服務(wù)內(nèi)容
一、定量蛋白組學(xué)
蛋白組學(xué)是研究整體水平上蛋白質(zhì)的組成與調(diào)控的學(xué)科，分析蛋白質(zhì)的組成成分（定性），表達(dá)水平（定量），以及修飾狀態(tài)（修飾），了解蛋白之間的相互作用與聯(lián)系，獲得蛋白水平上關(guān)于疾病、代謝等生物學(xué)過(guò)程的變化信息。
定量蛋白組學(xué)技術(shù)流程
1. Label Free定量蛋白組
一種基于質(zhì)譜的無(wú)標(biāo)記定量蛋白組學(xué)方法，用于對(duì)樣本中的蛋白進(jìn)行定性和相對(duì)定量分析。與傳統(tǒng)的標(biāo)記技術(shù)相比，Labelfree技術(shù)不需要對(duì)蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行化學(xué)標(biāo)記，因此更加簡(jiǎn)便和靈活。
2. DIA定量蛋白組
DIA是將整個(gè)質(zhì)譜掃描質(zhì)量范圍分為若干小窗口，依次對(duì)每個(gè)窗口的所有離子進(jìn)行碎裂。因此,DIA能夠?qū)?fù)雜樣品中幾乎所有可檢測(cè)的分子進(jìn)行定量測(cè)定，解決了DDA方法中TOPN原則中低豐度蛋白被抑制從而檢測(cè)不到的問(wèn)題。
3. 微量蛋白質(zhì)組
使用基本無(wú)多肽/蛋白損失的特殊化前處理配合高靈敏度和最小離子損失率的質(zhì)譜分析方法，實(shí)現(xiàn)微量樣本的正常數(shù)據(jù)分析。
4. 4D定量蛋白組
常規(guī)的質(zhì)譜數(shù)據(jù)包含保留時(shí)間、質(zhì)荷比和離子強(qiáng)度三維信息，4D在此基礎(chǔ)上增加了碰撞截面積(CCS)即離子淌度(mobility)的結(jié)果。硬件上，離子淌度增加了離子化肽段的分離，實(shí)現(xiàn)了離子積累與聚焦，可提高鑒定深度與靈敏度。在數(shù)據(jù)上，增加了CCS信息，也提高了鑒定結(jié)果的可靠性。
5. TMT定量蛋白組
TMT技術(shù)采用多個(gè)穩(wěn)定同位素標(biāo)簽，特異性標(biāo)記多肽的氨基基團(tuán)進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析，能夠同時(shí)分析最多18個(gè)不同樣本的蛋白質(zhì)相對(duì)含量差異。因?yàn)椴煌瑯?biāo)記的相同肽段是同時(shí)進(jìn)入質(zhì)譜分析，因此有著非常好的定量準(zhǔn)確性。
6. PRM靶蛋白相對(duì)/絕對(duì)定量
PRM（平行反應(yīng)監(jiān)測(cè)）方法只選取和檢測(cè)目標(biāo)蛋白相關(guān)的信號(hào)，通過(guò)采集目標(biāo)肽段的高分辨率MS2質(zhì)譜圖，排除其他離子的干擾。可以實(shí)現(xiàn)高特異性、高準(zhǔn)確性地對(duì)目標(biāo)蛋白定量，借助合成標(biāo)準(zhǔn)肽，可絕對(duì)定量。
7. 宏蛋白組
對(duì)樣本中所有菌的蛋白進(jìn)行鑒定，正常需要宏基因組結(jié)果或者提供主要菌的種屬信息。
二、修飾定量蛋白組
翻譯后修飾(Post-translational modification,PTM)是指對(duì)翻譯后的蛋白質(zhì)進(jìn)行共價(jià)加工的過(guò)程，通過(guò)在一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基加上修飾基團(tuán)，可以改變蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)，進(jìn)而影響蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象和活性狀態(tài)，亞細(xì)胞定位等。由于修飾的蛋白質(zhì)在樣本中的含量低且動(dòng)態(tài)范圍廣，檢測(cè)前需要對(duì)修飾的蛋白質(zhì)或肽段進(jìn)行富集，然后進(jìn)行質(zhì)譜鑒定。
基于質(zhì)譜的修飾蛋白組學(xué)流程
1. 磷酸化定量蛋白組
常見(jiàn)修飾點(diǎn)：Ser/Thr/Tyr
相關(guān)應(yīng)用范圍：信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞周期、調(diào)控機(jī)理、抗逆、生長(zhǎng)發(fā)育及癌癥機(jī)理等。
