淺談分子生物實(shí)驗(yàn)室中核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)(質(zhì)控品)的管控和使用-國(guó)內(nèi)聚焦-資訊-生物在線

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淺談分子生物實(shí)驗(yàn)室中核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)(質(zhì)控品)的管控和使用

作者:菁良科技(深圳)有限公司 2021-02-03T16:45 (訪問(wèn)量:26174)

在《醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床實(shí)驗(yàn)室管理辦法》,《三級(jí)綜合醫(yī)院評(píng)審標(biāo)準(zhǔn)(2011 年版)》等文件中,都指出在臨床檢測(cè)報(bào)告的項(xiàng)目均應(yīng)開展內(nèi)部室內(nèi)質(zhì)控,并參加外部室間質(zhì)評(píng)。在這兩項(xiàng)工作當(dāng)中,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的作用尤為重要,對(duì)它的管控不可或缺。


(一) 、標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)(質(zhì)控品)的來(lái)源與基本條件
分子實(shí)驗(yàn)室中,一般將標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)分成兩類:

1、用于儀器校準(zhǔn)、驗(yàn)證、測(cè)試和繪制工作標(biāo)準(zhǔn)曲線等目的的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì);(一般是由廠商提供的質(zhì)控品)

2、用于外部室間質(zhì)評(píng)、內(nèi)部室內(nèi)質(zhì)控、方法驗(yàn)證等目的的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),而在《2021 臨床醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)(士)》的中,這類標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)又分為標(biāo)準(zhǔn)品、質(zhì)控品。(一般為第三方提供的標(biāo)準(zhǔn)品、實(shí)驗(yàn)室自制質(zhì)控品。)對(duì)于這類標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的要求,結(jié)合 GB/T 20468-2006《臨床實(shí)驗(yàn)室定量測(cè)定室內(nèi)質(zhì)量控制指南》,整理如下:
① 基質(zhì):應(yīng)盡可能與臨床樣本的基質(zhì)相似或一樣,不同基質(zhì)中可能含有不完全一致的基因擴(kuò)增檢測(cè)抑制物,應(yīng)對(duì)測(cè)定結(jié)果無(wú)影響。

② 濃度:在測(cè)定范圍內(nèi),質(zhì)控品要求其所含待測(cè)物的濃度盡可能接近試驗(yàn)或臨床決定性水平。
具備均勻性和穩(wěn)定性,瓶間變異性應(yīng)小于分析系統(tǒng)的變異,在規(guī)定的條件下有良好的穩(wěn)定性
④ 靶值或預(yù)期結(jié)果已知。
⑤ 無(wú)已知的生物傳染危險(xiǎn)。
可單批大量獲得,因室內(nèi)質(zhì)控是連續(xù)測(cè)定同一質(zhì)控品,以監(jiān)測(cè)實(shí)驗(yàn)室測(cè)定的重復(fù)性(可大量持續(xù)供應(yīng))。

(二) 、標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)(質(zhì)控品)的驗(yàn)收與保存
1、參照 JJF 1507-2015 《標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的選擇與應(yīng)用技術(shù)規(guī)范》(以下簡(jiǎn)稱「JJF1507-2015」)有相關(guān)描述,整理如下:
在接收標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)時(shí),應(yīng)對(duì)照提供的說(shuō)明確認(rèn)其運(yùn)輸條件和接收狀態(tài),并立即按照說(shuō)明規(guī)定的保存條件進(jìn)行保存,并在保質(zhì)期內(nèi)使用(參考 JJF1507-2015 10.1.1、10.1.3)。對(duì)于核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),在《醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室工作導(dǎo)則》的“臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室各區(qū)域工作注意事項(xiàng)”中提到“試劑儲(chǔ)存和準(zhǔn)備區(qū)。試劑盒中的陽(yáng)性對(duì)照品及質(zhì)控品不應(yīng)當(dāng)保存在該區(qū),應(yīng)當(dāng)保存在標(biāo)本處理區(qū)。

2、對(duì)于可多次使用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),確保包裝單元開封后的恰當(dāng)保存和包裝、標(biāo)簽、說(shuō)明規(guī)定的完整性非常重要,必要時(shí),應(yīng)對(duì)剩余的物質(zhì)進(jìn)行重新密封包裝(參考 JJF1507-2015 10.1.2、10.2.4)。

