背景簡(jiǎn)介
HRD (Homologous Recombination Deficiency) 即同源重組修復(fù)缺陷，主要是由于HRR相關(guān)基因的突變和表達(dá)失衡導(dǎo)致細(xì)胞失去了通過(guò)同源重組的方式對(duì)雙鏈斷裂的DNA進(jìn)行正確修復(fù)的能力。而無(wú)法正確修復(fù)的DNA會(huì)在整個(gè)基因組層面上留下“瘢痕”。通過(guò)檢測(cè)這些“瘢痕”即可評(píng)估修復(fù)缺陷的程度。HRD普遍存在于不同腫瘤中，其中卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和胰腺癌尤為明顯，其狀態(tài)可以提示腫瘤細(xì)胞對(duì)PARP抑制劑和鉑類藥物的敏感性。因此，可以通過(guò)對(duì)HRD的檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行療效預(yù)測(cè)，指導(dǎo)用藥。
材料與方法
本次測(cè)試使用的標(biāo)準(zhǔn)品及其參考值由菁良科技（深圳）有限公司（簡(jiǎn)稱“菁良”）提供，具體信息見(jiàn)下表。每個(gè)HRD標(biāo)準(zhǔn)品取200 ng，進(jìn)行酶切建庫(kù)(QuarPrep EZ DNA Library Kit 1.0，Dynegene)，預(yù)文庫(kù)使用快速雜交試劑(QuarHyb Super Reagent Kit Pro，Dynegene)搭配HRD Panel (QuarXeq HRD Probes 1.0，Dynegene) 進(jìn)行捕獲。在Illumina平臺(tái)和華大智造DNBSEQ-G99平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序，測(cè)序深度＞200×。使用sequenza和scarHRD軟件進(jìn)行ASCN分析和HRD Score計(jì)算。
菁良HRD標(biāo)準(zhǔn)品信息
| 產(chǎn)品編碼 | 標(biāo)準(zhǔn)品 | HRD參考值 |
| GW-FGTM003-T | GW3-N | 34 |
| GW-FGTM003-N | GW3-T | |
| GW-FGTM009-T | GW9-N | 52 |
| GW-FGTM009-N | GW9-T | |
| GW-FGTM012-T | GW12-N | 94 |
| GW-FGTM012-N | GW12-T |
迪贏相關(guān)試劑信息
| 說(shuō)明 | 產(chǎn)品名稱 | 貨號(hào) |
| 建庫(kù) | QuarPrep EZ DNA Library Kit 1.0 | NL1002 |
| 接頭引物 | Y Truncated Adaptor with pre index primer dual SetA | NA2002 |
| - | Y Truncated Adaptor with pre index primer dual SetA for MGI | NA2010 |
| 捕獲 | QuarXeq HRD Probes 1.0 | NY1018 |
| - | QuarHyb Super Reagent Kit Pro | NC1006 |
| - | QuarAcces Universal Blocker with cot-1 2.0 | NF2006 |
| - | QuarAcces Universal Blocker with cot-1 for MGI Dual | NF2025 |
實(shí)驗(yàn)流程
結(jié)果
聯(lián)合測(cè)試結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)品參考值一致
使用菁良的HRD標(biāo)準(zhǔn)品搭配迪贏HRD panel進(jìn)行雜交捕獲流程，illumina平臺(tái)測(cè)序；使用相應(yīng)的分析軟件進(jìn)行HRD score分析。從分析結(jié)果看，本次HRD評(píng)分與標(biāo)準(zhǔn)品WGS參考值趨勢(shì)相同，且陰陽(yáng)性判讀一致。
| 標(biāo)準(zhǔn)品 | 標(biāo)準(zhǔn)品參考值 | 迪贏HRD panel分析 | ||
| ? | HRD score | 陰陽(yáng)性 | HRD score | 陰陽(yáng)性 |
| GW3 | 34 | 陰性 | 18 | 陰性 |
| GW9 | 52 | 陽(yáng)性 | 50 | 陽(yáng)性 |
| GW12 | 94 | 陽(yáng)性 | 70 | 陽(yáng)性 |
?