2. 二硫鍵蛋白組
常見(jiàn)修飾點(diǎn)：Cys
相關(guān)應(yīng)用范圍：蛋白結(jié)構(gòu)穩(wěn)定、蛋白活性、生物藥設(shè)計(jì)、藥效和安全性評(píng)價(jià)等。
3. SUMO化定量蛋白組
常見(jiàn)修飾點(diǎn)：Lys
相關(guān)應(yīng)用范圍：胚胎發(fā)育、心臟和顱面發(fā)育、植物免疫反應(yīng)、DNA損傷修飾、腫瘤耐藥性等。
4. 甲基化定量蛋白組
常見(jiàn)修飾點(diǎn)：Arg/Lys
相關(guān)應(yīng)用范圍：表觀遺傳、癌癥機(jī)理、衰老、神經(jīng)退行性疾病、蛋白轉(zhuǎn)位及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、組蛋白功能。
5. 乙酰化定量蛋白組
常見(jiàn)修飾點(diǎn)：Lys
相關(guān)應(yīng)用范圍：基因表達(dá)調(diào)控、細(xì)胞防御機(jī)制、細(xì)胞凋亡與代謝、細(xì)胞周期、轉(zhuǎn)錄激活與沉默、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性、神經(jīng)退行性病變等。
6. 糖基化定量蛋白組
常見(jiàn)修飾點(diǎn)：Asn(N)、Ser/Thr(O)
相關(guān)應(yīng)用范圍：細(xì)胞識(shí)別、分化、脅迫應(yīng)答、信號(hào)傳導(dǎo)、免疫應(yīng)答、神經(jīng)退行性疾病、代謝性疾病及感染性疾病研究。
7. 乳酸化定量蛋白組
常見(jiàn)修飾點(diǎn)：Lys
相關(guān)應(yīng)用范圍：糖酵解相關(guān)細(xì)胞功能、巨噬細(xì)胞極化、神經(jīng)系統(tǒng)調(diào)控、腫瘤發(fā)生、敗血癥和免疫疾病發(fā)生發(fā)展、水稻谷粒發(fā)育等重要生命活動(dòng)。
8. 泛素化定量蛋白組
常見(jiàn)修飾點(diǎn)：Lys
相關(guān)應(yīng)用范圍：細(xì)胞周期、細(xì)胞凋亡、蛋白降解、防御機(jī)制、光形態(tài)發(fā)生、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、植物生長(zhǎng)發(fā)育、癌癥和神經(jīng)退行性疾病。
三、化學(xué)蛋白質(zhì)組
現(xiàn)代新藥研究與開(kāi)發(fā)的關(guān)鍵首先是尋找和確定分子藥靶。做藥物與靶點(diǎn)蛋白結(jié)合,需要先進(jìn)行靶蛋白篩選，而后進(jìn)行潛在位點(diǎn)篩選，最后進(jìn)行位點(diǎn)驗(yàn)證。
常用方法有藥物親和反應(yīng)靶標(biāo)穩(wěn)定性(DARTS,Drugaffinity responsive targetstability)，限制性酶解-質(zhì)譜分析(Lip-MS,Limited proteolysis mass spectrometry)、細(xì)胞熱轉(zhuǎn)移實(shí)驗(yàn)以及衍生的熱蛋白組。
四、多肽組學(xué)
多肽組學(xué)指的是對(duì)2至50個(gè)氨基酸（0.2至10kDa）的內(nèi)源性肽的定性和定量研究。多肽存在于細(xì)胞和生物體液中，有著特定的生理和生物功能。例如血管舒張、氧化應(yīng)激等。因此特定肽或肽表達(dá)模式的變化可以作為正常生理或疾病特異性病理過(guò)程或治療干預(yù)的潛在生物標(biāo)志物。常規(guī)多肽組是對(duì)樣本做提取，收集小于10kDa的肽段并進(jìn)行質(zhì)譜分析。
多肽組學(xué)流程
活性多肽組
生物活性肽(Biologicallyactive peptides or bioactive peptides)是含有2-20個(gè)氨基酸殘基，通過(guò)肽鍵連接的蛋白質(zhì)片段，具有積極的生物效應(yīng)。百泰派克基于機(jī)器學(xué)習(xí)方法構(gòu)建不同活性模型（抗氧化、抗菌、降壓、降血糖、抗炎、致敏性、潛在毒性、鮮味肽和苦味肽）進(jìn)行預(yù)測(cè)，并提供分子對(duì)接服務(wù)。
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