3、對(duì)于僅供一次使用的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),在打開包裝后應(yīng)按照要求盡快使用,不能留存后反復(fù)使用(參考 JJF1507-2015 10.1.3)。

(三)、標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的使用
參照 JJF1507-2015 有使用方面的相關(guān)描述,整理如下:

1、使用前準(zhǔn)備:
在規(guī)定的程序條件和測(cè)量條件達(dá)到穩(wěn)定后,使用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),否則將造成標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的誤用,并可能產(chǎn)生錯(cuò)誤的結(jié)論(參考 JJF1507-2015 10.2.1、10.2.5)

2、預(yù)處理
對(duì)于需通過(guò)混合、稀釋、分裝等預(yù)處理后的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),需要對(duì)不確定度的來(lái)源進(jìn)行控制,如溶質(zhì)或溶劑的揮發(fā)性損失、包裝和環(huán)境,還有測(cè)定方法、緩沖液、最終結(jié)果的統(tǒng)計(jì)學(xué)評(píng)價(jià)和質(zhì)量控制等。為確保特性值的正確傳遞,避免預(yù)處理過(guò)程因素的影響,建議對(duì)預(yù)處理進(jìn)行驗(yàn)證評(píng)估,必要時(shí)建立不確定度評(píng)估程序,以確保不確定度的合理量化。(參考 JJF1507-2015 6.3.3、10.2.6、《2021 臨床醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)(士)》)

注:ISO 指南 34 和 35 對(duì)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的穩(wěn)定性評(píng)估進(jìn)行了詳細(xì)闡述,上述兩份指南已轉(zhuǎn)化為國(guó)家計(jì)量技術(shù)規(guī)范 JJF1342《標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)研制(生產(chǎn))機(jī)構(gòu)通用要求》和 JJF1343《標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)定值的通用原則及統(tǒng)計(jì)學(xué)原理》,同時(shí),在體外診斷試劑方面有發(fā)布 YY/T 1652《體外診斷試劑用質(zhì)控物通用技術(shù)要求》,均可作為參考文件。


3、取樣
標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)在取樣時(shí)應(yīng)確保代表性,如果規(guī)定了取樣之前必要的均勻化措施,如混勻等,應(yīng)嚴(yán)格執(zhí)行。

如果規(guī)定了標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的最小取樣量,那么使用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)時(shí)的實(shí)際取樣量應(yīng)不低于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的最小取樣量,當(dāng)小于最小取樣量時(shí),其特性值和不確定度等參數(shù)可能會(huì)由于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的不均勻性而不再有效。(參考 JJF1507-2015 10.2.2),取樣時(shí)應(yīng)采取防止污染的措施(參考 JJF1507-2015 10.2.4)

對(duì)于核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的使用,還需注意:
(1)對(duì)于液體狀態(tài),在開蓋前離心以防產(chǎn)品損耗,并按照說(shuō)明中的稀釋、分裝建議進(jìn)行操作。
(2)對(duì)于石蠟切片(如 FFPE),應(yīng)對(duì)核酸提取步驟,應(yīng)建立技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)、操作與質(zhì)控規(guī)程并保存過(guò)程記錄。
(3)凍干狀態(tài)的核酸標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的在進(jìn)行復(fù)溶時(shí),所加溶劑的量要準(zhǔn)確,每次加入的量盡量一致,應(yīng)輕輕搖勻,使內(nèi)容物完全溶解,切忌劇烈振搖。


4、使用
對(duì)于定性檢測(cè),通常有弱陽(yáng)性質(zhì)控品和陰性質(zhì)控品可以滿足要求。
對(duì)于定量檢測(cè),則要根據(jù)實(shí)驗(yàn)的測(cè)定范圍。使用陽(yáng)性不但可檢測(cè)擴(kuò)增反應(yīng)液的質(zhì)量,還可獲得檢測(cè)試劑的檢測(cè)的下限信息。使用陰性主要目的是監(jiān)測(cè)污染,包括實(shí)驗(yàn)室以前的擴(kuò)增產(chǎn)物的污染、有實(shí)驗(yàn)操作所致的標(biāo)本之間的交叉污染、擴(kuò)增反應(yīng)試劑的污染等。


