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Agilent miRNA芯片服務(wù)

?microRNAs(miRNAs)是一種大小約21—23個堿基的單鏈小分子RNA，是由具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的約70—90個堿基大小的單鏈RNA前體經(jīng)過Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（雙鏈）但是和siRNA密切相關(guān)。microRNA通過和靶基因mRNA堿基配對引導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻譯，從而在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控蛋白表達（新發(fā)現(xiàn)microRNA也能在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控基因表達）。microRNA在物種進化中相當(dāng)保守，在動物、植物和真菌等中發(fā)現(xiàn)的microRNAs表達均有嚴格的組織特異性和時序性。microRNA在細胞生長和發(fā)育過程中起多種作用，包括調(diào)控發(fā)育、分化、凋亡和增殖等。

????? 上海伯豪生物技術(shù)有限公司作為上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心旗下的專業(yè)技術(shù)服務(wù)子公司，不斷強化生物芯片相關(guān)技術(shù)服務(wù)平臺建設(shè)，為國內(nèi)外客戶提供專業(yè)化解決方案。在miRNA芯片領(lǐng)域，經(jīng)過嚴格平行試驗優(yōu)選，先后建立起三大技術(shù)平臺：Agilent miRNA芯片平臺（針對動物miRNA，已經(jīng)進行了11812份樣品的miRNA芯片檢測服務(wù)），Affymetrix miRNA芯片平臺（覆蓋203個物種）以及ABI miRNA定量芯片平臺（定量原理），為客戶提供具有針對性的高端技術(shù)服務(wù)。

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Agilent miRNA芯片服務(wù)

安捷倫科技有限公司（Agilent?Technologies?Inc.）作為國際**的生物芯片制造企業(yè)，利用其先進的芯片生產(chǎn)工藝，開發(fā)出具有獨特設(shè)計的miRNA檢測芯片，能特異性地檢測出成熟的miRNA并能很好地區(qū)分高度同源的miRNA?分子。該平臺還具有特異性高、靈敏度高等特點。可以廣泛地應(yīng)用于檢測和比較各類樣品的miRNA表達狀態(tài)，并通過分析其調(diào)控的靶基因來深入分析其調(diào)控機制或生物學(xué)功能。?

Agilent microRNA芯片探針設(shè)計圖

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Agilent?microRNA芯片技術(shù)特點

1. 唯一能通過特殊的探針設(shè)計區(qū)分成熟miRNA和miRNA前體的芯片平臺；
2. 無需分離miRNA，直接用Total?RNA?進行實驗，只需100ng的Total?RNA?即可用來進行標(biāo)記實驗（不包括質(zhì)檢所消耗的量），避免了分離、富集、放大等過程帶來的影響；
3. 樣品適用范圍廣：組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細胞等均可進行實驗；
4. 高特異性：特殊的**探針設(shè)計能區(qū)別一個堿基的差異；
5. 高靈敏度：檢測豐度跨4個log，最高可達6個log，只要存在6000個拷貝的分子就可以檢出；
6. 數(shù)據(jù)來源于miRBase 21.0版本，并方便及時更新；
7. 人、大鼠、小鼠之外的動物物種，可以方便的通過earray進行個性化定制。

相關(guān)技術(shù)文章：Direct and sensitive miRNA profiling from low-input total RNA
相關(guān)介紹視頻：MicroRNA研究的綜合解決方案

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Agilent miRNA芯片服務(wù)推薦

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服務(wù)內(nèi)容：總RNA抽提、樣品質(zhì)檢、microRNA標(biāo)記、雜交、洗脫、圖像掃描、數(shù)據(jù)分析。

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Agilent microRNA芯片相關(guān)技術(shù)文章 —?FFPE材料的microRNA分析

Zhang X, Chen J, Radcliffe T, Lebrun DP, Tron VA, Feilotter H. An array-based analysis of microRNA expression comparing matched frozen and formalin-fixed paraffin-embedded human tissue samples. J Mol Diagn. 2008. 10(6):513-9.?
使用芯片技術(shù)研究miRNA通常需要使用新鮮的樣本或快速冷凍的樣本。但是世界上大約有數(shù)十億份組織樣品保存在醫(yī)院或者組織樣品庫中，絕大多數(shù)是使用福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理(Formalin-Fixed?and?Parrffin-Embedded，F(xiàn)FPE)的樣品。數(shù)量巨大的樣品蘊含著無限的科學(xué)研究的機會同時也是研究者們很棘手的研究對象。如何從這些樣品中獲取我們需要的生物信息呢？該文章中，Queen’s?Cancer?Research?Institute?使用Agilent?miRNA芯片對快速冷凍的樣本以及與之相匹配的相應(yīng)的FFPE樣本進行了研究。?
結(jié)論：檢測自FFPE樣本中抽取miRNA在技術(shù)上是可行的；Agilent?miRNA芯片平臺的數(shù)據(jù)顯示出其在抽提、標(biāo)記和雜交過程中的高度重復(fù)性。

