解析復(fù)雜組織中細(xì)胞組成及細(xì)胞間的互作,研究特定生理病理結(jié)構(gòu)區(qū)域下的基因表達(dá)信息。推薦腫瘤、免疫、神經(jīng)(神經(jīng)性疾病、或者做感知、認(rèn)知方向)等研究領(lǐng)域的客戶;

2. Xenium+單細(xì)胞聯(lián)合分析:解鎖各個(gè)細(xì)胞群的空間位置信息,更高靈敏度及特異性地挖掘細(xì)胞間互作及分子調(diào)控機(jī)制,對(duì)關(guān)注基因的表達(dá)及目標(biāo)細(xì)胞群(如新鑒定到的細(xì)胞亞群)進(jìn)行亞細(xì)胞定位研究;

3. Xenium原位雜交+空轉(zhuǎn):解析亞細(xì)胞水平時(shí)空基因組學(xué);

4. 單細(xì)胞+空轉(zhuǎn)+Xenium原位雜交:對(duì)多細(xì)胞類型近距離共存區(qū)域的細(xì)胞類型進(jìn)行精確定位。

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在關(guān)注非典型導(dǎo)管增生區(qū)域(多細(xì)胞類型近距離共存區(qū)域)時(shí)可以清晰的定位八種細(xì)胞類型

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