?在所研究的物種不具備參考基因組時，通過de novo分析策略，轉錄組測序可以幫助研究人員快速獲取該物種的mRNA序列，并預測可能的非編碼RNA。此外，在分析基因表達水平的同時，還可以獲得cSNP，從而提供全面的轉錄組信息。
技術路線
技術參數(shù)
樣本類型：total RNA
樣本總量：>=2 μg
樣本濃度：>=50 ng/ul
推薦數(shù)據(jù)量：>=6 Gb/樣本
案例解析
案例一
上海伯豪攜手廣東農(nóng)業(yè)科學院對兜蘭（Paphiopedilum）單獨開花行為與簡單重復序列標記的開發(fā)利用進行了深入的研究。兜蘭是一種可以單獨開花的長青類多年生植物，但是人們對其有關開花行為的基因組信息卻知之甚少。通過de novo轉錄組測序服務對同色兜蘭（Paphiopedilum concolor）、帶葉兜蘭（Paphiopedilum hirsutissimum）以及兩個栽培品種進行了測序。通過測序，研究人員發(fā)現(xiàn)了一些與單獨開花行為有關的轉錄因子。同時還找到了20969個可用于分子標記的EST-SSR以及15137個引物SSR。該工作為人們對兜蘭開花與花的發(fā)育的分子機制有了一定的了解。
原文出處：Li DM, Wu W, Zhang D, et al. Floral Transcriptome Analyses of Four Paphiopedilum Orchids with Distinct Flowering Behaviors and Development of Simple Sequence Repeat Markers. Plant Mol Bio Rep. 2015, 33(6):1928-52.
案例二
上海伯豪攜手安徽農(nóng)業(yè)大學植保學院，使用Illumina測序平臺對黃粉甲（Tenebrio molitor，一種鞘翅目昆蟲）進行轉錄組測序，de novo拼接獲得了35,363條unigenes，其中18,820條unigenes與NR蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中已注釋的蛋白能夠較好地匹配，GO和COG被用于分析基因的潛在功能。最終在黃粉甲觸角轉錄組中鑒定出了19個OBP基因，12個CSP基因，20個OR基因，6個IR基因，2個SNMP基因。本研究對黃粉甲觸角進行轉錄組學研究，為深入研究鞘翅目嗅覺基因的功能奠定了堅實的基礎。
原文出處：Liu S, Rao XJ, Li MY, et al. Identification of candidate chemosensory genes in the antennal transcriptome of Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae). Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2015, 13:44-51.
案例三
上海伯豪攜手北京林業(yè)大學對卷丹（Lilium lancifolium）在寒冷刺激下的轉錄組進行了深入分析。卷丹是一種廣泛分布于我國西南和東北地區(qū)的野生耐寒植物。利用de novo轉錄組測序，研究人員比較了冷脅迫處理和對照組的轉錄組差異，通過差異基因的COG和KEGG注釋，以及k-mean聚類分析，找到了相關的信號通路以及通路中重要的信號轉到基因和轉錄因子。
原文出處：Wang J, Yang Y, Liu X, et al. Transcriptome profiling of the cold response and signaling pathways in Lilium lancifolium. BMC Genomics. 2014, 15:203.
案例三
上海伯豪攜手湖南農(nóng)業(yè)大學油料作物研，采用Illumina測序平臺檢測近交系黃籽種皮（SY）以及近等位基因系棕籽種皮（NILA）的轉錄組基因，對檢測結果進行De Novo拼接獲得69,605個unigene，大約71.5%（49,758個unigene）能比對到Nr蛋白數(shù)據(jù)庫。RPKM分析結果顯示，棕籽種皮較黃籽種皮，有802個基因上調(diào)，502個基因下調(diào)。生物學通路分析顯示，46個基因與類黃酮合成相關。在黃籽中，與后期類黃酮生物合成相關的編碼基因二氫黃酮還原酶(DFR)、白花色素雙加氧酶(LDOX)、花色素還原酶(ANR)不表達或者表達水平非常低，這也暗示了這些與PA合成相關的基因可能與薺菜型油菜種皮的著色相關，qRT-PCR檢測進一步確認了該結果。該研究實現(xiàn)薺菜型油菜種皮轉錄組測序，研究中所獲得的基因不僅有利于闡明薺菜型油菜種皮著色的分子機制，且為該物種今后的基因組學研究提供了基礎。
原文出處：Liu X, Lu Y, Yuan Y, et al. De novo transcriptome of Brassica juncea seed coat and identification of genes for the biosynthesis of flavonoids. PLoS One. 2013, 8(8):e71110.