Agilent microRNA芯片相關(guān)技術(shù)文章 —?血漿樣本進行microRNA分析

Wang K, Zhang S, Marzolf B, Troisch P, Brightman A, Hu Z, Hood LE, Galas DJ. Circulating microRNAs, potential biomarkers for drug-induced liver injury. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009, 106(11):4402-7.
該文章用血漿中獲得的特異性microRNA作為標(biāo)志物，監(jiān)控Acetaminophen（對乙酰氨基酚,退熱凈）過量使用對肝臟造成的藥物性損傷。
結(jié)論：該方法的靈敏度要高于傳統(tǒng)的ALT（谷丙轉(zhuǎn)氨酶）指標(biāo)。

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miRNA芯片分析

1. 歸一化?
microRNA芯片采用的歸一化的方法為quantile normalization，loess normalization。

2. 差異基因篩選?
microRNA的差異篩選，同表達譜的篩選方法是一致的，參見表達譜的差異基因篩選。

3. miRNA靶基因預(yù)測?
microRNA結(jié)合在靶基因的3’ UTR，下調(diào)靶基因．miRNA靶基因預(yù)測有多種方法．我們主要利用TargetScan數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)microRNA的靶基因。

對microRNA 進行靶基因預(yù)測的結(jié)果表格

4. miRNA與靶基因網(wǎng)絡(luò)圖?
將顯著性功能與顯著性Pathway所包含的靶基因取交集后與microRNA構(gòu)建基因與microRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（待確認），可以在全局的水平上直觀的反應(yīng)基因之間的相互關(guān)系，同時反映了基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的穩(wěn)定性。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)中microRNA的位置函數(shù)計算出microRNA在網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)系強度，即microRNA的網(wǎng)絡(luò)特征值。特征值高microRNA處于網(wǎng)絡(luò)的樞紐性地位，該microRNA調(diào)控能力強，對網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和樣本性狀有重要的調(diào)控價值，同時從網(wǎng)絡(luò)中也可以得到被microRNA調(diào)控的關(guān)鍵靶基因。

5. miRNA－GO　Network?
miR-GO Network利用靶基因的功能注釋與microRNA-mRNA靶向調(diào)控關(guān)系，構(gòu)建microRNA功能調(diào)控的網(wǎng)絡(luò)圖。網(wǎng)絡(luò)圖可發(fā)現(xiàn)MicroRNA調(diào)控的多種基因功能，并通過網(wǎng)絡(luò)分析，得到核心調(diào)控microRNA以及microRNA調(diào)控的核心基因功能。

6. miRNA－Pathway Network?
miR- Pathway Network與miR-GO Network類似．利用靶基因的Pathway間相互作用關(guān)系，與microRNA-mRNA靶向調(diào)控關(guān)系，構(gòu)建miR- Pathway調(diào)控的網(wǎng)絡(luò)圖。網(wǎng)絡(luò)圖可發(fā)現(xiàn)MicroRNA調(diào)控的多種信號通路，并通過網(wǎng)絡(luò)分析，得到核心調(diào)控microRNA以及microRNA調(diào)控的核心信號通路。

7. miRNA的轉(zhuǎn)錄因子的預(yù)測?
為了研究miRNA的調(diào)控機制，首先預(yù)測miRNA的promoter區(qū)域，根據(jù)miRNA的promoter區(qū)域，利用HMM來預(yù)測結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。

8. miRNA與表達譜芯片平臺的聯(lián)合分析?
miRNA與表達譜芯片平臺的聯(lián)合分析除了和甲基化與表達譜芯片分析類似外，還可以將miRNA預(yù)測的靶基因和表達譜芯片的差異基因取交集，進行miRNA-DiffGene-Network。