不同測(cè)序平臺(tái)HRD標(biāo)準(zhǔn)品評(píng)估一致
本次測(cè)試采用迪贏HRD panel在不同測(cè)序平臺(tái)illumina、MGISEQ-2000和DNBSEQ-G99進(jìn)行HRD標(biāo)準(zhǔn)品檢測(cè)，對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)使用相應(yīng)的分析軟件進(jìn)行HRD score分析。從分析結(jié)果看，不同測(cè)序平臺(tái)的HRD score結(jié)果一致，與標(biāo)準(zhǔn)品WGS參考值趨勢(shì)基本一致。
本次測(cè)試表明，在不同測(cè)序平臺(tái)上迪贏HRD panel的分析結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)品一致。
?
關(guān)于華大智造
DNBSEQ-G99為華大智造推出的小型化雙載片測(cè)序平臺(tái)，特別適用于靶向基因測(cè)序和小型基因組測(cè)序。基于DNBSEQ核心技術(shù)，G99在測(cè)序載片上首次采用了三角形矩陣式信號(hào)位點(diǎn)，在更小面積的載片上實(shí)現(xiàn)了更高密度的數(shù)據(jù)產(chǎn)出，整機(jī)通量8-48Gb。通過(guò)高度集成的流體系統(tǒng), 同時(shí)配合超快速的生化反應(yīng)體系，G99突破性地實(shí)現(xiàn)了12小時(shí)可完成PE150測(cè)序。從用戶需求出發(fā)，在提供高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)的同時(shí)，做到快速、簡(jiǎn)單、靈活，能為測(cè)序工作帶來(lái)絕佳的體驗(yàn)，應(yīng)用場(chǎng)景廣泛。
關(guān)于迪贏生物
上海迪贏生物科技有限公司（DYnegene Technologies Co. Ltd），于2018年成立，是一家處于迅速發(fā)展期的創(chuàng)新型高科技公司，獲得國(guó)內(nèi)知名投資機(jī)構(gòu)火山石資本, 巢生資本，和玉資本、博裕資本、翰森資本和字節(jié)跳動(dòng)等的數(shù)億元級(jí)的風(fēng)險(xiǎn)投資，是我國(guó)目前率先實(shí)現(xiàn)超高通量新一代DNA合成技術(shù)、裝置開(kāi)發(fā)并開(kāi)展商業(yè)化生產(chǎn)的企業(yè)，能夠?yàn)楹铣缮飳W(xué)、生物醫(yī)藥、分子診斷等新興產(chǎn)業(yè)提供上游原料、分析工具和技術(shù)支持。迪贏生物通過(guò)顛覆式創(chuàng)新，成功開(kāi)發(fā)了自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的3D噴墨打印超高通量原位核酸合成平臺(tái)，實(shí)現(xiàn)了國(guó)內(nèi)該領(lǐng)域從零到壹突破，其核酸類產(chǎn)品的通量、正確率和長(zhǎng)度等技術(shù)指標(biāo)均達(dá)到全球領(lǐng)先水平，已經(jīng)獲得了眾多分子診斷、抗體藥物篩選、新型生物制造、核酸藥物開(kāi)發(fā)、基因組從頭拼接、DNA存儲(chǔ)、空間單細(xì)胞分子組學(xué)研究領(lǐng)域客戶和合作伙伴的青睞與認(rèn)可。
關(guān)于菁良
菁良科技（深圳）有限公司是全球領(lǐng)先的提供體外檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品的研發(fā)創(chuàng)新型高科技企業(yè)。
體外檢測(cè)需要標(biāo)準(zhǔn)品！隨著經(jīng)濟(jì)的快速發(fā)展，科技細(xì)分領(lǐng)域的不斷拓展，國(guó)民生活水平的不斷提高，檢驗(yàn)檢測(cè)市場(chǎng)需求也隨之快速上升，體外檢測(cè)進(jìn)入高速發(fā)展階段。然而配套的質(zhì)量控制和規(guī)范化意識(shí)卻相對(duì)滯后，很大一部分體外檢測(cè)方法仍然存在效率低下且檢測(cè)準(zhǔn)確率有限的情況。菁良通過(guò)自主研發(fā)的高科技平臺(tái)，向體外檢測(cè)行業(yè)用戶及合作伙伴提供全球領(lǐng)先的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)、第三方質(zhì)控產(chǎn)品和研發(fā)參考品服務(wù)，助力提高行業(yè)檢測(cè)準(zhǔn)確率！
?