離心機工作時是高速運轉，使用時要注意安全，必須做到以下幾點：
1、離心機使用時要放置在平穩、堅固的臺面上，它的底座都裝有橡膠吸腳，借助于大氣壓力及儀器本身的重量，緊貼于臺面）；大容量低速離心機和高速冷凍離心機要相應地安放在堅實的地面上，水平放置。超速離心機重達數百公斤，應放在很堅實的地面上并有防塵、防潮設備，保證離心室達到一定的真空度，正常運行。離心機工作前，應將負荷平衡，重量誤差越小越好，否則會引起劇烈震動，損壞離心轉頭及轉軸。
2、離心器分離支架必須在安置離心管后運轉，嚴禁空架運轉。離心機啟動時，轉速開關或值旋鈕應放在低檔位，啟動后再逐步調節到所需要的數值。一次工作后，須將旋紐調至低檔位再次工作，在高轉速擋或高值檔禁止直接啟動。選擇合適的轉頭，控制轉頭的轉速。
3、在下述情況下要降低轉頭的最高轉速：轉頭的運轉時間和運轉次數達到規定的壽命時；當轉頭受到局部表面損傷或出現管孔內輕微腐蝕時；使用不銹鋼離心管、套管、厚壁管或離心瓶時；樣品平均密度超過cm3時；轉頭受到高溫時。
4、轉頭在每次使用前要嚴格檢查孔內是否有異物和污垢，以保持平衡。轉頭必須保持干燥清潔，切勿碰撞擦傷。如不慎跌落，應對轉頭進行X光拍片檢查，確認無內部損傷后方可繼續使用。轉頭每次使用后應用溫水及中性洗滌劑浸泡清洗，最后用蒸餾水或去離子水沖洗，軟布擦干后用電吹風烘干、上蠟，干燥保存。
5、各種離心管的拉力強度和伸長度都不同，應按需要選用，離心管可由許多種不同材料制成，如聚乙烯、纖維素、聚碳酸脂、聚丙烯等。使用時注意保證樣品、溶劑及梯度材料不腐蝕離心管及蓋組件。過期、老化、有裂紋或已受腐蝕的離心管盡量不用或降速使用。控制塑料離心管的使用次數，注意規格配套。離心過程中不得開啟離心室蓋，不得用手或異物碰撞正在旋轉中的轉頭及離心管。
6、對于低溫離心樣品，應先將空的轉頭在2000rpm預冷一定時間，預冷時控制溫度在0℃左右，也可將轉頭放在冰箱中預冷數小時備用，離心杯可直接存放在冰箱中預冷。
7、在離心過程中如發現異常現象，如不正常噪音及振動，應立即停機檢查，未找出原因前不得繼續運轉。
8、在日常使用離心機的過程中，每隔三個月應對主機校正一次水平度，每使用5 億轉處理真空泵油一次，工作500h應檢查驅動電機炭刷，最好用吸塵器將摩擦產生的炭粉除去，必要時需要更換炭刷或將整流子用細砂紙打光。每使用1500h左右應清洗驅動部位軸承并加上高速潤滑油脂，轉軸與轉頭接合部應經常涂脂防銹，長期不用時應涂防銹油加油紙包扎。平時不用時，應每月低速開機，保證各部位的正常運轉。