(四)、部分文件提到的質(zhì)控品相關(guān)建議
第三方質(zhì)控品不僅可使用在實(shí)驗(yàn)室的方方面面,而且在臨床檢驗(yàn)中也起到不可忽視的作用:

1、
ISO 15189:2012(《Medical laboratories — Requirements for quality and competence》)的 5.6.2.2 Quality control material NOTE2 所提的「Use of independent third party control materials should be considered, either instead of, or in addition to, any control materials supplied by the reagent or instrument manufacturer」中,建議實(shí)驗(yàn)室使用「獨(dú)立」第三方質(zhì)控品。


2、CLSI C24-Ed3(《Clinical and Laboratory Standards Institute guideline C24—Statistical Quality Control for Quantitative Measurement Procedures: Principles and Definitions》的第三版,臨床實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會(huì) CLSI 發(fā)布于 2006 年),所提“Control materials made by a third party that has no relationship to the measurement procedure manufacturer or to the calibrator, sometimes referred to as third party controls, are developed independently without any influence from the instrument or reagent manufacturer”,強(qiáng)調(diào)第三方質(zhì)控品不受任何儀器或者試劑廠商的影響。

3、GB/T 20468-2006臨床實(shí)驗(yàn)室定量測(cè)定室內(nèi)質(zhì)量控制指南(衛(wèi)生部臨床檢驗(yàn)中心起草,2006年9月1日發(fā)布),里面的「7.2 質(zhì)控品檢測(cè)的頻次中提到,每一個(gè)分析批長(zhǎng)度內(nèi)至少對(duì)質(zhì)控品做一次檢測(cè)。分析系統(tǒng)或試劑的廠商應(yīng)推薦每個(gè)分析批使用質(zhì)控品數(shù)量及放置位置」。在 PCR 檢測(cè)中,從核酸提取到擴(kuò)增即為一個(gè)分析批。

4、在醫(yī)療機(jī)構(gòu)新型冠狀病毒核酸檢測(cè)工作手冊(cè)(試行 第二版)(聯(lián)防聯(lián)控機(jī)制醫(yī)療發(fā)〔2020〕313 號(hào) 2020 年 12 月 28 日發(fā)布)中,「五、實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量控制與管理所提到,(二)室內(nèi)質(zhì)控。……每批檢測(cè)至少有 1 份弱陽(yáng)性質(zhì)控品(第三方質(zhì)控品,通常為檢出限的 1.5-3 倍)、3 份陰性質(zhì)控品(生理鹽水)。質(zhì)控品隨機(jī)放在臨床標(biāo)本中,參與從提取到擴(kuò)增的全過(guò)程……」,中提及第三方質(zhì)控品。


關(guān)于菁良基因
菁良作為國(guó)內(nèi)分子診斷標(biāo)準(zhǔn)品研發(fā)生產(chǎn)商領(lǐng)跑者,擁有全球接受及使用范圍最大的標(biāo)準(zhǔn)品研發(fā)生產(chǎn)平臺(tái),累積近千細(xì)胞系資源,能夠持續(xù)穩(wěn)定地為用戶提供預(yù)期和滿意的合格產(chǎn)品。

菁良目錄產(chǎn)品——固定的突變位點(diǎn)組合和突變頻率,多種產(chǎn)品形式(gDNA/FFPE/ctDNA)

1、泛腫瘤 800g DNA 標(biāo)準(zhǔn)品
是一款針對(duì)大 panel 設(shè)定的 gDNA 標(biāo)準(zhǔn)品,其包含近 800 個(gè)泛腫瘤基因變異位點(diǎn),分別經(jīng)過(guò)數(shù)字 PCR 和 WES 驗(yàn)證,突變位點(diǎn)頻率從 1% 到 100%。該產(chǎn)品有助于修正和監(jiān)測(cè) NGS 實(shí)驗(yàn)方案、操作規(guī)范及生物信息學(xué)流程等,并進(jìn)行后續(xù)的一系列應(yīng)用。

2、FFPE 標(biāo)準(zhǔn)品
包含多個(gè)熱門的癌種相關(guān)基因突變位點(diǎn),如 EGFR、KRAS、ALK、MET 等基因。包含多種變異類型,如:SNV、插入/缺失、拷貝數(shù)變異/擴(kuò)增、基因融合等。