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參考文獻

1. Wang K, Zhang S, Marzolf B, Troisch P, Brightman A, Hu Z, Hood LE, Galas DJ.?Circulating microRNAs, potential biomarkers for drug-induced liver injury.?Proc Natl Acad Sci U S A. 2009, 106(11):4402-7.
2. Zhang X, Chen J, Radcliffe T, Lebrun DP, Tron VA, Feilotter H.?An array-based analysis of microRNA expression comparing matched frozen and formalin-fixed paraffin-embedded human tissue samples.?J Mol Diagn. 2008. 10(6):513-9.
3. Wang S, Wang L, Zhu T, Gao X, Li J, Wu Y, Zhu H.?Improvement of tissue preparation for laser capture microdissection: application for cell type-specific miRNA expression profiling in colorectal tumors.?BMC Genomics. 2010, 10;11:163
4. Liu Y, Hu W, Wang H, Lu M, Shao C, Menzel C, Yan Z, Li Y, Zhao S, Khaitovich P, Liu M, Chen W, Barnes BM, Yan J.?Genomic analysis of miRNAs in an extreme mammalian hibernator, the Arctic ground squirrel.?Physiol Genomics. 2010, 42(1):39-51.

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上海伯豪Agilent miRNA芯片服務(wù)客戶應(yīng)用文獻匯總

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• 第四軍醫(yī)大揭示遏制腫瘤生長的miRNA
• 伯豪客戶發(fā)現(xiàn)吉西他濱耐藥性新機制
• 伯豪客戶發(fā)表食管癌個體化治療研究新成果！
• 伯豪客戶白曉春老師的新作榮登國際頂級期刊JCB封面文章
• 一水草酸鈣晶體刺激腎近端小管細胞后miRNA表達譜的變化
• 唾液microRNAs作為一種無創(chuàng)性的生物標(biāo)志物對檢測可切除性胰腺癌展示出較大的潛能
• miRNA-146a促進肝細胞癌化之內(nèi)皮細胞血管新生
• PLoS ONE：microRNAs在hUC-MSCs肝分化中的分子機理研究
• GUT：基因芯片篩選發(fā)現(xiàn)大腸癌早期診斷分子標(biāo)志物?
• SBC客戶利用miRNA芯片篩選發(fā)現(xiàn)肝癌標(biāo)志物
• 激光捕獲與芯片的聯(lián)合應(yīng)用
• microRNA芯片篩選發(fā)現(xiàn)血清血漿中的胃癌早期診斷標(biāo)志物

Affymetrix miRNA芯片服務(wù)

Affymetrix miRNA 4.0 芯片服務(wù)

上海伯豪生物技術(shù)有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）作為上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心旗下的專業(yè)技術(shù)服務(wù)子公司，不斷強化各類生物芯片相關(guān)技術(shù)服務(wù)平臺建設(shè)，為國內(nèi)外客戶提供專業(yè)化解決方案。在miRNA芯片服務(wù)領(lǐng)域，多年來進行了一萬多份樣品的miRNA芯片檢測服務(wù)，協(xié)助客戶發(fā)表SCI論文50余篇，平均IF4.6。

上海伯豪生物技術(shù)有限公司作為Affymetrix認證服務(wù)供應(yīng)商，利用Affymetrix新開發(fā)的 GeneChip? miRNA 4.0 Array為您提供優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。

一、芯片特點：

• 高覆蓋度-涵蓋miRBase Release 20中所有成熟的miRNA序列；
• 新型的分析-采用同樣的芯片可以檢測人、小鼠、大鼠或其他物種的miRNA（同時檢測203個物種的miRNA）；
• 信息量大-芯片結(jié)果包括：host gene ID、miRNA target genes、clustered miRNA等；
• 樣本量低-僅需要130ng的total RNA。
• 高靈敏度：檢測豐度跨4個log，可以檢測到1.0 attomol的microRNA含量。
  

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二、芯片內(nèi)容：

• 100% 覆蓋miRBase v20數(shù)據(jù)庫；
• 30,424個成熟miRNA；
• 5,214個人、小鼠、大鼠miRNA；
• 1,996個人類snoRNA, scaRNA；
• 3,770個探針專門針對人類、小鼠、大鼠前體發(fā)夾狀序列設(shè)計。

探針數(shù)目：（人、大鼠、小鼠）

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三、microRNA芯片服務(wù)流程圖

四、數(shù)據(jù)分析：

上海伯豪為客戶整合推出miRNA芯片分析全面解決方案（包括歸一化、差異基因篩選、miRNA靶基因預(yù)測、 miRNA與靶基因網(wǎng)絡(luò)圖、miRNA-GO Network、miRNA-Pathway Network、miRNA的轉(zhuǎn)錄因子的預(yù)測、miRNA與表達譜芯片平臺的聯(lián)合分析）。