3、肺癌ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品套裝
涵蓋多個(gè)基因變異,包含了經(jīng)過(guò) ddPCR 驗(yàn)證的 6 個(gè) SNV、1 個(gè)插入及 1 個(gè)缺失變異位點(diǎn),且每個(gè)位點(diǎn)均含有 0%、0.1%、1% 三個(gè)梯度的突變頻率,可用于最低檢測(cè)限的驗(yàn)證及線性驗(yàn)證。


菁良定制產(chǎn)品及服務(wù)——可根據(jù)用戶需求進(jìn)行腫瘤 CDx、TMB、MSI、HRR/HRD、NIPT 等多項(xiàng)個(gè)性化產(chǎn)品定制

1、TMB 標(biāo)準(zhǔn)品
腫瘤來(lái)源細(xì)胞系及正常組織來(lái)源細(xì)胞系的配對(duì)樣本,TMB 值包含從 3 到 26 多個(gè)梯度,有 gDNA、ctDNA、FFPE 多種產(chǎn)品形式,提供配套完整 WES 數(shù)據(jù)、TMB 分析流程及 TMB 參考值。

2、 HRR 質(zhì)控品
包含與 HRR 通路相關(guān)的基因突變,可定制 Pathogenic,likely Pathogenic, VUS, likely benign, benign 多種臨床意義的突變位點(diǎn),是 HRR 檢測(cè)試劑盒注冊(cè)報(bào)證及 HRR 檢測(cè)日常質(zhì)控理想的參考品。

3、 HRD 標(biāo)準(zhǔn)品
如果 CDx Panel 中 HRD 狀態(tài)是通過(guò)檢測(cè)基因組瘢痕,也可選擇菁良提供的通過(guò) HRD 基因組瘢痕的檢測(cè)方法來(lái)評(píng)估 HRD 狀態(tài)的標(biāo)準(zhǔn)品。例如通過(guò) LOH,LST,TAI 的綜合評(píng)分,來(lái)計(jì)算 HRD 分值。同時(shí),菁良也可提供 HRD panel性能驗(yàn)證的各種參考品,例如特異性,靈敏性,精密度,抗干擾能力驗(yàn)證參考品。



參考文件:

1、《三級(jí)綜合醫(yī)院評(píng)審標(biāo)準(zhǔn)(2011 年版)》(衛(wèi)醫(yī)管發(fā)〔2011〕33 號(hào))

2、《醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床實(shí)驗(yàn)室管理辦法》(衛(wèi)醫(yī)發(fā) [2006]73 號(hào))

3、《醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室管理辦法》(衛(wèi)辦醫(yī)政發(fā) [2010]194 號(hào))及附件醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室工作導(dǎo)則

4、《2021 臨床醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)(士)》(人民衛(wèi)生出版社 2020 年 11 月第 1 版)

5、GB/T 20468-2006 臨床實(shí)驗(yàn)室定量測(cè)定室內(nèi)質(zhì)量控制指南(中華人民共和國(guó)國(guó)家質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)檢疫總局、中國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)化管理委員會(huì)發(fā)布于 2006-09-01,起草單位:衛(wèi)生部臨床檢驗(yàn)中)

6、JJF 1507-2015 《標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的選擇與應(yīng)用技術(shù)規(guī)范》(國(guó)家質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)檢疫總局發(fā)布于 2015-01-30,主要參照 ISO 指南 33)

7、檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理指南(上海科學(xué)技術(shù)文獻(xiàn)出版社 2014 年 3 月第 1 次印刷)

8、YY/T 1652-2019《體外診斷試劑用質(zhì)控物通用技術(shù)要求》(國(guó)家藥品監(jiān)督管理局發(fā)布于2019-05-31)

9、ISO 15189:2012 Medical laboratories — Requirements for quality and competence

10、CLSI C24-Ed3 Clinical and Laboratory Standards Institute guideline C24—Statistical Quality 8、Control for Quantitative Measurement Procedures: Principles and Definitions

11、關(guān)于印發(fā)醫(yī)療機(jī)構(gòu)新型冠狀病毒核酸檢測(cè)工作手冊(cè)(試行 第二版)的通知(聯(lián)防聯(lián)控機(jī)制醫(yī)療發(fā)〔2020〕313號(hào))

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